cs_mary的博客

R note for Bioinfo ：选择调用的列是未定义的出现的问题：根据GPL号下载返回的对象,用Table命令处理时， 输入：Table(gpl号)[1:选取的行数,c(“ID”,”其他列属性”,。。。)] 出现报错： Error in [.data.frame… undefined columns selected解决问题的方案： Table(gpl号)[1:选取的行数,c(“ID

git remote add origin https://github.com/Marysgithub/rstudio-demo.git链接远程库 备选，建好后不用rstudio-demo切换到远程仓库目录下git push origin master提交当前mastergit add + 待提交的多个文件5.git commit -m “add 5 files” #注释

旗舰机型ThinkStationP910、高端机型ThinkStationP710、P510以及基础级工作站P310。ThinkStationP710 联想ThinkStation P710（E5-2603 V4/16GB/1TB） ZOL报价 RMB16,000产品类型： 塔式工作站 主板芯片组： Intel C612 CPU型号： Xeon E5-2603 V4 标配CPU数量： 1颗

sourceAbstract report the sequencing de novo assembly of the genome Comparative genomic analysis: identifies higher protein and nucleotide evolutionary rates compared with other teleost fish genomes

1.如何实时查看linux下的日志 - lclc - 博客园 http://www.cnblogs.com/lcword/p/5917395.htmlcat /var/log/*.log2.linux下文件夹的创建、复制、剪切、重命名、清空和删除命令 - zengjs - 博客园 http://www.cnblogs.com/zengjs/p/3169473.html文件改名： mv 源文件

1.批量建立文件touch tmp_{1..10}.txt注意大括号内是两个点，不是三个点！结果：一次性建立如下共10个文件 tmp_1.txt tmp_5.txt tmp_9.txt 2.查找当前目录下包含某一字符的文件find ./ -name "*_*"结果： 所有带_的文件就显示了 /ucsc_cds ./tmp_9.txt ./tmp_3.txt ./uc

1.问题： 安装xlsx packages 时报错： Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R. If in doubt, re-run “R CMD javareconf” as root.ERROR: configuration failed for package ‘rJ

1.安装Git，使用命令 “sudo apt-get install git”我的已经安好了，就不用安装了生成key 生成ssh key，使用命令 “ssh-keygen -t rsa -C “your_email@youremail.com””，your_email是在github上注册用的email2.检查key是不是已经存在， 打开一个终端，并输入以下命令： $ ls -al ~/.ss

PacBio PacBio测序平台基于其独特的单分子实时测序技术（Single Molecule Real Time，SMRT），通过其超长读长，均一的覆盖度，高度的一致性准及确性提供无与伦比的遗传信息深度解析。该技术帮助科学家获得超越碎片化的基因组草图，得到最完整的从头组装结果，已经使许多极富挑战性的基因组学研究成为可能。Pacific Biosciences Pacific Bioscie

欢迎来到数字工业时代 | GE China http://www.ge.com/cn/AI 600——帮您告别暗室和X胶片AI600,凝胶成像,GE解决方案_中国化工仪器网 http://www.chem17.com/Tech_news/Detail/780529.html您是否还在暗室里苦苦的摸索——反复曝光、显影、定影、洗片、失败、再曝光、显影、定影、洗片，甚至重新抽提蛋白…… 如

dotplot中提到的概念：E-value.表明在随机的情况下，其它序列与目标序列相似度要大于S值的可能性。所以它的分值越低越好。E值的计算：（某处公式为MEAN/SD，应该是不对的，说不通）E=K*m*n*(e-lambda*S)其中，K和lambda与数据库和算法有关，是个常量；m代表目标序列的长度，n代表数据库的大小，S就是前面提到的S值。

问题：本地win10用xbrowser连接ubuntu14.04 server时， 尝试xfe4桌面，Gnome， mstsc远程桌面全都不好用解决办法：直接换用Xming 参考网址： http://www.zw1840.com/blog/zw1840/2008/10/putty-xming-linux-gui.html启示：问题实在无法解决时，降低标准，满足基本需求。一个工具不好用时，换其他

SRA Toolkit: prefetchSRA Toolkit Documentation Back to List of the Tools Tool: prefetchUsage:prefetch [options] Frequently Used Options:General:-h | –help Displays ALL options, general usage, and

需要下载的RNA-seq的数据： https://www.ncbi.nlm.nih.gov//sra/?term=SRP029245 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP029245 ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/S

KPGP0001个体的全基因组测序数据：代码解析ls *gz |xargs ~/biosoft/fastqc/FastQC/fastqc -t 10大多数 Linux 命令都会产生输出： 文件列表、字符串列表等。 如果要使用其他某个命令并将前一个命令的输出作为参数该怎么办？ 例如，file 命令显示文件类型（可执行文件、ascii 文本等）； 你能处理输出，使其仅显示文件名，目前你希望将这些

1.测序数据大小计算公式：人类基因组（30亿个碱基）X 30（测序深度）=900亿个碱基（1800亿个字母） 900亿个碱基/150(测序策略PE150)=6亿条reads 6亿条reads X 45(每条reads的名字长度)=2070亿个字母（每个字母一个字节） 2070亿个字母 / 每个G所包含的字节数 (1024*1024*1024)=192.7838G注释： 测序仪器下机数据的 f

目的：下载所有的cel原始文件出现问题： tmp=getGEOSuppFiles(GSE1009) Error in substr(GEO, 1, 3) : object ‘GSE1009’ not found解决方法： library(“GEOquery”) tmp=getGEOSuppFiles(“GSE1009”,makeDirectory = TRUE,baseDir

设置工作路径 setwd(‘E:/R’)安装GEOmetadb library(GEOmetadb) biocLite(“GEOmetadb”)

sourceAbstract report the sequencing de novo assembly of the genome 比较分析得出进化速率 Comparative genomic analysis: identifies higher protein and nucleotide evolutionary rates compared with other teleost

test datareference data: hg19<-NCBIGRCH37<-UCSCensembl 75<-ENSEMBLdownload reference data: .使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &tar

Infinite® M1000 PROOutstanding flexibility, sensitivity and speed at a glance:Multi-channel absorbance AlphaScreen® and AlphaLISA® technology Fluorescence intensity (FI) top reading, including TRF a

1. The common descriptive statistics is mean and standard deviation (SD) SD 平均值和标准偏差Data not following the normal distribution, it is median and range 适用的数据不遵循正态分布，是个中位数和范围2. mean and standard erro

linux下如何使用sftp命令 sftp> get /var/www/fuyatao/index.php /home/fuyatao/ 这条语句将从远程主机的 /var/www/fuyatao/目录下将 index.php 下载到本地 /home/fuyatao/目录下。sftp> put /home/fuyatao/downloads/Linuxgl.pdf /var/www/fuya

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变异为什么是相对的？有的变异现象是由于生殖细胞内的遗传物质的改变引起的，因而能够遗传给后代，属于可遗传的变异。 可遗传的变异有三种来源：基因突变，基因重组，染色体变异。由于DNA分子中发生碱基对增添、缺失或改变，而引起的基因结构的改变，就叫做基因突变，特点是普遍，随机，频率低，多有害，不定向基因重组是指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因的重新组合。基因的自由组合定律告诉我们，在生物体

Follow Jimmy:Gene Analysis 探索全基因组测序数据 1.参考文章 Systematic Characteristic Exploration of the Chimeras Generated in Multiple Displacement Amplification through Next Generation Sequencing Data Reanalysis

TreeFam: Home page http://www.treefam.org/[博士论文] Treefam数据库的建立_百度文库 http://wenku.baidu.com/link?url=4NR5N6TwlUyynORtiK_FrXkxPMQbm5BxKBYOx5cdSDOCWxXAuE24Dr3nrEcifgcJkHSFAf0Ihl8SBtfFDXEmAepSe3ya8icaHv1

1.下载 fastqc下载地址2.unzip解压fastqc的zip压缩文件。里面有个fastqc的文件，就是fastqc的程序了。3.使用 用fastqc -o output dir [-(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN的命令让它进行质量控制。-o是用来指定输出文件的目录，注意

1.安装Rsudo apt-get install r-base2.安装R studiowget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.136-amd64.debsudo apt-get install gdebi-coresudo apt-get install libapparmor1 sudo gdebi rstudio-1.0.136-a

遇到问题： gcc-4.9.3无法使用./contrib/download_prerequisites脚本自动安装依赖组件解决方法： 下载组件后拷入gcc-4.9.3目录下进行手动安装 （下载好的组件已经打包放在我的下载页面里了）                  不用./contrib/download_prerequisites脚本注意事项： 1. 下载解压后按 ./configuration...