【GATK加速】作为BWA/GATK软件的替代者,Sentieon 202010版本更新细节

Sentieon 202010版本对TNhaplotyper2进行重大更新,与Mutect2 4.1.9结果匹配。新增ContaminationModel、OrientationBias和TNfilter算法,移除tnhaplfilter。更新包括内存优化、DNBSEQ平台支持、UMI一致性速度提升等。同时修复多个错误,如处理无序列的BAM文件崩溃问题等。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

image.png
Sentieon最新推送版本为V2020,新版本对TNhaplotyper2模块进行了重大更新,使其能匹配4.1.9版本的Mutect2的结果,并引入了三种新算法:ContaminationModel、OrientationBias和TNfilter。在本版中,已经移除tnhaplfilter。具体更新内容如下:

新添加的功能

Reduced memory usage when outputting CRAM files.
Maintenance update of the TNseq algorithm.
Added DNBSEQ platform to support BGI sequencers.
Improve speed of umi consensus when not outputting BI/BD tags.
Added support of BGZF compressed interval list files as well as VCF and VCF.gz files.
Modified the type of the AD, QSS and RPA FORMAT field in the VCF.
Override unlimited stack size limit in Linux to prevent Linux bug with thread local storage allocation.
Using an empty interval bed file will result in no processing done, as if the interval had 0 length.

Bug修复

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值