26、Perl编程基础：从数据库到生物信息应用

Perl编程基础：从数据库到生物信息应用

1. Hash数据库

在数据处理中，我们常常需要从数据库中读取数据。下面的代码展示了如何使用Perl从数据库文件中读取数据：

$ perl -e '
unless (dbmopen(%code, "genetic-code.dbm", 0644)){
    die "Can not open file in mode 0644\n"
}
print @code{ATG, TGT, TGT, TCA, TGA},"\n";
dbmclose(%code)'

这段代码的主要结构与之前的类似，但在第5行，我们读取了多个哈希元素。需要注意的是，在这种情况下，哈希名称前必须加上 @ 符号。使用哈希表作为数据库既简单又实用。

2. 正则表达式

正则表达式是Perl强大的文本处理能力的重要来源。下面介绍一些与正则表达式相关的内容。

2.1 内置变量

Perl中有一些内置变量用于存储正则表达式的匹配结果，如下表所示：
| 变量 | 含义 |
| — | — |
| $& | 匹配的字符串 |
| $‘ | 匹配字符串之前的字符串 |
| $’ | 匹配字符串之后的字符串 |

此外，还可以使用反向引用，例如 $1 表示第一个匹配的带括号子表达式， $2 <