circos 安装missing模块

最新推荐文章于 2022-06-22 15:34:47 发布

原创最新推荐文章于 2022-06-22 15:34:47 发布 · 1.5k 阅读

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26 篇文章

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博客提到在安装circos时，系统提示缺少GD等三个模块，问题尚未解决。这属于信息技术中软件安装相关问题。

问题：

circos 安装时提示少了三个模块
GD
..
..

待解决

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Cs_mary

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Ubuntu安装circos时安装GD失败解决方法小记

weixin_43142115的博客

08-05

337

详细安装方法:from(Linux下软件安装：Circos)

linux和mac安装+配置circos(

xiufan1的博客

07-25

422

一定要下载完这两个包，GD才会work，要不然会报错，且-modules显示也是fail。官网的教程说的很明白，但是很多包都已经过时了需要在网上找。一般来讲，所有包的安装都不会太困难，除了GD。1.是因为官网给的链接下出来的tgz无法解压。2.我的电脑安装后GD照样是fail的。，进入这个地址下一个.tgz。第二点的原因在于，官网的情况。，进入这个地址，按部就班。GD安装困难有以下几点。搞了一天终于配置成功。

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Linux下一步一步circos的安装和使用（实做实录）

wangye_taozi的博客

10-18

6308

一．安装circos：1.从官网下载circos-0.68.tar（此时文件在Downloads中）2.在Downloads中建立文件夹，名为circos，将circos-0.68.tar移至circos文件夹中并按以下命令解压缩（首先要切换目录到Downloads/circos）：$ tar xvf circos-0.68.tar 3.生成链接ln -s circos-0.68 current l

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

刘永鑫的博客——宏基因组公众号

11-22

7958

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据集sourmash 5基于Kmer比

【茗创科技】最酷的脑功能连接图--Circos安装教程

u011661076的博客

06-22

2599

大家好，这里是 “茗创科技” 。茗创科技专注于脑科学数据处理，涵盖（EEG/ERP, fMRI,结构像,DTI,ASL, ,FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑电课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。你还在用这些方式呈现脑功能连接图吗？这样？这样？或者这样？想知道如何让自己绘制的功能连接图更好看，在一众论文中脱颖而出，吸引审稿人的目光吗？想把自己从审美疲劳中解放出来，画出像下面这样的图吗？那么就必

Linux下软件安装：Circos

续起大胡子

07-07

2021

Linux中安装Circos的过程，该软件主要用于绘制圈图。

windows 不安装jdk 运行 jar_Circos系列1：Windows版Circos安装及运行

weixin_39870092的博客

11-26

154

Circos是一款强大而炫酷的作图软件，它可以把任何种类的数据以弦图的方式进行可视化，而且非常灵活。掌握Circos作图方法，是每个科研工作者的必备技能。Circos包括Unix 版及 Windows版，这里主要介绍Windows版的安装。1. 下载Circos进入Circos官网软件下载界面http://circos.ca/software/download/circos/，选择最新版...

CIRCOS圈图绘制 - circos安装

03-12

CIRCOS主要用Perl语言编写，因此安装过程中需要确保系统已安装Perl及其相关模块。 #### 安装步骤详解 1. **下载安装包**： - 访问官方下载页面（http://circos.ca/software/download/circos/），下载最新版本的...

安装circos，安装依赖的perl模块

java31的专栏

04-01

870

1、下载，解压 wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz tar xzf circos-0.69-6.tgz 2、执行 ./circos -module ok 1.50 Carp ok 0.39 Clone missing Config::General ok 3....

在Linux(CentOS/Ununtu)中安装Circos

biolxy的博客

08-23

3022

源码安装在 Linux中安装，首先要去网站下载源码包，按照说明进行如下操作： wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz tar xvfz circos-0.69-6.tgz cd circos-0.69-6.tgz 然后还要安装下面这些Perl模块，以Config::General为例，安装方法是： sudo perl ...

Windows安装圈图软件circos

bgicollege的博客

11-10

1604

Circos是使用Perl语言编写，采用GPL许可，可以运行于任何有Perl语言解释器的操作系统的免费软件。Circos本身不进行数据处理，所以在Windows上安装，更方便编辑纯文本的配置文件，同时查看圈图输出的图片(PNG)或矢量图片(SVG)的再次调试。软件下载： Circos：http://www.circos.ca/ Perl的Windows安装包：https://strawberryperl.com/ Perl的依赖模块下载：https://www.cpan.org/ 安装步骤： 1、下载Ci

manjaro折腾记录

qq_19954537的博客

09-30

1013

最近喜欢折腾linux，试了deepin linuxmint manjaro 最后还是选择了manjaro ，deepin还是不错的就是小毛病太多了 manjaro开始不会搞搞崩了就重装重装了八遍终于摸清楚坑了个人试了kde xfce 和gnome 还是觉得kde好用 xfce功能太少 gnome不知道为啥微信没有托盘显示只是有次kde不知道怎么折腾的火狐一用就崩重装也一样最后无奈再次重装系统安装还是比较简单的，建议断网安装，不然93%会卡很久安装完先执行 sudo pacman-mir

circos学习笔记（一）：Mac版本安装circos及验证是否可用

weixin_41470864的博客

08-05

857

1，下载circos，http://circos.ca/software/download/circos/，放置到常用文件夹； 2，选择文件中的circos命令，并添加到Mac的bin文件夹中，使得circos命令可用，类似于pip、conda等命令，如下图：添加方法：已知circos文件如下： ...

python画circos图_CIRCOS圈图绘制 – 最简单绘图和解释

weixin_39955732的博客

12-05

1057

Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列；做一些简单的示意图会比较好，最后时会介绍下在线的tableviewer的使用。也可以安装在本地，在本地可以绘制基于基因组的更复杂的图。Circos由Perl写成，安装相对简单，只要Perl的包都装好了就可以了。Circos安装从http://circos.ca/software/download/circos/下载...

Circos入门教程

GRC

09-12

9218

Circos入门教程一定要第一时间将看到的东西，放在自己随时能找到的范围，自己的博客，空间内，以便于随时查阅 2011年12月18日 ⁄ Bioinformatics ⁄ 评论数 2 ⁄ 被围观 1,697 views+ 安装前的一些准备 Config::GeneralFile::BasenameFile::Spec

Circos从入门到精通

最新发布

04-03

### 安装 Circos 的方法 Circos 是一种强大的可视化工具，适用于多种关系型数据的展示。要在 Linux 系统上安装 Circos，需遵循以下说明： #### 准备工作确保系统已安装 Perl 和必要的依赖项。可以通过以下命令检查是否已安装 Perl： ```bash perl -v ``` 如果未安装，则可通过包管理器进行安装。例如，在基于 Debian 的系统中可执行以下命令： ```bash sudo apt-get update && sudo apt-get install perl ``` 对于 Red Hat 或 CentOS 系统，可以使用 `yum` 命令： ```bash sudo yum install perl ``` #### 下载并解压 Circos 软件包访问官方 GitHub 页面或其他可信资源下载最新版本的 Circos 源码[^4]。假设源码压缩文件名为 `circos-x.y.z.tar.gz`，则按照如下方式操作： ```bash wget https://example.com/circos-x.y.z.tar.gz # 替换为实际链接 tar -xzvf circos-x.y.z.tar.gz cd circos-x.y.z ``` #### 配置环境变量为了使系统的终端能够识别 Circos 工具路径，建议将其目录添加至 PATH 中。编辑 `.bashrc` 文件或直接运行以下命令临时设置： ```bash export PATH=$PATH:/path/to/circos/bin source ~/.bashrc ``` #### 安装所需模块 Circos 运行过程中可能需要一些额外的 Perl 模块支持。通过 CPAN 自动化安装这些模块是一种常见做法。以下是具体步骤： ```bash sudo perl -MCPAN -e shell [^1] install Config::General install Text::Balanced exit ``` > **提示**: 如果首次启动 CPAN 提示配置向导，请按默认选项完成初始化。 #### 测试安装验证 Circos 是否成功安装以及能否正常运作非常重要。进入样例测试目录并尝试渲染一个简单的图像： ```bash cd examples/simple ../../bin/circos -conf circos.conf ``` 这将在当前目录下生成一张 PNG 图像作为输出成果。 --- #### 注意事项 - 若遇到字体缺失错误，考虑安装更多 TrueType 字体集合； - 对于高级功能的支持（如 SVG 输出），还需确认相关库已被加载。