叶绿体基因组圈图

最新推荐文章于 2024-11-25 15:26:50 发布
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1.CPGAVAS http://47.96.249.172:16019/analyzer/annotate 打不开了
2.OGdraw：http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/index.shtml（一般文章常用圈图网站，但最近已崩）

https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/OGDraw.html
3.GenomeVx：http://wolfe.ucd.ie/GenomeVx/(输入.gb格式）
![SWLD63_~]24_OP0T812CYWR.png](https://imgconvert.csdnimg.cn/aHR0cHM6Ly91cGxvYWQtaW1hZ2VzLmppYW5zaHUuaW8vdXBsb2FkX2ltYWdlcy8xMjEzMzQ2NC0xMzQ3ZmFkY2IyMGM4NDUxLnBuZw)

在线作图|小基因组——叶绿体基因组圈图
weifanbio的博客
08-26 1239
在线绘制叶绿体基因组圈图 在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~）可以画也叶绿体基因组圈图！！！操作步骤如下： ①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器） ②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~ ③登录后在工具一栏（全部分析）里找到叶绿体基因组圈图，点击
NCBI|叶绿体基因组数据上传
weifanbio的博客
10-18 3520
叶绿体基因组NCBI上传 小编最近在NCBI上传了好几次数据…想着可以把具体的上传步骤写下来，供大家参考。以下是叶绿体基因组的上传示例，大家可以瞅瞅 图片 准备工作 1.登录NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击“sign in to NCBI”——“See more 3rd party sign in options”——搜索“Microsoft live.com”。 ”sign in to NCBI“ ”See more 3rd party sign i
叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程）
weixin_62735625的博客
01-24 9274
前言 叶绿体基因组（cpDNA）是环状的，在大小、结构和基因含量方面都相对保守，目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。 一、CPGAVAS2的使用 首先要寻找最佳的参考基因组，打开NCBI官网：National Center for Biotechnology Informationhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 点击BLAST，跳转页面后点击NucleotideBLAST 输入目标序列的acce...
叶绿体基因组完成图重磅来袭！
SHANGHAILINGEN的博客
07-01 801
专业的团队，专业的小基因组极致完成图
上传叶绿体基因组序列至NCBI
weixin_62735625的博客
04-21 3915
进入NCBI官网：National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
文献解读|苍术属植物叶绿体基因组变异及系统发育关系
weifanbio的博客
05-16 1147
TITLE：Chloroplast genome variation and phylogenetic relationships of Atractylodes species 译名：苍术属植物叶绿体基因组变异及系统发育关系 期刊：BMC Genomics 日期：2021年2月 下载链接：https：//doi.org/10.1186/s12864-021-07394-8 研究介绍 苍术是应用广泛的中草药白术、苍术的基本原植物，为东亚特有属。属内种的形态差异很小，通用的DNA条码不能清楚地区分系统关系或
叶绿体基因组是什么？
04-12
叶绿体基因组是由一圈环状DNA组成，其中包含了编码光合作用所需的一些蛋白质和RNA分子的基因序列。 叶绿体基因组具有一些特点，例如它相对较小，通常只有几十至几百个基因；它具有自主复制和自主转录的能力，可以在...
Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法
悟道西方
10-30 735
宏基因组编码的蛋白质种类繁多，反映了多种功能和活动。对这一巨大序列空间的探索仅限于与参考微生物基因组和来自这些基因组的蛋白质家族进行比较分析。在此，我们开发了一种计算方法，从宏基因组的序列空间中生成无参考的蛋白质家族，以研究目前通过参考基因组所能实现的功能多样性之外尚未开发的功能多样性。
Proksee绘制细菌基因组圈图
interestingaha的博客
11-25 2292
支持在线BLAST和prokka以及部分基因注释，并且能将对应的分析结果添加到圈图显示，主要功能如下图左，其中。总的来说操作prokka操作便携，适合小量基因组（如细菌基因组、质粒、线粒体、叶绿体等）的在线分析和展示。图的Mark边栏可以选择背景色和基因组展示方式（环状或者条状），以及是否展示标签等。则表示开始线上分析。分析结果可通过“Add Features to Map。”添加并更换颜色，下图右。表示可以将结果添加进图，
宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-22 7634
前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程 微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程 1背景知识-Shell入门与本地blast实战 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer 3组装拼接MEGAHIT和评估quast 4基因注释Prokka 5基于Kmer比较数据集sourmash 5基于Kmer比
CIRCOS圈图绘制 - circos安装
03-12
CIRCOS圈图绘制 - circos安装
R语言acres92 region_[R语言 学习笔记] circlize绘制基因组圈图的原理与使用（一）...
weixin_36278346的博客
12-23 1626
由于图形大多由点、线、多边形等简单图形组成，circlize实现了在圆形作图区域添加图形的低级绘图函数，通过低级绘图函数的不同组合，可以轻松生成更复杂的图形。这一原则确保了各种类型的高级图形不会受软件包本身的通用性限制，并且可以在此基础上构建针对特定兴趣的高级包。欢迎大家批评指正转载请标明出处：https://www.ivistang.com/articles/296circlize的原理circ...
从零开始学Circos绘制圈图（一）
热门推荐
xuzhougeng blog
07-26 1万+
一般基因组文章都会有下面这种酷炫图，用来描述基因组的基因密度分布，转座子的密度分布，和其他物种或者多倍体的多套染色体间的共线性关系，以及其他各种你只要测序就能加上的信息，比如说你要是测了ATAC-seq，加上全基因组开放状态，要是测了多个组织，多个时期的RNA-seq，那就加上热图展现这种变化关系。 circos绘制基因组 当然除了基因组文章，其他类型的文章也可以考虑这...
一网打尽——线粒体基因组高级分析
SHANGHAILINGEN的博客
10-27 2860
线粒体基因组高级分析
Chloroplot叶绿体基因组圈图可视化的新工具
qq_36608036的博客
10-28 4401
Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新工具 文章题目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes 期刊 frontiers in Genetics 25 September 2020 University of Helsinki 这个工具是一个shiny应用 链接是 https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/ 应该是和IRscope同一拨人开发的
绘制Circos基因圈图
BioinfoDu
08-01 1562
关于Cirocs图的制作，我从刚开始到现在都是是使用TBtools进行制作的，说实话，对于不想写代码的我（或是你）来说，生信可视化工具真的很方便。目前，生信可视化的工具很多，自己也加着2-3个类似的群，但最后一直使用到现在，以至于后面一直会使用的，TBtools是其中一个。但是，自己的能力有限，很多高深的内容自己涉及不到，或是没能力涉及。我这里做个简单的记录，自己是补充前面做的分析的图，因此，自己手中并没有特定的绘图问题，只有一个总文件和所需绘图的基因ID，因此，只能用基因ID进行提取信息。
基因组共线性分析方法
weixin_30782331的博客
11-27 4878
#===================================== 版本1 ================================== 链接地址：http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者： wyp 版本：Perl #===================================== 版本2 =====...
植物基因组数据库
qq_36608036的博客
10-30 5343
植物基因组数据库 0.072 2018.08.24 21:39:15 字数 748 阅读 1054 | Database | URL | Species | | RARTF | http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ | 拟南芥 | | AGRIS, AtTFDB | http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/ | 拟南芥 ...
从零开始学CIRCOS绘制圈图(二)
xuzhougeng blog
07-30 4991
在从零开始学Circos绘制圈图（一） 我们已经绘制出一个比较丑的circos图，这一部分是讲解一些细节。 这一部分会从上一步的两个文件开始，分别是 karyotype.tair10.txt chr - chr1 chr1 0 30427617 chr1 chr - chr2 chr2 0 19698289 chr2 chr - chr3 chr3 0 23459830 chr3 ...
叶绿体基因组组装
最新发布
03-31
### 叶绿体基因组组装工具及流程 #### 工具介绍 GetOrganelle 是一种高效的叶绿体基因组组装工具，广泛用于从高通量测序数据中提取并组装完整的叶绿体基因组[^2]。该工具不仅支持叶绿体基因组的组装，还具备高性能...
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