归一化方法(Normalization Method)

本文介绍了数据预处理中的两种常见归一化方法——线性函数归一化和0均值标准化,并分析了它们的应用场景及优劣。线性函数归一化适用于不涉及距离度量的情况,而0均值标准化则更适用于需要使用距离度量的算法如聚类分析。

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机器学习、数据挖掘工作中,数据前期准备、数据预处理过程、特征提取等几个步骤几乎要花费数据工程师一半的工作时间。同时,数据预处理的效果也直接影响了后续模型能否有效的工作。然而,目前的大部分学术研究主要集中在模型的构建、优化等方面,对数据预处理的理论研究甚少,可以说,很多数据预处理工作仍然是靠工程师的经验进行的。从业数据建模/挖掘工作也有近2年的时间,在这里结合谈一谈数据预处理中归一化方法。

在之前的博客中转载了一篇关于维归约的文章:数据预处理之归一化。论述的比较简单,有兴趣的可以先了解一下。

在这里主要讨论两种归一化方法:

1、线性函数归一化(Min-Max scaling)

线性函数将原始数据线性化的方法转换到[0 1]的范围,归一化公式如下:


该方法实现对原始数据的等比例缩放,其中Xnorm为归一化后的数据,X为原始数据,Xmax、Xmin分别为原始数据集的最大值和最小值。

2、0均值标准化(Z-score standardization)

0均值归一化方法将原始数据集归一化为均值为0、方差1的数据集,归一化公式如下:

其中,μ、σ分别为原始数据集的均值和方法。该种归一化方式要求原始数据的分布可以近似为高斯分布,否则归一化的效果会变得很糟糕。

以上为两种比较普通但是常用的归一化技术,那这两种归一化的应用场景是怎么样的呢?什么时候第一种方法比较好、什么时候第二种方法比较好呢?下面做一个简要的分析概括:
1、在分类、聚类算法中,需要使用距离来度量相似性的时候、或者使用PCA技术进行降维的时候,第二种方法(Z-score standardization)表现更好。
2、在不涉及距离度量、协方差计算、数据不符合正太分布的时候,可以使用第一种方法或其他归一化方法。比如图像处理中,将RGB图像转换为灰度图像后将其值限定在[0 255]的范围。

为什么在距离度量计算相似性、PCA中使用第二种方法(Z-score standardization)会更好呢?我们进行了以下的推导分析:

归一化方法对方差、协方差的影响:假设数据为2个维度(X、Y),首先看0均值对方差、协方差的影响:
先使用第二种方法进行计算,我们先不做方差归一化,只做0均值化,变换后数据为


新数据的协方差为

由于 

因此

而原始数据协方差为

因此 

做方差归一化后:


方差归一化后的协方差为:

使用第一种方法进行计算,为方便分析,我们只对X维进行线性函数变换

计算协方差


可以看到,使用第一种方法(线性变换后),其协方差产生了倍数值的缩放,因此这种方式无法消除量纲对方差、协方差的影响,对PCA分析影响巨大;同时,由于量纲的存在,使用不同的量纲、距离的计算结果会不同。
而在第二种归一化方式中,新的数据由于对方差进行了归一化,这时候每个维度的量纲其实已经等价了,每个维度都服从均值为0、方差1的正态分布,在计算距离的时候,每个维度都是去量纲化的,避免了不同量纲的选取对距离计算产生的巨大影响。

总结来说,在算法、后续计算中涉及距离度量(聚类分析)或者协方差分析(PCA、LDA等)的,同时数据分布可以近似为状态分布,应当使用0均值的归一化方法。其他应用中更具需要选用合适的归一化方法。

在使用 `limma` 包进行差异表达分析时,数据归一化是一个关键步骤,旨在消除技术变异并使样本之间具有可比性。对于微阵列(microarray)数据,`limma` 提供了多种标准化方法以适应不同平台和实验设计的需求。 ### 常见的归一化方法 1. **Quantile Normalization** 分位数归一化是一种广泛使用的全局归一化方法,适用于单通道(如Affymetrix)或双通道(如两色阵列)数据。该方法假设所有样本的整体信号分布应相似,并通过调整每个样本的强度值使其分布一致来实现标准化。 在 `limma` 中,可以通过以下方式应用分位数归一化: ```r library(limma) normalized_data <- normalizeBetweenArrays(raw_data, method = "quantile") ``` 2. **Loess Normalization** Loess 归一化主要用于两色微阵列数据,用于校正染料效应(dye effect)。它基于 M-A 图中的局部回归(lowess smoothing),对每个点的 M 值进行平滑修正,以消除系统性偏差[^2]。 使用示例: ```r MA_normalized <- normalizeWithinArrays(RG, method = "loess") ``` 3. **Aquantile Normalization for Two-Color Arrays** 对于两色芯片,也可以使用 `normalizeAQua` 函数结合 R package `Aqua` 实现更高级的归一化策略,例如基于探针序列信息的归一化。 4. **VSN (Variance Stabilizing Normalization)** 虽然 VSN 更常用于 Illumina BeadArray 数据,但也可通过 `vsn` 包与 `limma` 结合使用,以稳定方差并减少高表达基因的异方差性问题。 5. **Robust Spline Normalization (RSN)** RSN 方法可用于 Affymetrix 数据,利用稳健样条拟合来校正背景噪声和非线性变化趋势。 ### 归一化流程建议 通常,归一化流程包括以下几个步骤: - **读取原始数据**:使用 `read.maimages` 或类似函数导入数据。 - **执行低级预处理**:例如背景校正(background correction)。 - **应用归一化方法**:根据数据类型选择合适的归一化策略。 - **可视化评估效果**:使用箱型图、MA 图或密度图检查归一化前后数据的一致性。 例如一个完整的流程可能如下: ```r library(limma) # 读取数据 RG <- read.maimages(files, source="agilent") # 背景校正 RG.bkg <- backgroundCorrect(RG, method="normexp", offset=16) # Loess 归一化 MA <- normalizeWithinArrays(RG.bkg, method="loess") # 绘制 MA 图查看归一化效果 plotMA(MA, array=1) ``` 在实际应用中,应根据数据来源、平台特性以及生物学目标选择最合适的归一化策略。此外,建议通过统计图形验证归一化是否成功,确保后续的差异表达分析结果可靠[^1]。
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