Circos 教程___001

安装篇

官方安装指导资料
寂寞先生___Circos教程系列

由于官方文档基于 Ubuntu和windows给出安装指导，而我平时使用的系统CentOS6.5，所以不得不进行如下操作：

perl -v
### This is perl, v5.10.1 (*) 
 which perl
### /usr/bin/perl

sudo yum install gd gd-devel
#查看哪些模块需要被安装
cd software/circos-0.69-5/bin
./list.modules 

#或者查看哪些模块未被安装
circos -modules |grep missing
### missing            Params::Validate

sudo perl -MCPAN -e shell
#安装缺失的模块
cpan> install Params::Validate
cpan> install Module::Build

#同时安装多个缺失模块
cpan> install Carp Config::General Cwd Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp FindBin Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::Round Math::Trig Math::VecStat Memoize Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Statistics::Basic Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRes

cpan>
#由于cpan下安装Params::Validate还是安装失败，可能是依赖关系导致的？
#之后就卸载了该模块，重新用yum安装了，很神奇，I MADE IT!!!
sudo yum search perl-Params-Validate
sudo yum install perl-Params-Validate.x86_64

#环境变量的设置
echo 'export PATH="/path/software/circos-0.69-5/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

#成功之后,运行命令,如果显示如下的信息，则你成功的安装了Circos。
circos -man

perl 一些基本命令

#列出每个安装的模块的信息
perldoc perllocal

#列出安装的模块
perldoc -t perllocal |grep "Module"

#查看perl模块使用的默认位置
perl -V

#查看所有模块和库的安装目录
perl -e 'print join "\n",@INC'

#删除已安装的perl模块（1）
##找到所有模块和库的安装目录，到这些目录下找到对应的pm删除掉就可以了
#删除已安装的perl模块（2）
##首先安装模块App::pmuninstall
cpan> install App::pmuninstall
#再利用此模块中的工具卸载模块，但此工具仅支持部分模块的卸载
pm-uninstall Params::Validate

#获得帮助　 
cpan> h　 

#列出CPAN上所有模块的列表　 
cpan> m　 

#根据关键字在CPAN上查找某个模块：
cpan> i /scws/

#退出　 
cpan> q　

未完待续~