单细胞转录组画小提琴VlnPlot只显示需要类型细胞

探序基因肿瘤研究院  整理

在R语言中，单细胞转录组数据画小提琴图中，我们如果想只展示出需要的特定细胞类型，可以把这需要展示的细胞类型单独构建成一个Seurat对象，再画图。

例如我们在Seurat对象中的meta.data表格中，有一列，记录了细胞类型。needgrp变量传入要显示的细胞类型名字，为一个向量。

GetSubSeurat <- function(temp.Seurat,needgrp)
{
  a <- unique(temp.Seurat@meta.data$group)
  ChoClus <- a[-which(a %in% needgrp)]
  temp.Seurat.sub <- subset(x = temp.Seurat, subset = group %in% ChoClus)
  temp.Seurat.sub@meta.data$anno1 <- temp.Seurat.sub@meta.data$group
  return(temp.Seurat.sub)
}

注意，meta.data表格中，要有group这一列，记录细胞的分群信息。