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RSS订阅原创 结构域对比~HMMER安装及应用
网址：http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip要复制到讯雷里下载要不然就是404 no found下载完成后：Windows10 用户打开 控制面板，搜索 环境变量，点击 编辑系统环境变量，选择 环境变量在 系统变量 里找到 ，点击 编辑点击右边的 新建 按钮，填入 HMMER 所在的 路径之后在cmd里面测试能不能用，切换D盘后，输入hmmscan -h，回车出现这个说明可以使用了在Pfam(Pfam: Home pag
2022-06-27 14:56:19
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原创 引物设计-Primer6.0
1、引物应用核酸系列保守区设计并具有特异性。最好位于编码区5'端的300-400bp区域内，可以用DNAMAN，Alignment软件看看结果。2、不能形成2级结构。3、引物长度一般在17-25bp之间，上下游引物不能相差太大。4、G+C含量在40-60%之间，45-55%最佳。5、碱基要随机分布，尽量均匀。6、引物自身不能有连续4个碱基的互补。7、引物之间不能有连续4个碱基的互补。8、引物5‘端可以修饰。9、3’端不可修饰，而且要避开AT，GC富集的区域，避开T/C,A/G连续结构（2-3个）。10、引物
2022-06-14 22:13:57
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原创 本地blast~TBtools
首先，需要准备两个文件。第一个是建库（近缘物种目标基因），类似于这种格式；第二个是自己物种的protein.fasta打开TBtools，选择blast→several sequences to a big file然后，在方框处，上载自己的建库文件，然后在下面选择自己物种的protein文件，然后填入自己结果的输出路径以及文件命名，开始start然后得到了结果文件Query id：查询序列ID标识Subject id：比对上的目标序列ID标识% iden
2022-04-29 21:02:09
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原创 上传叶绿体基因组序列至NCBI
进入NCBI官网：National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
2022-04-21 21:58:51
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原创 SSR检测，定位~MISA,perl
SSR（Simple Sequence Repeat），简单重复序列标记。SSR是以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，或称微卫星序列标记(Microsatellite sequence，MS)，或短串联重复标记( Short Tandem Repeat，STR)一、MISA检测SSR官网地址：Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)打开后如下输入自己的邮箱，选择一种方法上载自己的序列(Accession number，FASTA s.
2022-03-25 11:17:39
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原创 SCI 选刊
一、筛选网站1、Elsevier, Journal Finder网址：Elsevier® JournalFinder会显示推荐期刊的详细信息：影响因子、CiteScore 、审稿周期、接收率、见刊周期，详尽的计量指标及期刊的收录范围等信息，用户可以查看各项指标的定义、图表、支持数据、版面费，包括5年影响因子、过去5年内全球各国主要通讯作者的数量等。只推荐Elsevier集团旗下的期刊；审稿周期、录用率、见刊周期的统计数据来自于Elsevier集团内部，如果想选择Elsevier旗下的期刊，该
2022-03-12 17:43:32
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原创 转录组代谢组联合分析基础名词
1.基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA）：基因共表达网络是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图，图中的节点代表基因，具有相似表达谱的基因被连接起来形成网络。通过构建基因共表达网络，可以深入探讨基因间的相互作用关系并挖掘核心基因（hub gene）2.高通量测序：高通量测序技术（High-throughputsequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百
2022-02-24 15:53:38
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原创 基因组共线性分析~mauve（图文教程）
前言用mauve进行基因组共线性分析是检测重排以及同源性基因的重要方式有两个途径，一个是用mauve软件分析，一个是用geneious中的mauve插件需要注意的是，这两个软件做共线性分析的时候都要求java环境一、mauve使用教程打开mauve软件，点击file→align with progressiveMauve出现一个小窗口，点击add sequence添加序列，要上传序列的fasta格式在output处对输出文件进行命名，点击align开始运行
2022-02-11 21:11:42
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原创 全基因组序列对比~mVISTA，perl转化mvista格式（图文教程）
一、mVISTA的使用首先，官方网址：https://genome.lbl.gov/vista/index.shtml打开后如下，点击mVISTA输入需要对比的序列个数在对应位置输入自己的邮箱，上传目标序列的fasta格式文件这里有三个选项，LAGAN是多序列对比，Shuffle-LAGAN是检测重排在Name栏输入对应序列的名称，一般不能出现空格，可以用“-”代替然后要上载文件，这里的文件格式要求必须是mvista格式的文件（要用pe..
2022-02-11 19:29:25
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原创 Endnote X9使用教程
前言Endnote是一款插入文献信息的工具，使用很方便，尤其是论文修改时，添加或删减变动文献位置时可以自动调整，省时省力插入文献安装完软件后，可以在word中打开引用文献时，我一般是直接百度文献名称一般可以进入百度学术界面，也可以进入文献的官方界面（也就是所属杂志的界面），如下点击cite，但是并没有看到明显的适配endnotes格式的引文格式，我也没有尝试，因为百度学术可以解决这个问题，很方便打开百度学术下的该论文，点击引用点击end..
2022-02-11 17:00:23
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原创 叶绿体边界区域可视化对比~irscope本地化、使用（图文教程）
大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比，从而对该科/属的叶绿体的结构有一个更加宏观的认知。
2022-02-11 11:46:50
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原创 R语言安装~R，Rstudio
一、R语言安装首先进入官网：https://cran.r-project.org下载相应版本的安装包点击base点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载下载完成后，点击该安装包，开始下载我要安装的是64bit，把32bit的勾划掉，继续点击下一步，直到安装完成二、Rstudio安装下载地址为：Download the RStudio IDE - RStudio点击free下的download...
2022-02-11 10:11:02
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原创 密码子偏好性分析~codonW，EMBOSS：CUSP（图文教程）
编码同一氨基酸的不同密码子互为同义密码子，不同的同义密码子被使用的频率并不一样
2022-02-08 11:09:27
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原创 叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程）
前言叶绿体基因组（cpDNA）是环状的，在大小、结构和基因含量方面都相对保守，目前常被用于属水平的进化研究以及分子鉴定。叶绿体基因的注释是目前对基因组最常见、最基础的分析。一、CPGAVAS2的使用首先要寻找最佳的参考基因组，打开NCBI官网：National Center for Biotechnology Informationhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/点击BLAST，跳转页面后点击NucleotideBLAST输入目标序列的acce...
2022-01-24 22:55:52
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原创 系统发育树的美化~Figtree（图文教程）
figtree是一款用于进化生物学的进化树作图软件，常用于进化树的美化，可以设置颜色、名称、样式等参数
2022-01-22 20:28:54
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原创 NJ法，ML法构建系统发育树~MEGA7.0，iqtree(图文教程)
MEGA7.0使用NJ法（Neighbor-Joining Algorithm，邻接法）构建系统发育树；IQtree使用ML法（Maximum likelihood，最大似然法）构建系统发育树
2022-01-21 20:07:36
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原创 构建系统发育树~序列对比 MEGA、MAFFT（图文教程）
前言构建进化树的流程为：整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础，主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。一、MEGA进行序列对比刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0，首先点击Align→Edit/Build Alignment，会弹出一个对话框，点OK，弹出第二个对话框，根据自己的序列选择，我选择DNA序列会弹出另一个对话框，点击Edit→Insert Sequence From File ，打开自己整合后的fas...
2022-01-15 23:24:27
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空空如也
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