叶绿体基因组圈图

最新推荐文章于 2024-10-30 11:08:04 发布
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分类专栏： Chloroplast
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1.CPGAVAS http://47.96.249.172:16019/analyzer/annotate 打不开了
2.OGdraw：http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/index.shtml（一般文章常用圈图网站，但最近已崩）

https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html
3.GenomeVx：http://wolfe.ucd.ie/GenomeVx/(输入.gb格式）
![SWLD63_~]24_OP0T812CYWR.png](https://imgconvert.csdnimg.cn/aHR0cHM6Ly91cGxvYWQtaW1hZ2VzLmppYW5zaHUuaW8vdXBsb2FkX2ltYWdlcy8xMjEzMzQ2NC0xMzQ3ZmFkY2IyMGM4NDUxLnBuZw)

在线作图|小基因组——叶绿体基因组圈图
weifanbio的博客
08-26 1239
在线绘制叶绿体基因组圈图 在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~）可以画也叶绿体基因组圈图！！！操作步骤如下： ①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器） ②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~ ③登录后在工具一栏（全部分析）里找到叶绿体基因组圈图，点击
NCBI|叶绿体基因组数据上传
weifanbio的博客
10-18 3523
叶绿体基因组NCBI上传 小编最近在NCBI上传了好几次数据…想着可以把具体的上传步骤写下来，供大家参考。以下是叶绿体基因组的上传示例，大家可以瞅瞅 图片 准备工作 1.登录NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击“sign in to NCBI”——“See more 3rd party sign in options”——搜索“Microsoft live.com”。 ”sign in to NCBI“ ”See more 3rd party sign i
叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程）
weixin_62735625的博客
01-24 9281
前言 叶绿体基因组（cpDNA）是环状的，在大小、结构和基因含量方面都相对保守，目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。 一、CPGAVAS2的使用 首先要寻找最佳的参考基因组，打开NCBI官网：National Center for Biotechnology Informationhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 点击BLAST，跳转页面后点击NucleotideBLAST 输入目标序列的acce...
叶绿体基因组完成图重磅来袭！
SHANGHAILINGEN的博客
07-01 801
专业的团队，专业的小基因组极致完成图
上传叶绿体基因组序列至NCBI
weixin_62735625的博客
04-21 3916
进入NCBI官网：National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
文献解读|苍术属植物叶绿体基因组变异及系统发育关系
weifanbio的博客
05-16 1147
TITLE：Chloroplast genome variation and phylogenetic relationships of Atractylodes species 译名：苍术属植物叶绿体基因组变异及系统发育关系 期刊：BMC Genomics 日期：2021年2月 下载链接：https：//doi.org/10.1186/s12864-021-07394-8 研究介绍 苍术是应用广泛的中草药白术、苍术的基本原植物，为东亚特有属。属内种的形态差异很小，通用的DNA条码不能清楚地区分系统关系或
叶绿体基因组是什么？
04-12
叶绿体基因组是由一圈环状DNA组成，其中包含了编码光合作用所需的一些蛋白质和RNA分子的基因序列。 叶绿体基因组具有一些特点，例如它相对较小，通常只有几十至几百个基因；它具有自主复制和自主转录的能力，可以在...
动物线粒体基因组组装基本流程——GetOrganelle
weixin_72198952的博客
07-13 2581
大多数动物线粒体基因组为双链环状DNA分子（J链和N链)。非孟德尔遗传，一般为母系遗传。也有部分为父系遗传，例如哺乳动物中绵羊。动物的线粒体基因组一般15～20 kb。线粒体是古老的具有自主复制和遗传能力的细胞器。重组是线粒体基因组进化的主要方式。动物线粒体基因组结构相对保守，基因排列紧凑，这些特点都跟植物叶绿体基因组相似。
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法
悟道西方
10-30 736
宏基因组编码的蛋白质种类繁多，反映了多种功能和活动。对这一巨大序列空间的探索仅限于与参考微生物基因组和来自这些基因组的蛋白质家族进行比较分析。在此，我们开发了一种计算方法，从宏基因组的序列空间中生成无参考的蛋白质家族，以研究目前通过参考基因组所能实现的功能多样性之外尚未开发的功能多样性。
CPGAVAS2|叶绿体注释工具
weifanbio的博客
04-11 2238
嘀嘀嘀，今天小编给大家介绍的是叶绿体注释工具CPGAVAS2的使用方法，觉得有用的盆友可以收藏起来。 使用方法 01 从NCBI数据库中寻找最佳参考基因组 1、进入NCBI官网： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/； 2、进入页面后点击BLAST, 新页面出现后点击Nucleotide BLAST； 3、在方框中输入序列的accession number或者提交序列文件后，点击左下角BLAST； 4、出现这个页面之后请耐心等待，你提交的序列越长速度越慢； 5、比对完成后出现
从零开始学Circos绘制圈图（一）
xuzhougeng blog
07-26 1万+
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。 circos绘制基因组 当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这...
叶绿体基因组四个区连接位点可视化（IRscope+另一个画图脚本）
weixin_43362619的博客
07-31 6291
  IRscope是一款将叶绿体基因组四个区域连接位点可视化的软件，可以本地化，也可以在线服务，具体可移驾这篇文章: IRscope:可视化叶绿体基因组四个区连接位点.   我之前用的是本地化的软件，会遇到genbank文件格式的问题，导致程序报错，或者图片生成的很奇怪，又或者文件太多，运行的太久（可能是我的配置问题）。。。正常情况下图片是好的，而且生成的是pdf格式的图片，修改起来很方便（在线服务给的图片是gpg，修改起来可能会麻烦些）。   下图是在线服务中给的两个genbank文件做的图。   em
线粒体和叶绿体的基因组特点_叶绿体/线粒体在线注释网站GeSeq使用简介
weixin_42571476的博客
01-02 6240
叶绿体/线粒体在线注释网站GeSeq上篇介绍了一个线粒体在线注释网站，MITOS，今天呢白鱼小编继续给大家推荐另一个在线注释网站，GeSeq。该网站即可用于注释线粒体，也可用于叶绿体。GeSeq主要以同源注释的方式，快速准确地实现细胞器基因组的注释，特别是叶绿体基因组。GeSeq网站链接：https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/geseq.htmlGeSe...
Python&R LEfSe 分析
吴苏
02-04 1万+
软件安装与路径添加  在涉及到物种或基因组间差异分析的方法中，LEfSe是目前常见的方法。LEfSe实现的方式主要有在线分析和本地分析，在线分析会受到网络及其他因素影响，因而速度可能极慢。本地分析可基于Windows或Linux系统，调参更加灵活。本文以Windows系统为例，向大家展示如何在自己的本本上运行LEfSe，再也不用去求公司了……  首先，我们要安装好Pyhthon（2.7版本）和R（...
Chloroplot叶绿体基因组圈图可视化的新工具
qq_36608036的博客
10-28 4401
Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新工具 文章题目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes 期刊 frontiers in Genetics 25 September 2020 University of Helsinki 这个工具是一个shiny应用 链接是 https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/ 应该是和IRscope同一拨人开发的
novoplasty拼叶绿体全基因组
weixin_45314058的博客
06-26 1万+
1、config文件准备 红线部分为修改参数内容，seedinput为从头拼接的引导保守序列，forward/reverse reads为解压缩好的illumina测序文件。若需要参考基因组拼接可在根目录文件包内粘贴上参考序列fasta格式文件，并在config的reference sequence中加入该文件路径。 ![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn...
微生物测序分析LEfSe
热门推荐
宁生信
06-21 5万+
LEfse分析定义 LEfse分析即LDA Effect Size分析，可以实现多个分组之间的比较，还进行分组比较的内部进行亚组比较分析，从而找到组间在丰度上有显著差异的物种（即biomaker）；
基因组共线性分析方法
weixin_30782331的博客
11-27 4878
#===================================== 版本1 ================================== 链接地址：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者： wyp 版本：Perl #===================================== 版本2 =====...
如何判断基因组的重复区域_叶绿体基因组（2）
weixin_39558754的博客
01-16 3092
点击标题下「蓝色微信名」可快速关注关键词：叶绿体、基因组、细胞器、生物信息学叶绿体基因组的生物信息分析内容还是比较多的，包括基于结构和功能的基础分析，还包含了比较基因组和群体基因组的高级分析。相对于植物核基因组来讲，叶绿体基因组的开展更加迅速，从NCBI的统计数据来看近几年更是进入了爆发式增长期，截止到目前数据库中已存有将近3000个完整的叶绿体基因组序列，这为我们提供了丰富的信息资源...
叶绿体基因组组装
最新发布
03-31
### 叶绿体基因组组装工具及流程 #### 工具介绍 GetOrganelle 是一种高效的叶绿体基因组组装工具，广泛用于从高通量测序数据中提取并组装完整的叶绿体基因组[^2]。该工具不仅支持叶绿体基因组的组装，还具备高性能、易用性和自动化的特点，适合大多数被子植物样本的研究需求。 #### 安装方法 可以通过 Conda 轻松安装 GetOrganelle，具体命令如下： ```bash conda install -c bioconda getorganelle ``` #### 数据准备 在进行叶绿体基因组组装之前，通常需要对原始测序数据进行预处理，以去除低质量读段和其他干扰因素。这一步骤可能涉及去除适配器序列、过滤短片段以及修正碱基错误等操作[^4]。 #### 组装流程 以下是基于 GetOrganelle 的典型叶绿体基因组组装流程： 1. **构建图谱** 使用 `get_organelle_from_reads.py` 命令来生成初步的 de Bruijn 图，并从中识别潜在的叶绿体相关路径。 ```bash python get_organelle_from_reads.py -1 reads_1.fq.gz -2 reads_2.fq.gz -o output_directory --threads 8 ``` 2. **参数优化** GetOrganelle 自动估算 word size 和其他关键参数，减少手动干预的需求。如果需要自定义设置，可通过 `-k` 参数指定 k-mer 大小。 3. **路径扩展与验证** 在初始图的基础上进一步延伸路径，并利用内置算法检测环状结构的可能性。此过程有助于确认最终的叶绿体基因组图谱是否闭合。 4. **结果导出** 将组装完成后的 contig 或 scaffold 导出为 FASTA 文件形式以便后续分析。 ```bash cat output_directory/contigs.fa > chloroplast_genome.fasta ``` 5. **可视化与校正** 利用第三方软件（如 Bandage）加载生成的 GFA 文件，直观展示装配效果；必要时可借助 PCR 实验或其他独立证据补充缺失区域或纠正错误连接点[^3]。 #### 技术优势 相比传统方法，GetOrganelle 提供了更快的速度和更高的准确性，在模拟及实际测试案例中的表现均优于同类竞争者[^1]。 ---
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