26、Perl编程：从基础到生物信息学应用

Perl编程：从基础到生物信息学应用

1. Hash数据库

在处理数据时，我们经常需要从数据库中召回数据。以下是一个从数据库文件中读取数据的示例：

$ perl -e '
unless (dbmopen(%code, "genetic-code.dbm", 0644)){
    die "Can not open file in mode 0644\n"
}
print @code{ATG, TGT, TGT, TCA, TGA},"\n";
dbmclose(%code)'

这个程序的主要结构与另一个类似，但在第5行，我们读取了多个哈希元素。注意，当读取多个哈希元素时，哈希的名称必须以 @ 字符开头。使用哈希表作为数据库非常简单且实用。

2. 正则表达式

文本处理是Perl最强大的功能之一，而正则表达式是实现这一功能的关键。以下是一些存储正则表达式匹配结果的内置变量：
| 变量 | 含义 |
| ---- | ---- |
| $& | 匹配的字符串 |
| $‘ | 匹配字符串之前的字符串 |
| $’ | 匹配字符串之后的字符串 |

此外，还可以使用反向引用，如 $1 表示第一个匹配的带括号的子表达式， $2 表示第二个，依此类推。

2.1 特殊转义序列

P