普通转录组RNASeq生物信息流程

探序基因肿瘤研究院    整理

比对工具：HISAT2，下载源代码编译安装或者二进制文件

定量工具：feactureCounts，下载地址：The Subread package

参考基因组：NCBI的GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.fna.gz,GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.gtf.gz,下载地址在Index of /genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.40_GRCh38.p14

运行步骤：

构建参考基因组：hisat2-build -p 8 GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.fna GRCh38_index

比对基因组：hisat2 -p 10 --dta -x /xxx/ref/GRCh38_index -1 /xxx/xxx.R1.fastq.gz -2 /xxx/xxx.R1.fastq.gz -S /xxx/xxx.sam

定量：

featureCounts -T 10 -a /xxx/GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.add.gtf -p -t exon -g gene_id -o counts.txt 

其他参考：

用hisat2构建索引，加入转录本信息

转录组定量工具-featureCounts安装及使用