化学信息学|SMARTS规则速查表

本文详细介绍SMARTS语言,一种用于描述分子模式和属性的高级符号语言。文章覆盖原子和键属性、逻辑操作符、递归及组合匹配等内容,适用于化学信息学和药物设计领域的专业人士。

一、SMARTS简介

  • 是什么
    SMARTS(SMiles ARbitrary Target Specification)是一种用于描述分子模式和属性的语言。SMILES所有的符号和属性在SMARTS中同样适用,因此它也是SMILES的延伸。此外,SMARTS还包括了逻辑操作符和额外的分子描述符,后文会一一介绍。

  • 能做什么
    SMARTS可以从不同程度来概括和表示结构模式。举个例子:
    甲烷的SMILES可以用"C"或"[CH4]“表示。
    而”[CH4]"在SMARTS中,高度特异地表示与甲烷一致的结构,即只能匹配一个带有4个氢的脂肪族碳原子。
    而"C"在SMARTS中特异程度较低,可以表示带有任意数量氢的脂肪族碳原子,比如乙烷、乙烯、环戊烷。

二、原子属性

SMARTS 匹配结构 说明
[+1] 带有一个正电荷的原子 SMILES对电荷、氢、同位素、键、手性等描述方式,在SMARTS中都可以兼容。一个"+“表示”+1",两个"++“表示”+2"
[a] 带有芳香性的原子 "a"表示任何带有芳香性质的原子
[A] 带有脂肪族属性的原子 "A"表示任何带有脂肪族性质的原子
[#6] 原子序数为6的原子(c或C) "#<number>"表示序数为<number>的原子,无论是脂肪族还是芳香族
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