30、SeqAn3搜索与对齐模块：优势与创新

SeqAn3搜索与对齐模块：优势与创新

1. 搜索模块

1.1 SeqAn2搜索接口的劣势

SeqAn2提供了 seqan::find() 接口用于迭代搜索，与SeqAn3的 seqan3::search() 类似，但存在诸多劣势：
- 中间对象复杂 ：需要多个具有不同语法的中间对象（如 seqan::Finder 和 seqan::Pattern ），若遗漏清除 Finder 等操作，不会产生编译或运行时错误，但会导致结果错误。
- 重载过多 ：有大量的顶级 find() 和 _find() 重载，索引模块至少有20个，查找模块另有22个。
- 配置混乱 ：搜索配置有时通过 Finder 特化，有时通过 Pattern 特化，有时通过额外参数，且常为组合方式，易造成不兼容组合。
- 序列处理受限 ：某些重载仅接受单个主题序列或单个查询序列，而其他重载可接受序列集合。
- 组合未实现 ：由于模块逐步扩展，许多潜在有效组合未实现。

1.2 SeqAn3搜索接口的优势

SeqAn3解决了上述问题，具有以下优势：
- 单一接口与少