Sentieon应用教程：本地使用-Quick_start

最新推荐文章于 2024-11-05 14:00:00 发布

原创

最新推荐文章于 2024-11-05 14:00:00 发布 · 836 阅读

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CC 4.0 BY-SA版权

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#基因数据分析 #变异检测 #Sentieon

1、准备工作：

License下载链接：http://www.sentieon.com/eula/b703e839c8c7c5b8fa73238277fd5da23a0276be54712edb46ee8f4d4f3d873fbf
软件下载地址：
https://insvast-download.oss-cn-shanghai.aliyuncs.com/Sentieon/release/sentieon-genomics-202308.03.tar.gz
测试数据Quick_start:
https://sentieon-application2.oss-cn-hongkong.aliyuncs.com/others/sentieon_quickstart.tar.gz

2、检查License是否可用：

<SENTIEON_DIR>为软件sentieon-genomics-202308.03.tar.gz的解压地址；
<LICENSE_FILE>为License下载后解压地址。
根据以上下载解压后使用如下命令启动License server：
<SENTIEON_DIR>/bin/sentieon licsrvr --start --log licsrvr.log <LICENSE_FILE>
在当前目录下生成licsrvr.log，检查日志文件是否有错误，无误后进行下一步。

3、修改主脚本sentieon_quickstart.sh

软件路径修改：SENTIEON_INSTALL_DIR=<SENTIEON_DIR>
内存分配修改：export LD_RELOAD=<libjemalloc.so.2>
<libjemalloc.so.2>是一个内存分配器，在不同的Linux系统中有不同的位置，在进行修改前可进入目录查看是否存在，若不存在，需要进行安装jem