R note for Bioinfo :cel下载时找不到下载对象

最新推荐文章于 2023-02-19 13:34:02 发布
最新推荐文章于 2023-02-19 13:34:02 发布
阅读量1.1k 收藏
点赞数
CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： BioInfo 文章标签： R语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Cs_mary/article/details/54311267

目的：下载所有的cel原始文件

出现问题：

tmp=getGEOSuppFiles(GSE1009)
Error in substr(GEO, 1, 3) : object ‘GSE1009’ not found

解决方法：

library(“GEOquery”)
tmp=getGEOSuppFiles(“GSE1009”,makeDirectory = TRUE,baseDir = getwd())

分析原因：
需要提前调用library命令,
且命令格式有变

R语言学习②——R对象
Miss_Kirio的专栏
04-02 3741
R对象
GEO-R-获取数据
qq_40243662的博客
01-22 1430
library(GEOquery) getGEOSuppFiles("GSE29450", baseDir ="geo", makeDirectory = T) # 新建一个文件夹 //supp_url <- getGEOSuppFiles("GSE29450", fetch_files = F, makeDirectory = F)获取链接 //download.file(url, destfile = "gse29450.tar") supp_url2 <- getGEOSuppFile.
R语言特征选择——逐步回归
大数据部落
08-09 3589
原文链接：http://tecdat.cn/?p=5453 变量选择方法 所有可能的回归 model <- lm(mpg ~ disp + hp + wt + qsec, data = mtcars) ols_all_subset(model) ## # A tibble: 15 x 6 ## Index N Predictors `R-Squa...
GEO数据下载方法
weixin_56845253的博客
02-19 1万+
GEO数据下载方法
bioInfo:生物信息学项目
06-04
此外，"bioInfo"项目可能还包括了对生物数据库的访问和操作，如NCBI（National Center for Biotechnology Information）的Entrez接口，以及BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）程序的Java实现，用于快速查找...
apostila_bioinfo:生物信息示范典范
03-18
《生物信息学典范：apostila_bioinfo》 生物信息学是一门综合生物学、计算机科学、统计学和数学的交叉学科，它利用计算机技术来处理和解析生物学数据，特别是基因和蛋白质序列数据。本资源“apostila_bioinfo”为...
学习R语言时同步备份的资料_BioInfo_Analysic.zip
最新发布
09-23
从给出的文件信息来看，这是一份在学习R语言时同步备份的资料，文件名中的“BioInfo_Analysic”暗示了资料内容很可能集中在生物信息学的数据分析应用上。 生物信息学是一个交叉学科，它将生物学、计算机科学、信息...
Assignment3_BioInfo2021:BioInfo作业3的存储库-Josh＆Federico
04-07
标题中的"Assignment3_BioInfo2021:BioInfo作业3的存储库-Josh＆Federico"表明这是一个关于生物信息学的课程作业，由Joshua Martin和Federico Lionetti共同完成，主题可能涉及生物信息学中的数据处理或分析。...
自己学习的R语言学习教程_bioinfo_R_Cookbook.zip
09-23
在生物信息学领域，R语言由于其强大的数据处理能力和丰富的生物信息学相关的包，成为了该领域研究者和学习者不可或缺的工具。本教程《自己学习的R语言学习教程_bioinfo_R_Cookbook》旨在通过具体的案例和步骤，教授...
用GEOquery从GEO数据库下载数据
weixin_46587777的博客
05-23 4048
用GEOquery从GEO数据库下载数据 Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号 ## 用法 只需要记住三个函数，以及每个函数返回
Rstudio运行时一直报错说找不到对象
weixin_44750594的博客
04-13 1万+
Error in barplot(name) : 找不到对象’name’ 其实这种情况可能不是代码问题而是自己选择运行时的错误 在这里插入图片描述 Rstudio与其他计算机语言编译有点不同 如果你代码不全部选中 点击Run运行代码 它只会运行光标的位置那一行 所以要全部选中再运行 或者把光标放置在第一行一步一步运行 ...
入门必学 | R语言数据的独立性，正态性及方差齐性检验
R酷的数据科学笔记
10-27 6647
参数检验-显著性等数据分析前，如何用R语言完成。首先考虑数据的独立性（卡方检验、Fisher检验、Cochran-Mantel-Haenszel检验），其次检验数据的正态性（shapiro.test) or (qqnorm）等和方差齐性（bartlett.test) or (leveneTest）。因为统计学中的t检验和方差分析等方法，必要条件是样本都来自正态或近似正态分布，只有符合条件，才能用该方法进一步检验各样本所属的总体参数的显著性差异；否则要改换其他非参数的方法进行检验。
R语言dplyr包filter函数 Error in filter(., ) : 找不到对象的报错原因和解决办法
Smilecoc的博客
09-10 5348
报错描述 当我们想使用dplyr包中的 filter 函数对指定的dataframe进行如下的行筛选时，R报错Error in filter(., ) : 找不到对象X.stage_id. ，提示我们没有这一列 outside = outside %>% filter(X.stage_id. == 203) 但事实上我们的dataframe肯定是有这一列的，那为什么报错呢，主要是因为我们同时加载了比较多的包，导致有至少两个包同时含有filter函数，于是R语言无法自动识别我们是想使用dplyr包的fi
R语言中，安装出错！！Error : object caret not found已解决！！
LZQ_LZQ_的博客
05-18 1万+
安装caret 1.安装的时候出现下面的错误： 2.查了很多，有点说换镜像、重启、退出杀毒软件、更新电脑等等都试过了，不管用！！！ 3.最后，比较搞笑的是，加双引号，就成功了：
R语言学习笔记 ④“Error in library(plyr) : 不存在叫‘plyr’这个名字的程辑包” 的解决方案
热门推荐
Q1an的博客
03-28 1万+
在今天课程中，我跟着老师一步步运行代码时出现了错误 ### Open the CSV File tabledata<- read.csv("ApplewoodService.csv",header=TRUE,sep=",") library(plyr) 打开文件后使用 library() 函数后提示我 Error in library(plyr) : 不存在叫‘plyr’这个名字的程辑包 下面是解决方案： 我们需要先安装package plyr 在pane1输入： instal
Python库sos_bioinfo最新版本下载指南
资源摘要信息:"该资源是一个Python Wheel格式的压缩包，其全名为sos_bioinfo-*.*.**.*-py3-none-any.whl，文件表明它适用于Python 3环境。wheel是一种Python的安装包格式，它设计来替代传统的源代码分发，以便更快更...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值