BLAST中的E值(E-value)

Dotplot中的E值解析
最新推荐文章于 2025-09-20 19:19:52 发布
转载 最新推荐文章于 2025-09-20 19:19:52 发布 · 1.3w 阅读 · 1
文章标签：

#算法

本文解释了dotplot中E值的概念及其计算方法。E值反映了在随机情况下，其他序列与目标序列相似度超过一定阈值的概率。文章还介绍了E值的计算公式，并解释了公式中各参数的意义。
部署运行你感兴趣的模型镜像

dotplot中提到的概念：E-value.表明在随机的情况下，其它序列与目标序列相似度要大于S值的可能性。所以它的分值越低越好。

E值的计算：（某处公式为MEAN/SD，应该是不对的，说不通）

E=K*m*n*(e-lambda*S)

其中，K和lambda与数据库和算法有关，是个常量；m代表目标序列的长度，n代表数据库的大小，S就是前面提到的S值。

引用：
http://blog.sciencenet.cn/blog-830496-676326.html

您可能感兴趣的与本文相关的镜像

HunyuanVideo-Foley

HunyuanVideo-Foley

语音合成

HunyuanVideo-Foley是由腾讯混元2025年8月28日宣布开源端到端视频音效生成模型，用户只需输入视频和文字，就能为视频匹配电影级音效

ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux .tar.gz
11-18
同时，BLAST的结果可以进一步分析，例如通过E值（Expect Value）和同源性得分来评估比对的显著性和可靠性。 为了提高比对效率和结果质量，NCBI BLAST 2.12.0版引入了一些新特性与优化： 1. 更新了数据库格式，以...
在blast中E值(E value)是什么？
doudou8486的专栏
03-07 1万+
<br />一般的，当我们使用BLAST（是一种用于在数据库当寻找任何蛋白质或者基因序列与你的目标序列一致的程序）时，我们会注意到这里有一个E值。那么这个E value是什么呢？怎么来理解这个值呢？<br />下面是一个平常的blast结果，Sequences producing significant alignments:Score (S)Egi|83574104|Moth_2374|sporulation – prote…2022e-53gi|83573446|Moth_1696|Sporulatio
要发表高质量的临床研究论文，必须了解下E-value概念
郑老师统计
02-19 1163
直播预告就在本周六！“真实世界研究前沿方法”课程来啦，支持预报名！真实世界研究有哪些前沿新技术？或许不少人都会有这么一个经历，在写文章的limitation时，实在想不出写什么，总可以来一句万金油：“即使我们考虑了XX的混杂，但仍然可能存在未考虑的混杂因素对研究结果产生影响。”有问题吗？没有问题，毕竟顶刊也这么用。来源文献：Lindenauer PK, Stefan MS, Pekow PS, e...
p-value与e-value
m0_73944777的博客
09-20 889
P-value和E-value是两种衡量统计证据的指标。P-value表示在原假设为真时观测到当前数据或更极端结果的概率，常用于假设检验；较小的P值支持拒绝原假设。E-value则通过似然比衡量数据支持备择假设的程度，E>1时反对原假设。文中通过硬币实验示例演示了E-value的计算方法，并指出E-variable是随机变量，其期望值在原假设下不超过1。最后利用马尔可夫不等式建立了E值与P值的关系，说明E值超过1/α的概率不超过α。
blast的相关概念
doudou8486的专栏
04-29 8094
<br />如何本地化进行blast序列比对2011-01-27 10:201、基本概念<br />   相似性(Similarity)<br />是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同或相似碱基或氨基酸残基占全部比对碱基或氨基酸残基的比例的高低，属于量的判断。<br />   同源性(Homology)<br />是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。只有当两个蛋白质在进化关系上具有共同的祖先时，才可称它们为同源的，属于质的判断。<br /><br />相似性和同源性的关系<br /
blast中evalue和bitscore的理解
热门推荐
weixin_43364556的博客
07-03 1万+
blast中筛选结果时，bitscaore和evalue是重要的指标，其含义对于数据的筛选有指导意义 文章目录bitscore含义evalue含义示例 bitscore 含义 bitscore的概念与序列相似性较为类似，bitscore越大，序列相似性越高。 bitscore的内在含义在于，我拿出来N个随机序列，这N条序列序列中能够找出像目前这种相似性的序列。最后再取log2得到的值。因此，bitscore越大，这种相似性出现的概率就会越低，这种概率是随着bitscore的值的增加呈指数变化的。 这里可.
评估PHI-Blast结果的E-value值和identity多少比较合适
最新发布
10-21
普通Blast中E值小于0.05或0.01算是显著，但PHI-Blast可能需要更小的阈值，比如1e-5或者更低。这时候需要查证一些文献或者官方指导，但根据记忆，很多资料推荐使用1e-5到1e-10的范围，尤其是涉及功能预测的时候。 ...
19、PSI-BLAST配置文件及其在蛋白质序列分析中的应用
alpha的博客
06-17 191
本文详细介绍了PSI-BLAST及其配置文件在蛋白质序列分析中的应用。PSI-BLAST通过迭代搜索和位置特异性评分矩阵（PSSM）的构建，提高了对远程同源序列的检测能力，广泛应用于蛋白质功能预测和未知家族的发现。文章还探讨了简化氨基酸字母表对PSI-BLAST性能的优化作用，并提供了多个实际案例说明其应用流程。
TBtools上没有E-value阈值
05-10
根据之前的知识，TBtools的Simple HMM Search可能确实在某些版本中简化了参数设置，E-value可能默认使用某个值或者隐藏了高级选项。这时候，用户可能无法直接调整E-value，需要寻找其他方法。 可能的解决方案有几个...
Diamond KEGG功能注释时，参数e-value等参数该如何设置？
10-15
这里有几个关键点需要解释清楚：e-value的作用、典型阈值范围、其他相关参数如k值的含义、序列长度对e-value的影响。还要注意提醒blastx模式的选择，因为KEGG注释是蛋白层面的比对。 用户应该是生物信息学初学者，...
【BLAST算法原理】什么是K串？什么是HSP？什么是E值？
qq_65680034的博客
01-11 2429
“做过多序列比对的人都知道BLAST，也常听到K串、HSP以及E值，那么这些名词到底是什么意思？”BLAST算法原理是什么？
同源基因E-value一般的筛选标准
weixin_47634487的博客
11-16 805
同源基因的E-value是衡量同源性结果统计显著性的一个指标，通常用于BLAST比对或其他序列比对方法中。：有时，E-value的阈值需要根据数据的特性、数据库的大小以及对假阳性的容忍度来调整。：对于需要更严格筛选的情况，比如寻找非常强的同源基因时，可以选择E-value小于1e-10。：在一些严格的分析中，例如寻找非常保守的同源基因或高质量的参考基因组时，E-value值通常需要更小，甚至可以使用1e-20或者更低的标准。通常情况下，E-value越低，表示同源性越高，但也需要平衡计算时间和假阳性率。
从blast结果中取出每个query搜到的evalue最小的结果
little^raccoon
10-20 8217
在做多基因blast时，通常每个基因找到的匹配序列很多。这时习惯根据evalue来进行筛选，evalue较小的其相似性更高。下面提供两种方法解决。 一 linux命令 sort -k 11 a.test | sort -k 1,1 -u 第11列为evalue值，第一列为基因名，先根据evalue升序排列，然后根据基因名去重。默认会保留最上面的一条记录，即evalue最小值。 二 pan...
BLAST帮助
张文倩(数据库学生)
10-10 9143
blastall参数详解
hs6605015的博客
07-27 8813
用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。-o :查询结果输出文件名-m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另外还可以根..
《生物信息学：导论与方法》----序列数据库搜索----听课笔记（五）
wxw060709的专栏
09-10 905
第三章 序列数据库搜索 3.1 序列数据库 Sequence Database Searching Rather than do the alignment pair-wise, it's more often to search sequence database in a high-througnput style. Or, identify similarities betwee...
生物信息学（高通量测序）名词
weixin_33785972的博客
02-20 1564
什么是高通量测序 高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定, 因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing，NGS )足见其划时代的改变, 同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析...
ncbi blast MATLAB,NCBI-BLAST在线使用教程详细攻略（图解）
weixin_32769015的博客
03-24 9736
NCBI-BLAST在线使用教程详细攻略(图解)BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。该程序将DNA/蛋白质序列与公开数据库所有序列进行匹配比对，从而找到相似序列。BLAST功能是什么？BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助...
评论
成就一亿技术人!
拼手气红包6.0元
还能输入1000个字符
 
红包 添加红包
表情包 插入表情
表情包 代码片
 条评论被折叠 查看
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值