bed文件的统计

探序基因肿瘤研究院   整理

1. 给定一个坐标列表，找出不在bed文件中的坐标。

testb.bed文件记录了参考基因组的坐标列表：

chr1    150    150
chr3    200    200

testa.bed为总的bed文件：

chr1    100    1000
chr2    200    250

我们要寻找testb.bed的坐标中，不在testa.bed文件的坐标。运行命令：bedtools intersect -a testb.bed -b testa.bed -v

结果：

chr3    200    200

参考：

常用的生信数据处理工具bedtools详解