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血浆中的线粒体DNA损伤相关分子模式(mtDNA DAMPs)与多种疾病的发病机制和预后密切相关。目前主流的qPCR方法存在诸多局限性。虽然全基因组测序可能克服这些局限，但血浆中mtDNA含量过低难以达到理想测序深度。为此，研究团队开发了一种新型RNA靶向捕获方法，结合WGS和生物信息学分析，旨在实现对血浆mtDNA的准确定量、片段分布分析、序列来源识别及变异检测。并在四名重度创伤患者的血浆样本中进行了验证，为血浆mtDNA的深入研究提供了新的技术手段。

不同的研究方案和各异的临床及研究制度下收集的基因组数据存在的区别，因此创建协调统一的数据库是有益的，尤其在儿科罕见疾病领域。且能解决研究型医院在研究和临床实践时面临诸多的挑战，能满足不同环境的独特要求和目标，包括众多利益相关者的需求。为此研究团队使用通过设计、样本收集、基因测序、表现分析和数据处理等方法创建了一个共享的GORdb数据库。数据库目前共计8516个外显子组和112个基因组数据，在168个基因中识别出253个重要变异，在29个基因中发现43个变异体的临床确认。

在本研究中，使用DRAGEN 07.011.352.3.2.8b比对到hg38，并使用DRAGEN进行变异检测，6个三人家庭的联合基因分析由GATK3.8-1-0-gf15c1c3ef完成，SVs的检测由Delly(v0.6.01)，CNVnator(v0.3.2)，ERDS (v1.1)， Manta(v1.1.1.)联合进行。7C)的结果，显示了片段大小。(A) 使用特异于CDKL5 cDNA外显子2-5的引物进行RT-PCR，在先证者(P)、父亲(D)和母亲(M)中产生240 bp扩增子。

非小细胞肺癌(NSCLC)的致癌基因改变包括MET、EGFR、ALK和ROS等。其中MET外显子14跳跃突变(METex14)与不良预后相关。虽然MET选择性抑制剂为METex14突变患者提供了治疗选择，但最终会产生耐药性。为此，研究团队建立了PDX模型来了解MET抑制剂的耐药机制。

该研究首次在染色体水平解析了貉的基因组特征，揭示了其生态入侵的分子机制，为入侵物种防控提供了靶点。

研究首次利用CRISPR-Cas9技术构建携带与人类致病突变同源（Gaa c.1826dupA）的庞贝病小鼠模型，更精准模拟人类IOPD的病理特征，为疾病机制研究和个性化治疗策略开发提供了重要工具。

研究表明，兴国灰鹅喙长性状是一个由多基因控制的复杂性状，其中4号染色体19Mb附近的基因群在调控网络中发挥核心作用。特别是LGI2通过介导ADAM蛋白与Wnt信号通路的互作调控神经嵴细胞分化，SEPSECS通过硒蛋白合成影响神经元发育，而TAPT1、DHX15等基因则通过RNA剪接、细胞周期调控影响颅面骨骼发育。

这项系统性的基因组研究揭示了果子狸的关键生物学特征和进化适应性，为理解其作为病毒宿主的分子机制提供了重要见解。不仅深化了对该物种的认识，也为人畜共患病防控提供了重要的科学依据。

研究通过实验证实了TBZ对GBM细胞的抑制作用，并揭示了其潜在的分子机制，为GBM的治疗提供了新的思路。TBZ作为一种已知安全的药物，其再利用有望加速临床试验的进程，为GBM患者提供新的治疗选择。

该研究首次系统地证实了遗传因素在SUDP中的重要作用，不仅揭示了疾病的遗传异质性，还为临床实践提供了重要指导。研究结果支持对SUDP患者进行全面的遗传学评估，这不仅有助于了解死亡原因，还可以为存活家庭成员提供医疗监测和遗传咨询，为SUDP的预防和干预策略提供了新的思路和方向。

本研究首次在产前诊断中发现SMO基因的复合杂合变异(c.1219C > G和c.1619C > T)很可能是导致该中国家族胎儿PAP的原因。这一发现不仅扩展了对SMO基因突变导致发育异常的认识，也为该家庭的遗传咨询提供了重要依据。

癫痫是一种由突然、无序和过度的神经元放电引起的反复发作性脑功能障碍，定义为发生两次或以上的非诱发性发作。自闭症谱系障碍(ASD)是一种神经发育障碍，其病因尚未完全阐明，但遗传因素起重要作用。先前研究表明，电压门控钾离子通道Kv10.2的功能障碍可能与癫痫性脑病和ASD有关。为进一步探讨KCNH5基因突变与癫痫和ASD之间的潜在联系，研究组对三例中国儿童进行了KCNH5基因突变检测。

旨在为三阴性乳腺癌患者提供更准确的腋窝淋巴结转移风险评估工具。研究者综合分析了临床病理信息、基因组和转录组数据，构建了一个多组学预测模型。

这项研究证实了BNT162b2疫苗在预防COVID-19，尤其是严重病例方面的有效性，且表明疫苗效力的下降主要是由于时间因素，而非Delta变种的免疫逃逸。

文章讨论了肿瘤突变负荷(TMB)作为免疫治疗生物标志物的重要性及其测定方法的标准化问题。强调了不同TMB测定方法间存在的差异，以及统一这些方法的必要性。尽管存在差异，研究发现不同方法的结果具有良好相关性。研究组呼吁建立准确、可重复的TMB评估标准，以促进其在临床实践中的应用。

这项研究首次在大规模独立测试集上验证了基于NGS的液体活检在犬类多癌种检测中的应用。该方法具有很高的特异性，可以作为一种新的无创癌症筛查和辅助诊断工具。通过早期发现癌症，有望改善犬类癌症的诊断和管理模式。

本研究展示了整合多组学数据在揭示肿瘤异质性和耐药机制方面的强大潜力。ResolveOME为研究单细胞水平的基因调控机制提供了新的有力工具，有助于更好地理解肿瘤进展和耐药性的分子机制。这种方法不仅深化了对癌症生物学的认识，还为开发更精准的个体化治疗策略提供了重要依据。在本研究中，研究组使用Sentieon GVCFTyper、VarCal和ApplyVarCal对NA12878细胞进行联合基因分型，并使用BWA进行比对，去重复化。

DNAscope在不同样本和不同覆盖度水平下都能达到比DNAseq更高的准确性。使用GA4GH分层区域进行的分层分析，能够确认DNAscope在大多数分层区域中都具有高准确性，并突显了DNAscope在插入缺失（indels）和包含变异检测较困难的基因组区域的分层中具有更高的准确性。DNAscope结合了GATK's HaplotypeCaller中使用的成熟数学和统计模型，以及用于变异基因型分析的机器学习方法，在保持计算效率的同时实现了卓越的准确性。

自从发现了micromamba（micromamba是mamba包管理器的小型版本，采用C++实现，具有mamba的核心功能，且体积更小，可以脱离conda独立运行，更易于部署），从此再也没有因为生信软件的安装配置而烦恼抓狂过。

CNVscope是Sentieon推出的一款基于机器学习的全基因组CNV分析检测模块。该模块主要用于检测大于5kb的拷贝数增加或缺失，方法是通过分析reads的深度信息，并结合断点检测等其他特征进行拷贝数判断。

随后，在体外和体内模型中使用敲低策略来探索NUSAP1在GBM中的功能，并鉴定可能介导NUSAP1功能的共调控分子，例如拓扑异构酶2A（TOP2A）。因此，该研究为NUSAP1在人GBM发展中可能的致癌作用提供了新的见解，并进一步证明了沉默NUSAP1在恶性人脑肿瘤中的治疗相关性。这些结果表明,NUSAP1可能在人类GBM的发展中起到癌基因的作用,并可能作为该疾病治疗的一个新型分子靶点。在过去的40年中，已经实施了多种治疗方式来提高生存率。在本研究中，研究者研究了NUSAP1在人GBM中的表达和功能。

迄今为止，仅报道了KCNH5的一种致病突变，并且涉及一个出现癫痫发作和自闭症症状的病例。在这项研究中，研究者发现并表征了KCNH5中的三个新生突变，这些突变可能导致在三名中国儿童中观察到的严重疾病。他们都经历了癫痫发作，其中两人表现为癫痫性脑病，其中一人表现为ASD，一人在停药后没有复发。研究者预测了3个患者中的2个病例的由突变引起的蛋白质结构改变。综上所述，除了KCNH5变异体c.962G > A（p.S321N）患者有癫痫发作而无合并症外，KCNH5变异体相关癫痫患者均伴有ASD或精神运动发育迟缓。

在这项研究中，研究组开发了一个贝叶斯模型，用于基于母体血浆中的cfDNA和父母基因组DNA的测序结果，无创地推断胎儿基因型。通过将这种方法与单倍型信息相结合，研究组能够在相对较低的胎儿DNA比例（FF）下，仍然高精度地预测AAAB、ABAA和ABAB位点的SNV和InDel。该研究旨在建立一种利用母体血浆游离DNA（cfDNA）和亲本基因组DNA测序数据有效恢复整个胎儿基因组的方法，并验证该方法在无创检测单核苷酸变异（SNV）、插入和缺失（indels）方面的有效性。

研究者对中国西部一小部分PCD患者进行了深入分析。该研究发现与之前分析的结果不完全一致,这进一步强调了提高儿科医生对PCD的认识、密切关注患者病史的重要性,以避免漏诊如没有侧位缺陷等其他明显特征的患者。

该研究表征了BLCA的DNAm标识符，以便准确检测和分类尿液中的BLCA。该研究结果不仅可能对BLCA的非侵入性诊断和监测产生改变实践的影响，而且还意味着类似方法在其他癌症类型中的广泛应用。

在低NAL亚组的鳞状细胞肺癌患者中，较高的新抗原载量（NAL，>2个新抗原/Mb）在辅助化疗后表现出更好的无病生存期和生存获益，但在肺腺癌亚组中则没有。当前研究通过全外显子组测序（WES）分析识别和评估NSCLC的基因变异，发现高突变负荷（TMB）预测NSCLC患者更好的无病生存期（DFS），但对SCC和ADC亚组无效。未来需要更大样本量的研究来确认这些发现。

研究者使用piggyBac转座子系统构建了CAR T细胞，通过对两例淋巴细胞瘤恶性转化患者的研究，发现转基因并没有整合到已知的癌基因中。

本文介绍了使用Sentieon®工具处理下一代测序数据的方法，同时利用分子条码信息（也称为唯一分子索引或UMI）。分子条码可以在测序之前在模板DNA分子的末端引入唯一标签，从而大大减少PCR重复和测序错误对变异调用过程的影响。Sentieon®工具提供从读数据中提取UMI标签和执行基于条码的一致性生成的功能。此流程预期输入是无适配器的条形码化读取数据。UMI一致性流程的输出是一个包含从条形码读数据派生出的一致性分子的BAM文件。这些一致性分子可以作为大多数变异调用软件的输入。

TACE治疗期间TFx的变化与患者的肿瘤负荷有关，可以准确和更早地预测治疗反应和预后，提供mRECIST以外的替代策略。（G， H）Kaplan-Meier曲线分别显示TACE后 TFx分层的入组患者的PFS（G）和OS（H）。考虑到cfDNA低深度测序是一种相对便宜且无创的获取肿瘤遗传信息的方法，该技术为肿瘤负荷和TACE反应提供了可量化的测量方法，可以更好地指导患者的个性化诊断和治疗。患者随访期间的血液采样和低深度测序在临床上是可行的，可以实时监测患者的状态，有利于相应的治疗调整。

若对于没有预构建软件包的其他系统，请参考jemalloc GitHub页面 (https://github.com/jemalloc/jemalloc) 以获取有关如何构建和安装jemalloc的更多信息。默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.2。默认安装在 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjemalloc.so.1。默认安装在 /usr/lib64/libjemalloc.so.2。

​Gencove 联合创始人兼首席技术官 Tomaz Berisa 亦表示，要实现全球这类分析中最低的计算成本，只有通过将 Sentieon 与 AWS 上的 Arm 服务器相结合才能实现这一目标。

研究者提出的胚系突变整合方法增加了检测到的变体的数量，而对性能没有太大影响。整合方法还允许验证由两种类型的数据识别的变异，并通过将它们分为六组来改善变异的优先级

在分析了最大的TNBC多组学队列后，本研究确定了与LNM相关的潜在临床和分子特征。基于多组学数据开发了稳健的LNM 状态预测模型，该发现为在TNBC患者中的个性化治疗和管理提供了新的视角和潜在帮助。

Sentieon快速入门指南

对于WGS，GeneMind测序平台中的22X与Illumina NovaSeq 6000 33X深度相似，这提供了一种有效的替代方案。

棉花是一种重要的纤维作物，经过多次独立驯化。在该研究中，研究者报告了亚洲栽培棉Wagad 品种的基因组序列。

Sentieon | 应用教程：Sentieon分布模式

CRISPR-detector提供了几项关键创新，包括通过允许WGS数据分析来提高可扩展性，以及通过基于单倍型的变体调用来处理测序错误来提高准确性。

GaaEm1935C>A敲入小鼠模型概括了由Gaac.1935C>A致病变异引起的人类IOPD的分子，生化，组织病理学和表型方面特征。

研究发现德尔塔-奥密克戎重组病毒很少见，且没有证据表明德尔塔-奥密克戎重组病毒与奥密克戎毒株相比具有更高的宿主间传播能力。