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探序基因的博客

分享基因数据处理方法,单细胞转录组分析技术,肿瘤科研的进展

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原创 excel中两个表格的合并

excel中两个表格的合并

2025-03-13 16:08:21 293

原创 centos操作系统上传和下载百度网盘内容

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2025-03-12 23:46:25 334

原创 R语言dplyr包中对表格合并的操作

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2025-03-11 18:00:19 99

原创 测序数据质控及数据量计算

测序数据质控及数据量计算

2025-03-10 19:07:57 469

原创 bed文件的统计

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2025-03-09 17:47:04 140

原创 生物信息分析时常用linux操作命令

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2025-03-06 14:37:56 116

原创 基因组突变数据分析-ClinVar数据库

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2025-03-01 10:47:33 743

原创 空间转录组-生信流程-使用scanpy读入数据及AnnData数据结构介绍

空间转录组-生信流程-使用scanpy读入数据

2025-02-27 14:48:39 1011

原创 使用GATK分析全基因组/全外显子测序的遗传突变

使用GATK分析全基因组/全外显子测序的遗传突变

2025-02-26 15:46:18 138

原创 基因组GATK分析中用到的资源下载

基因组GATK分析中用到的资源下载

2025-02-26 14:54:59 147

原创 如何下载安捷伦全外显子的探针的bed文件

如何下载安捷伦全外显子的探针的bed文件

2025-02-26 14:54:13 117

原创 普通转录组RNASeq生物信息流程

普通转录组RNASeq生物信息流程

2025-02-22 15:11:05 183

原创 centos系统空间不够的问题

centos系统空间不够的问题

2025-02-19 11:03:40 214

原创 单细胞转录组画小提琴VlnPlot只显示需要类型细胞

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2025-02-19 10:38:11 280

原创 基因组数据分析中涉及基因结构的问题

探序基因肿瘤研究院 整理。

2025-02-16 22:44:45 715

原创 centos操作系统安装R包单细胞拟时序分析CytoTRACE2

下载地址:https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.5/src/hdf5-1.10.5.tar.gz。接着:install.packages("RcppZiggurat"),install.packages("HiClimR"),install.packages("Rfast")解压缩后,./configure--prefix=/usr/local/hdf5,make,make install。

2025-02-12 10:51:15 485

原创 基于python使用scanpy分析单细胞转录组数据

基于python使用scanpy分析单细胞转录组数据

2025-01-20 10:52:27 1043

原创 R语言apply函数的使用

R语言apply函数的使用

2025-01-16 15:03:06 164

原创 单细胞转录组RNA速率分析

单细胞转录组RNA速率分析

2025-01-12 22:19:43 459

原创 单细胞转录组Seurat数据结构对细胞进行注释

单细胞转录组Seurat数据结构对细胞进行注释

2025-01-11 12:11:34 224

原创 单细胞转录组python和R语言的数据结构互相转换

单细胞转录组python和R语言的数据结构互相转换

2025-01-10 12:11:16 366

原创 使用R包进行临床数据单因素多因素分析

使用R包进行临床数据单因素多因素分析

2025-01-08 11:29:57 518

原创 安装RNA速率分析的velocyto的python版本

安装RNA速率分析的velocyto的python版本

2024-12-20 10:51:03 686

原创 生信服务器安装R和Rstudio

生信服务器,安装R语言和Rstudio

2024-11-22 22:04:55 434

原创 空间转录组-Cell2location的安装及使用

空间转录组-Cell2location的安装及使用

2024-10-31 11:21:04 707

原创 使用sambamba去重遇到的问题

2>>log/picard_MarkDuplicates_log.txt & # 将标准错误输出追加到日志文件,后台执行。M=metrics.txt \ # 重复读数的统计信息文件。注意java版本,如果版本不满足,会报错,直接下载满足条件的java环境就行。MAX_FILE_HANDLES=800 \ # 最大文件句柄数。I=sample_sorted.bam \ # 输入BAM文件。O=sample_rmDup.bam \ # 输出BAM文件。探序基因肿瘤研究院 整理。

2024-10-24 12:14:56 677 1

原创 R包安装遇到tcl/tk问题

tcl/tk问题

2024-10-17 20:56:01 437

原创 factera-DNA测序数据融合基因分析

factera,DNA测序数据融合基因分析

2024-10-06 12:06:08 399

原创 【R代码】两组或多组的数据绘制散点图

两组或多组的数据绘制散点图

2024-08-15 15:54:59 401

原创 二代测序全基因组生信数据量经验

二代测序全基因组生信数据量经验

2024-08-08 15:25:38 641

原创 单细胞数据h5ad格式转换成seurat

单细胞数据h5ad格式转换成seurat

2024-08-04 16:09:57 821

原创 bam文件加头部信息

bam文件加头部信息

2024-08-04 00:41:06 223

原创 GATK3.5GATK4.0与java版本的关系

GATK3.5GATK4.0与java版本的关系

2024-08-03 23:38:44 826

原创 Rstudio中载入R包遇到“GLIBcxx 3.4.29 not found”的问题

GLIBcxx 3.4.29 not found

2024-08-02 16:09:22 299

原创 centos服务器安装基因组分析软件-bwa和samtools等

centos操作系统服务器部署基因组分析软件

2024-08-01 20:02:41 987

原创 Dell R820服务器U盘安装centos stream 9

启动到centos第一个界面,要按e键进入编辑界面,在 " inst.stage2=hd:LABEL=CentOS……“修改成为"CentOS-Stre",再按Ctrl-x按键,继续,于是能正常进入到centos的安装图形界面。下载最新版的iso文件,CentOS-Stream-9-latest-x86_64-dvd1.iso,10.57G大小,使用UltralSO刻录到U盘中。共8块盘,每块将近1T?发现竟然是ext3文件系统,于是将其格式化成ext4的:mkfs.ext4 /dev/sda。

2024-07-31 22:41:30 695

原创 dell服务器centos启动后进入emergency mode模式解决方法

作者的服务器最近不能登陆,以为是服务器故障,结果重启动后,提示welcome to emergency model!经过上网查询,于是在紧急模式进入系统里,输入vi /etc/fstab,注释掉服务器里之前新装的两块硬盘的自动挂载的行,保存重启,于是系统正常,不再进入紧急模式,网络也通畅。登陆紧急模式的centos,作者以为是系统奔溃,此时网络也连接不上,插U盘想备份数据也备份不了。再尝试重启服务器,按F2进入iDRAC,再看系统日志,也没发什么诸如内存松动之类的硬件故障。碱基跳动计算机研究院 整理。

2024-01-01 17:27:10 1297

原创 单细胞轨迹分析-monocle包的使用

单细胞轨迹分析-monocle包的使用

2023-12-18 23:49:19 3842 2

空空如也

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