R note for Bioinfo :cel下载时找不到下载对象

最新推荐文章于 2023-02-19 13:34:02 发布
原创 最新推荐文章于 2023-02-19 13:34:02 发布 · 1.1k 阅读 · 0 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#R语言

目的：下载所有的cel原始文件

出现问题：

tmp=getGEOSuppFiles(GSE1009)
Error in substr(GEO, 1, 3) : object ‘GSE1009’ not found

解决方法：

library(“GEOquery”)
tmp=getGEOSuppFiles(“GSE1009”,makeDirectory = TRUE,baseDir = getwd())

分析原因：
需要提前调用library命令,
且命令格式有变

R语言学习②——R对象
Miss_Kirio的专栏
04-02 3741
R对象
GEO-R-获取数据
qq_40243662的博客
01-22 1430
library(GEOquery) getGEOSuppFiles("GSE29450", baseDir ="geo", makeDirectory = T) # 新建一个文件夹 //supp_url <- getGEOSuppFiles("GSE29450", fetch_files = F, makeDirectory = F)获取链接 //download.file(url, destfile = "gse29450.tar") supp_url2 <- getGEOSuppFile.
R语言特征选择——逐步回归
大数据部落
08-09 3591
原文链接：http://tecdat.cn/?p=5453 变量选择方法 所有可能的回归 model <- lm(mpg ~ disp + hp + wt + qsec, data = mtcars) ols_all_subset(model) ## # A tibble: 15 x 6 ## Index N Predictors `R-Squa...
GEO数据下载方法
weixin_56845253的博客
02-19 1万+
GEO数据下载方法
bioInfo:生物信息学项目
06-04
此外，"bioInfo"项目可能还包括了对生物数据库的访问和操作，如NCBI（National Center for Biotechnology Information）的Entrez接口，以及BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）程序的Java实现，用于快速查找...
apostila_bioinfo:生物信息示范典范
03-18
《生物信息学典范：apostila_bioinfo》 生物信息学是一门综合生物学、计算机科学、统计学和数学的交叉学科，它利用计算机技术来处理和解析生物学数据，特别是基因和蛋白质序列数据。本资源“apostila_bioinfo”为...
学习R语言时同步备份的资料_BioInfo_Analysic.zip
最新发布
09-23
从给出的文件信息来看，这是一份在学习R语言时同步备份的资料，文件名中的“BioInfo_Analysic”暗示了资料内容很可能集中在生物信息学的数据分析应用上。 生物信息学是一个交叉学科，它将生物学、计算机科学、信息...
Assignment3_BioInfo2021:BioInfo作业3的存储库-Josh＆Federico
04-07
标题中的"Assignment3_BioInfo2021:BioInfo作业3的存储库-Josh＆Federico"表明这是一个关于生物信息学的课程作业，由Joshua Martin和Federico Lionetti共同完成，主题可能涉及生物信息学中的数据处理或分析。...
自己学习的R语言学习教程_bioinfo_R_Cookbook.zip
09-23
在生物信息学领域，R语言由于其强大的数据处理能力和丰富的生物信息学相关的包，成为了该领域研究者和学习者不可或缺的工具。本教程《自己学习的R语言学习教程_bioinfo_R_Cookbook》旨在通过具体的案例和步骤，教授...
用GEOquery从GEO数据库下载数据
weixin_46587777的博客
05-23 4050
用GEOquery从GEO数据库下载数据 Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号 ## 用法 只需要记住三个函数，以及每个函数返回
入门必学 | R语言数据的独立性，正态性及方差齐性检验
R酷的数据科学笔记
10-27 6648
参数检验-显著性等数据分析前，如何用R语言完成。首先考虑数据的独立性（卡方检验、Fisher检验、Cochran-Mantel-Haenszel检验），其次检验数据的正态性（shapiro.test) or (qqnorm）等和方差齐性（bartlett.test) or (leveneTest）。因为统计学中的t检验和方差分析等方法，必要条件是样本都来自正态或近似正态分布，只有符合条件，才能用该方法进一步检验各样本所属的总体参数的显著性差异；否则要改换其他非参数的方法进行检验。
错误：无法分配大小为5.0Gb的矢量
热门推荐
qq_45555268的博客
04-02 4万+
写R程序的人，相信都会遇到过“cannot allocate vector of size”或者“无法分配大小为…的矢量”这样的错误。原因很简单，基本都是产生一个大矩阵等对象时发生的，最干脆的解决办法有两种，第一种是加大内存换64位系统，第二种是改变算法避免如此大的对象。第一种办法，是最好的办法，不过大对象的需求是没有止尽的，终究不是长久之道。第二种办法是最好的思路，无论多么大的对象都是可以弄小的...
R语言中，安装出错！！Error : object caret not found已解决！！
LZQ_LZQ_的博客
05-18 1万+
安装caret 1.安装的时候出现下面的错误： 2.查了很多，有点说换镜像、重启、退出杀毒软件、更新电脑等等都试过了，不管用！！！ 3.最后，比较搞笑的是，加双引号，就成功了：
数据预处理——以GSE3494为例
hellobear2012的专栏
04-06 2万+
1、数据读取 1）读取excel文件——GEO中Series Matrix File(s)是预处理过的基因表达矩阵，用excel打开删掉注释信息，获得行为探针，列为样本的基因表达矩阵。 read.table(),read.csv(),read.delim()直接读取EXCEl文件时，都会遇到一下问题：“在读取‘.xls’的TableHeader时遇到不完全的最后一行”。 解决的方法有
GEO基因芯片数据处理精华（一）：GEOquery包
wong2016的博客
12-21 1万+
合作研究请联系QQ 2279055353 GEO(Gene Expression Omnibus)是NCBI(美国国家生物信息中心)下的基因表达数据库，包括各种各样的基因芯片检测技术得到的试验记录与平台信息。GEO是最具知名度的基因表达数据存储数据库，这些数据包括单通道和双通道的微阵列实验，测量对象包括mRNA, 基因组cDNA, 蛋白质冗余物，以及各种非阵列技术，例如，高通量测序技术。现在，...
解决：Error in library(lubridate) : 不存在叫‘lubridate’这个名字的程辑包
数据搬运工
04-17 6570
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值