circos 安装missing模块

最新推荐文章于 2024-08-05 15:50:52 发布
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分类专栏： linux
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Cs_mary/article/details/73733174
博客提到在安装circos时，系统提示缺少GD等三个模块，问题尚未解决。这属于信息技术中软件安装相关问题。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

问题：

circos 安装时提示少了三个模块
GD
..
..

待解决

Linux下一步一步circos的安装和使用（实做实录）
wangye_taozi的博客
10-18 6202
一．安装circos：1.从官网下载circos-0.68.tar（此时文件在Downloads中）2.在Downloads中建立文件夹，名为circos，将circos-0.68.tar移至circos文件夹中并按以下命令解压缩（首先要切换目录到Downloads/circos）：$ tar xvf circos-0.68.tar 3.生成链接ln -s circos-0.68 current l
安装circos，安装依赖的perl模块
java31的专栏
04-01 849
1、下载，解压 wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz tar xzf circos-0.69-6.tgz 2、执行 ./circos -module ok 1.50 Carp ok 0.39 Clone missing Config::General ok 3....
Ubuntu安装circos时安装GD失败解决方法小记
weixin_43142115的博客
08-05 280
详细安装方法:from(Linux下软件安装：Circos)
【茗创科技】最酷的脑功能连接图--Circos安装教程
u011661076的博客
06-22 2356
大家好，这里是 “茗创科技” 。茗创科技专注于脑科学数据处理，涵盖（EEG/ERP, fMRI,结构像,DTI,ASL, ,FNIRS）等，欢迎留言讨论及转发推荐，也欢迎了解茗创科技的脑电课程，数据处理服务及脑科学工作站销售业务，可添加我们的工程师（MCKJ-zhouyi或17373158786）咨询。你还在用这些方式呈现脑功能连接图吗？这样？ 这样？ 或者这样？ 想知道如何让自己绘制的功能连接图更好看，在一众论文中脱颖而出，吸引审稿人的目光吗？想把自己从审美疲劳中解放出来，画出像下面这样的图吗？ 那么就必
Linux下软件安装：Circos
续起大胡子
07-07 1887
Linux中安装Circos的过程，该软件主要用于绘制圈图。
windows 不安装jdk 运行 jar_Circos系列1：Windows版Circos安装及运行
weixin_39870092的博客
11-26 134
Circos是一款强大而炫酷的作图软件，它可以把任何种类的数据以弦图的方式进行可视化，而且非常灵活。掌握Circos作图方法，是每个科研工作者的必备技能。Circos包括Unix 版及 Windows版，这里主要介绍Windows版的安装。1. 下载Circos进入Circos官网软件下载界面http://circos.ca/software/download/circos/，选择最新版...
在Linux(CentOS/Ununtu)中安装Circos
biolxy的博客
08-23 2977
源码安装 在 Linux中安装，首先要去网站下载源码包，按照说明进行如下操作： wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz tar xvfz circos-0.69-6.tgz cd circos-0.69-6.tgz 然后还要安装下面这些Perl模块，以Config::General为例，安装方法是： sudo perl ...
python画circos图_CIRCOS圈图绘制 – 最简单绘图和解释
weixin_39955732的博客
12-05 1022
Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列；做一些简单的示意图会比较好，最后时会介绍下在线的tableviewer的使用。也可以安装在本地，在本地可以绘制基于基因组的更复杂的图。Circos由Perl写成，安装相对简单，只要Perl的包都装好了就可以了。Circos安装从http://circos.ca/software/download/circos/下载...
Mac OS X系统 Circos0.69 安装步骤及bug排查
KyrieNakoo的博客
01-27 319
Circos提供了具体但是繁琐而且混乱的安装教程，安装、教程、答疑等label下包括了各个板块所有的内容，加之不同的操作系统的安装方式也不一样，让人看的非常疑惑。写个教程以便日后回顾。
manjaro折腾记录
qq_19954537的博客
09-30 972
最近喜欢折腾linux，试了deepin linuxmint manjaro 最后还是选择了manjaro ，deepin还是不错的就是小毛病太多了 manjaro开始不会搞 搞崩了就重装 重装了八遍 终于摸清楚坑了 个人试了kde xfce 和gnome 还是觉得kde好用 xfce功能太少 gnome不知道为啥微信没有托盘显示 只是有次kde不知道怎么折腾的火狐一用就崩 重装也一样 最后无奈再次重装系统 安装还是比较简单的，建议断网安装，不然93%会卡很久 安装完 先执行 sudo pacman-mir
linux和mac安装+配置circos(
xiufan1的博客
07-25 364
一定要下载完这两个包，GD才会work，要不然会报错，且-modules显示也是fail。官网的教程说的很明白，但是很多包都已经过时了需要在网上找。一般来讲，所有包的安装都不会太困难，除了GD。1.是因为官网给的链接下出来的tgz无法解压。2.我的电脑安装后GD照样是fail的。，进入这个地址下一个.tgz。第二点的原因在于，官网的情况。，进入这个地址，按部就班。GD安装困难有以下几点。搞了一天终于配置成功。
宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-22 7627
前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据集sourmash 5基于Kmer比
circos学习笔记（一）：Mac版本安装circos及验证是否可用
weixin_41470864的博客
08-05 831
1，下载circos，http://circos.ca/software/download/circos/，放置到常用文件夹； 2，选择文件中的circos命令，并添加到Mac的bin文件夹中，使得circos命令可用，类似于pip、conda等命令，如下图： 添加方法： 已知circos文件如下： ...
Ubuntu下安装Circos
Daniel2333的博客
07-16 1745
PS: 女票需要用circos画图, 但好不会用, 所以又到我出马了. 用惯了Ubuntu, 先把circos安装起来吧.下载open source and free, 赞 官网: http://www.circos.ca/software/ 下载: http://www.circos.ca/software/download/circos/安装 Perl 需要5.8及以上的版本. 查看版本
Circos入门教程
GRC
09-12 9162
Circos入门教程 一定要第一时间将看到的东西，放在自己随时能找到的范围，自己的博客，空间内，以便于随时查阅 2011年12月18日 ⁄ Bioinformatics ⁄ 评论数 2 ⁄ 被围观 1,697 views+ 安装前的一些准备 Config::GeneralFile::BasenameFile::Spec
Circos从入门到精通
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小猪打呼噜
09-12 2万+
Circos从入门到精通
windows环境下Perl circos的安装与使用
zhu_si_tao的博客
12-07 8136
1.Perl 中的circos软件包常常被用来画基因组图形，生成的结果文件有png和svg。 由于在Linux环境下查看图形的不便，本文简要介绍在Windows环境下利用circos画图， 便于查看和调试。 2.软件的安装： 1）.Perl的安装：安装ActivePerl http://downloads.activestate.com/ActivePerl/releases/5.24.
circos软件的安装详解
庐州月光的博客
11-07 1013
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! circos 是一款perl 语言开发的画图软件，提供了染色体相关数据的一种可视化方式。其制作的图表精美，被科研工作者广泛使用。 官网如下： http://circos.ca/ 首先看下安装过程，官网上提供了3种压缩包 软件源代码压缩包 使用手册的压缩包 相关工具的压缩包 在下图中，circos-0.69.6.tgz就是源代码的安装包，circos-tut...
linex安装circos
最新发布
04-03
### 安装 Circos 的方法 Circos 是一种强大的可视化工具，适用于多种关系型数据的展示。要在 Linux 系统上安装 Circos，需遵循以下说明： #### 准备工作 确保系统已安装 Perl 和必要的依赖项。可以通过以下命令检查是否已安装 Perl： ```bash perl -v ``` 如果未安装，则可通过包管理器进行安装。例如，在基于 Debian 的系统中可执行以下命令： ```bash sudo apt-get update && sudo apt-get install perl ``` 对于 Red Hat 或 CentOS 系统，可以使用 `yum` 命令： ```bash sudo yum install perl ``` #### 下载并解压 Circos 软件包 访问官方 GitHub 页面或其他可信资源下载最新版本的 Circos 源码[^4]。假设源码压缩文件名为 `circos-x.y.z.tar.gz`，则按照如下方式操作： ```bash wget https://example.com/circos-x.y.z.tar.gz # 替换为实际链接 tar -xzvf circos-x.y.z.tar.gz cd circos-x.y.z ``` #### 配置环境变量 为了使系统的终端能够识别 Circos 工具路径，建议将其目录添加至 PATH 中。编辑 `.bashrc` 文件或直接运行以下命令临时设置： ```bash export PATH=$PATH:/path/to/circos/bin source ~/.bashrc ``` #### 安装所需模块 Circos 运行过程中可能需要一些额外的 Perl 模块支持。通过 CPAN 自动化安装这些模块是一种常见做法。以下是具体步骤： ```bash sudo perl -MCPAN -e shell [^1] install Config::General install Text::Balanced exit ``` > **提示**: 如果首次启动 CPAN 提示配置向导，请按默认选项完成初始化。 #### 测试安装 验证 Circos 是否成功安装以及能否正常运作非常重要。进入样例测试目录并尝试渲染一个简单的图像： ```bash cd examples/simple ../../bin/circos -conf circos.conf ``` 这将在当前目录下生成一张 PNG 图像作为输出成果。 --- #### 注意事项 - 若遇到字体缺失错误，考虑安装更多 TrueType 字体集合； - 对于高级功能的支持（如 SVG 输出），还需确认相关库已被加载。
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