20、Sed与AWK：文本处理的强大工具

Sed与AWK：文本处理的强大工具

1. Sed实用示例

1.1 生成基因树视图

可以使用Sed命令将基因列表文件（GeneList.txt）的内容重新格式化为树状输出，这样便于数据的读取。以下是具体的命令：

$ sed -n ’s/ˆ\([A-z]..*\)/|--- \1/p
s/ˆ
\([A-Z]..*\)/|
|--- \1/p
s/ˆ
[A-Za-z]..*(\(....\))/|
|
|--- \1/p
’ GeneList.txt

执行上述命令后，输出结果如下：

|--- Energy metabolism
|   |--- Glycolysis
|   |   |--- gap1
|--- Photosynthesis and respiration
|   |--- CO2 fixation
|   |   |--- rbcL
|   |   |--- rbcS
|   |--- Photosystem I
|   |   |--- psaD
|   |   |--- psaK
|   |   |--- psaE
|   |--- Soluble electron carriers
|   |   |--- petE
|   |   |--- isiB
|   |   |--- petJ
|   |   |--- petF

这个Sed脚本的特殊之处在于第三行，使用了反向引用（back reference）来提取括号内的内容，即基因名称。同时，脚本使用了 -n 选项