
linux
Cs_mary
这个作者很懒,什么都没留下…
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whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记3: 测试数据及参考基因组的准备
test datareference data: hg19<-NCBIGRCH37<-UCSCensembl 75<-ENSEMBLdownload reference data: .使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &tar原创 2017-02-25 17:46:42 · 2511 阅读 · 0 评论 -
Linux 分区挂载
问题: 1. mount /dev/sdb1 mnt挂载时提示错误如下: can not find /dev/sdb1 in /etc/fastab解决方式: mount /dev/sdb1 /mnt分析原因: 挂载目录的路径不对,加上/就好了方法: 用umount /mnt 来删除刚才的挂载不过感觉这个方法仅仅适合/mnt下只有一个挂载的情况原创 2017-06-17 09:08:08 · 777 阅读 · 0 评论 -
Linux安装 VMware tools 工具
http://jingyan.baidu.com/article/d5a880eb92227a13f147cc05.html1. mkdir /mnt/cdrom2. mount /dev/cdrom /mnt/cdrom/3. cd /mnt/cdrom/4. cp VMwareTools-7.8.4-126130.tar.gz /tmp5. cd /tmp/6. tar zxvf VM转载 2017-06-22 11:27:25 · 346 阅读 · 0 评论 -
解决Can’t locate ExtUtils/MakeMaker.pm in @INC
http://www.ttlsa.com/perl/solution-cant-locate-extutilsmakemaker-pm-in-inc/ 在安装perl的模块时候,出现这个错误:Can’t locate ExtUtils/MakeMaker.pm in @INC解决方法如下:cd /rootwget http://files.directadmin.com/services/9.0转载 2017-06-24 08:37:47 · 1621 阅读 · 0 评论 -
执行linux中bin目录下的程序
问题:直接输入bin目录下的list.modules后,提示can not found commands解决方法:chmod +x filename/bin/list.modules注意这里chmod +x 为固定语法, 后面的文件名和命令为绝对路径分析: 通过chmod赋予文件执行权限 目前只能用绝对路径可能是因为环境变量没有配置好原创 2017-06-26 09:17:32 · 1597 阅读 · 0 评论 -
circos 安装missing模块
问题:circos 安装时提示少了三个模块 GD .. ..待解决原创 2017-06-26 10:46:15 · 1480 阅读 · 3 评论 -
python-pip工具的安装
yum -y install pip提示错误解决方法:先安装epel扩展源 sudo yum -y install epel-release再安装pip yum -y install python-pip注意都是在root权限下进行的原创 2017-06-26 10:48:25 · 542 阅读 · 0 评论 -
easy_install 提示错误
问题:easy_install -m adm Traceback (most recent call last): File “/usr/bin/easy_install”, line 11, in load_entry_point(‘setuptools==36.0.1’, ‘console_scripts’, ‘easy_install’)() File “/usr/l原创 2017-06-27 09:25:10 · 1826 阅读 · 0 评论 -
Xbrowser远程连接显示灰屏
问题:本地win10用xbrowser连接ubuntu14.04 server时, 尝试xfe4桌面,Gnome, mstsc远程桌面全都不好用解决办法:直接换用Xming 参考网址: http://www.zw1840.com/blog/zw1840/2008/10/putty-xming-linux-gui.html启示:问题实在无法解决时,降低标准,满足基本需求。一个工具不好用时,换其他原创 2017-09-23 16:43:44 · 2799 阅读 · 0 评论 -
20180324
1. CentOS7设置终端快捷键设置-键盘2. 切换root用户su 3. Yum源的替换和添加mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backupcurl http://mirrors.aliyun.com/repo/Centos-7.repo >> /etc/yum.repos....原创 2018-03-24 10:58:16 · 395 阅读 · 0 评论 -
20180325
1. centos7.0下matplotlibyum install 2.原创 2018-03-25 21:41:19 · 399 阅读 · 0 评论 -
配置Xmanager连接Ubuntu 14.04远程桌面
配置Xmanager连接Ubuntu 14.04远程桌面 - jwq2011的专栏 - 博客频道 - youkuaiyun.com http://blog.youkuaiyun.com/jwq2011/article/details/54970540转载 2017-03-22 11:14:44 · 7592 阅读 · 0 评论 -
linux下环境变量的设置
什么是环境变量?简单说,就是指定一个目录,运行软件的时候,相关的程序将会按照该目录寻找相关文件。 设置变量对于一般人最实用的功能就是: 不用拷贝某些dll文件到系统目录中了,而path 这一系统变量就是系统搜索dll文件的一系列路径在Linux系统下,如果你下载并安装应用程序,很有可能在键入它的名称的时候出现 “command not found ” 的提示内容。 如果每次都到安装目录文件夹内原创 2017-03-13 14:47:41 · 412 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu14.04 下配置eclipse等IDE
目的: 在Ubuntu Server上实现R, python, java等的IDE方法: Rstudio 之前博客发过了 Ubuntu 16.04 安装和使用 R和R studio - Cs_mary的博客 - 博客频道 - youkuaiyun.com http://blog.youkuaiyun.com/cs_mary/article/details/54811968Eclipse 这篇很详细,重点看JDK的原创 2017-03-08 08:31:33 · 541 阅读 · 0 评论 -
WIN7系统下安装ubuntu-16.04,实现双系统
WIN7系统下安装ubuntu-16.04,实现双系统1.下载ubuntu-16.04-desktop-amd64.iso 放在C盘根目录 下载easyBCD软件 用来设置启动项和引导安装 下载DAEMON TOOLS 用来解压ISO文件2.win7下通过easyBCD引导安装Ubuntu16.04 选择添加新条目,选择NeoGrub,点击安装 点击配置,将me原创 2017-01-23 19:24:10 · 900 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 16.04远程登录服务器--ssh的安装和配置
1.打开”终端窗口”,输入”sudo apt-get update”–>回车–>”输入当前登录用户的管理员密码”–>回车,2.出现无法解析域名重点内容**怎么办?! 替换源!**A、备份Ubuntu 16.04源列表 sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list_backupB.打开源列表文件sudo gedit /etc/apt/sour原创 2017-01-25 11:22:28 · 60972 阅读 · 0 评论 -
Linux (Ubuntu 16.04)入门
常见Linux命令 pwd 显示当前路径 /ls/ 查看主文件夹 里的内容 cd/ 显示当前为主文件夹 mv/ 移动命令 rm/ 删除文件/目录 cp/ 复制命令 mkdir/新建目录 rmdir/ remove an empty directory man/ 打开帮助手册比如man mkdir locate/ 查找一个名为 XX的文件 head/ 用来显示开头某个数量的原创 2017-02-01 15:04:29 · 1997 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 16.04 安装和使用 R和R studio
1.安装Rsudo apt-get install r-base2.安装R studiowget https://download1.rstudio.org/rstudio-1.0.136-amd64.debsudo apt-get install gdebi-coresudo apt-get install libapparmor1 sudo gdebi rstudio-1.0.136-a原创 2017-02-01 21:46:20 · 3629 阅读 · 0 评论 -
whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记2 软件安装
1.测序数据大小计算公式:人类基因组(30亿个碱基)X 30(测序深度)=900亿个碱基(1800亿个字母) 900亿个碱基/150(测序策略PE150)=6亿条reads 6亿条reads X 45(每条reads的名字长度)=2070亿个字母(每个字母一个字节) 2070亿个字母 / 每个G所包含的字节数 (1024*1024*1024)=192.7838G注释: 测序仪器下机数据的 f原创 2017-02-01 12:44:41 · 1877 阅读 · 2 评论 -
github提交
git remote add origin https://github.com/Marysgithub/rstudio-demo.git链接远程库 备选,建好后不用rstudio-demo切换到远程仓库目录下git push origin master提交当前mastergit add + 待提交的多个文件5.git commit -m “add 5 files” #注释原创 2017-03-16 14:26:34 · 461 阅读 · 0 评论 -
linux命令
1.如何实时查看linux下的日志 - lclc - 博客园 http://www.cnblogs.com/lcword/p/5917395.htmlcat /var/log/*.log2.linux下文件夹的创建、复制、剪切、重命名、清空和删除命令 - zengjs - 博客园 http://www.cnblogs.com/zengjs/p/3169473.html文件改名: mv 源文件原创 2017-03-05 17:24:26 · 498 阅读 · 0 评论 -
linux 下安装python最新版如3.6.0 及调用2.7.6和3.6.0
参考资料 Linux 下编译安装 python3和上一条对照比较使用Linux 下切换 python3.6.0和2.7.6python3.6.0 下载(Linux)原创 2017-02-27 09:01:55 · 671 阅读 · 0 评论 -
Bioinfo excerise 20170309-1
1.批量建立文件touch tmp_{1..10}.txt注意大括号内是两个点,不是三个点!结果:一次性建立如下共10个文件 tmp_1.txt tmp_5.txt tmp_9.txt 2.查找当前目录下包含某一字符的文件find ./ -name "*_*"结果: 所有带_的文件就显示了 /ucsc_cds ./tmp_9.txt ./tmp_3.txt ./uc原创 2017-03-09 13:49:55 · 437 阅读 · 0 评论 -
初始化github
1.安装Git,使用命令 “sudo apt-get install git”我的已经安好了,就不用安装了生成key 生成ssh key,使用命令 “ssh-keygen -t rsa -C “your_email@youremail.com””,your_email是在github上注册用的email2.检查key是不是已经存在, 打开一个终端,并输入以下命令: $ ls -al ~/.ss原创 2017-02-27 16:09:39 · 642 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 环境下 vim 打造成 IDE
入门用这个教程 一个小博客教你把vim用飞起来 - 逝雪 - 博客园 http://www.cnblogs.com/songfy/p/5635757.html配置基本的展示形态首先, 我们建立目录存放我们的主题 mkdir -p ~/.vim/colors这个目录就是给我们存放主题用的, 我们用什么主题呢? 这里我们采用molokai这个主题, 当然如果读者愿意用别的主题, 也是可以的,原创 2017-03-06 20:11:47 · 1453 阅读 · 1 评论 -
20180510 CentOS7(原gcc-4.8.5) gcc-4.9.3 安装
遇到问题: gcc-4.9.3无法使用./contrib/download_prerequisites脚本自动安装依赖组件解决方法: 下载组件后拷入gcc-4.9.3目录下进行手动安装 (下载好的组件已经打包放在我的下载页面里了) 不用./contrib/download_prerequisites脚本注意事项: 1. 下载解压后按 ./configuration...原创 2018-05-10 21:38:18 · 1345 阅读 · 0 评论