27、SeqAn3的输入/输出与搜索模块详解

SeqAn3的输入/输出与搜索模块详解

1. SeqAn3输入/输出模块

1.1 基本特性

SeqAn3的输入/输出模块接口与其他模块相似，支持直接遍历文件，默认返回一条记录。同时，也能配置文件仅返回可用字段的子集，这样便于分解记录并仅处理所选字段。相较于Python模块，SeqAn3存在一些“语法开销”，这是C++语言本身的特性。不过，在序列I/O方面，其使用模式与BioPython类似；在比对I/O方面，与PyBam类似。这表明SeqAn3在易用性上有了显著提升。

SeqAn3的格式化文件接口简单易用，且在配置方面具有很大的灵活性。通过视图适配器组合文件提供了一种与基于for循环的迭代不同的风格，这种风格简洁且富有表现力，但对于大多数C++开发者来说比较新颖。这两种风格都是将文件实现为范围的直接结果，而非来自单独的接口。

1.2 集成能力

• 与标准库的集成 ：通过使用标准库流并提供接受这些流的公共接口，I/O模块与标准库实现了良好的集成。任何从标准I/O流派生的流都可以使用，例如第三方库提供的不同（解）压缩流。
• 序列化 ：SeqAn3的序列化基于Cereal，比SeqAn2更通用，能轻松将SeqAn3类型和第三方类型组合到单个二进制（或文本）存档中。由于Cereal对标准库有广泛支持，大多数标准类型（如容器和元组）都得到了很好的支持。
• 范围特性 ：SeqAn3的文件是范围，因此所有适用于范围的标准库算法和视图适配器都可以应用于它们。