17、SeqAn3：库结构、小模块与字母表模块深度解析

SeqAn3：库结构、小模块与字母表模块深度解析

1. SeqAn3 与 SeqAn2 的性能对比

SeqAn2 相较于标准库已经有了显著的速度提升，推测原因可能是标准库调用未被编译器正确内联。然而，由于 SeqAn2 采用的是相等性检查而非表查找，其速度仍不及 SeqAn3。并且，即使静态创建一个包含多个谓词的新类型，SeqAn2 的运行时间也会随着组合谓词数量的增加而增长。在组合三个谓词的情况下，SeqAn3 比 SeqAn2 快近 2 倍。

2. SeqAn3 的结构简化

• 命名约定 ：SeqAn3 采用了定义明确且执行更严格的命名约定，减少了意外情况的发生。通过切换到 snake_case，它与标准库和其他流行的 C++ 库更加相似。
• 模块结构 ：模块结构包含子模块，使相关内容更加紧密。这使得用户可见的顶级模块数量从 49 个减少到 8 个。“小模块”的划分清晰地表明了它们的作用，简化了维护工作，但大多数 SeqAn3 用户并不经常使用这些模块。
• 命名空间 ：与 SeqAn2 只有 seqan:: 命名空间不同，SeqAn3 为特定目的提供了不同的命名空间。特别是 seqan::detail:: 隐藏了许多名称，这使得理解库和查找解决方案变得更加简单，也便于维护库，因为可以清楚地知道哪些部分必须保持稳定，哪些部分可以更改。

3. STD 模块的使用