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RSS订阅原创 解决:EOFError: Ran out of input
docker运行parallel报错EOFError:Ran out of input
2022-05-07 20:39:06
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原创 VirtualBox安装系统与设计启动顺序
背景:测试一些环境使用，需要安装ubuntu系统到virtualbox，使用virtualBox的原因是商业免费(基础版)创建系统新建系统选择将来要安装的位置选择内存选择硬盘的类型并创建设置启动盘设置启动顺序(一般默认即可)安装ubuntu点击启动之后就可以开始安装ubuntu的步骤，这里可以参考其他教程...
2022-03-17 15:50:40
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原创 关于RSCB中不提供PDB文件格式的问题
最近利用pymol批量下载结构文件的时候发现很多pdb格式的文件无法下载，而且pymol下载结构文件的时候默认是下载mmcif格式的，大概研究了一下这种情况的原因。关于文件格式PDB,PDBx/mmCIFPDBx和mmCIF格式是官方支持的文件格式PDB数据库中所有的结构都会有PDBx/mmCIF格式(而不是PDB格式)PDBx/mmCIF会将会不断扩展包含新的内容，但是也会保证向前兼容使用PDBx/mmCIF而不是PDB的原因由于PDB格式从2012年以来它的文件格式没有进行扩展.
2022-03-12 11:30:52
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原创 关于ssh公钥和私钥设置的记录
背景1.最近需要迁移代码，因此为了安全与方面需要为不同的代码仓库设置不同的ssh公钥私钥对生成秘钥ssh-keygen -t rsa -b 1024 -f yourname -C "xxx@gmail.com"注册秘钥#ssh-agent激活,ssh-agent是验证公钥私钥对的执行者。ssh-agent可以记录不同的公钥私钥对的密码，可以避免多次输入密码。#启动eval $(ssh-agent -s)#上面的命令也可以转换为ssh-agent $SHELL来启动agent。#将私钥.
2022-03-04 17:58:21
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原创 分析问题:can‘t pickle _thread.lock objects
背景1.使用multiprocessing多进程运行程序run_cmd(使用apply_async)2.当定义的run_cmd无参数输入时运行正常，但是传入一些来自AWS的client参数就会直接报错can’t pickle _thread.lock objects，甚至不会进入run_cmd中执行程序问题原因:multiprocessing运行多进程的时候会根据函数的需要传入多个参数，这些参数将会被pickle进行序列化当参数对象在序列化的时候报错，那么就会出现当前的错误问题解决办法.
2022-03-04 13:35:34
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原创 解决rstoolbox解析silent文件报错 chain, numbers = x.split(“:“),ValueError: too many values to unpack
背景1.利用snugdock生成多个pdb结构之后，将所有的pdb文件计算各种打分值之后转化为silent文件，此时发现rstoolbox读取silent文件中的参数时报错报错内容>>> rf.io.parse_rosetta_file("model1_pred_deepab_aligned_0001.silent",rules)Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <m.
2022-03-02 15:06:05
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原创 解决AWS虚拟机实例重启后EFS挂载问题
背景:1.AWS启动一个实例之后，对实例挂载了EFS系统，近期不用，停止了实例，再次启动该实例之后发现EFS没有了，还得手动挂载，比较麻烦，这里通过设置/etc/fstab来实现关闭与重启之后自动挂载解决方案打开/etc/fstab添加挂载内容#只需要修改前两部分#第一部分为EFS的文件系统ID，可以参考EFS控制台#第二部分为实例上的挂载点fs-02737e5085d55d9xx:/ /mnt/efs/fs1 efs _netdev,noresvport,tls 0 0检查设.
2022-03-02 14:08:02
897
原创 pymol配体平移与旋转
背景目标：检测两个不同蛋白的相对位置情况下对接的准确度，因此需要平移和旋转配体蛋白操作步骤旋转和平移将配体和受体保存为两个object选择配体–>drag matrix按下shift+鼠标左键可以完成配体的旋转按下shift+按下鼠标中间的滑轮可以实现平移注:如果操作之后不起作用再来一遍。...
2022-03-01 17:15:13
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原创 解决:打镜像报错/bin/sh: 1: source: not found
背景:利用dockerfile打镜像，但是报错1.基础镜像:ubuntu:18.042.Dockerfile中报错的命令:source /root/.bashrc解决方案#将source /root/.bashrc修改为/bin/bash -c "source /root/.bashrc"主要原因在于:基础镜像中使用的是sh而不是bash，而source是对应于bash的函数...
2022-02-28 19:46:34
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原创 解决:Kernel started:No module named ipykernel_launcher
背景1.VScode连接linux服务器，使用jupyter插件进行python开发2.报错:Kernel started:No module named ipykernel_launcher尝试过的方案pip install ipykernel执行之后提示已经安装,但是执行代码依然报错解决方案python -m pip install ipykernel -U --force-reinstall相当于是强制重新安装安装成功后没有报错注:根本原因应该是原来安装的包存在问题，虽然检.
2022-02-26 18:51:40
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原创 解决conda安装pymol报错
背景:系统环境:windows10问题情况:利用pymol官网提供的conda安装命令行安装之后发现报错(报错内容在正文)，命令行如下conda install -c schrodinger pymol-bundle执行pymol报错内容Traceback (most recent call last): File "F:\softwares\software_install\anaconda\envs\pymol\lib\runpy.py", line 183, in _run_mod.
2022-02-26 11:56:19
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原创 fatal: The current branch xxx has no upstream branch
背景:开发过程中新建了一个分支，开发之后，并没有进行merge操作，在push的时候报错具体错误fatal: The current branch xxxx has no upstream branch.To push the current branch and set the remote as upstream, use git push --set-upstream origin test_branch感觉主要原因在于当前这个分支没有和任何的仓库发生关联，origin是仓.
2022-02-15 18:23:48
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原创 Linux结合ls和rm命令删除文件
背景:当一个文件夹中有很多文件，想要保存其中的一部分而删掉另一部分，此时利用ls，grep等管道命令结合rm的方法更容易实现，这个过程中xargs函数就显得比较重要xargs命令主要作用是将标准输入转换为一个命令的参数，这样就可以把管道命令的输出作为一个命令的参数实现各种功能。注:shell排序用的是字母从小到大的排序方式，因此这里的前50表示的是删除前50个文件ls |head -n 50|xargs rm 删除后50个文件ls|tail -n 50|xargs rm只保留前5.
2022-02-12 13:50:14
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原创 Docker无权限ls: cannot open directory .: Permission denied
背景在virtualbox中导入了docker镜像，利用该镜像启动容器之后发现通过ls等命令(root用户)查看本地文件时报错原因解决方案方案1docker run 添加参数–privileged=true其他方案待添加注:我在出现这种情况时，Dockerfile中指定的CMD(python脚本)运行之后会出现以下报错:Fatal Python error: initfsencoding: unable to load the file system codec...
2022-02-12 12:38:26
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原创 #osp: INITIALIZATION ERROR --＞ #osp:api: could not find module initializer
vmd打开问题解决
2022-01-31 17:43:28
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原创 circos个人使用教程
目录安装准备文件karyotypeconf文件作图获取tutorial压缩包制作自己的第一个图安装利用conda安装circos是最简单的（perl安装各个依赖包的过程比较繁琐）#创建虚拟环境conda create -n circos python=3.7#激活虚拟环境conda activate circos#安装circosconda install -c bioconda circos#测试circoscircos --modules看到下面这些提示左侧全部为ok即可（按照以
2021-06-23 22:22:02
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原创 进化树软件ete3报错记录
背景：进化树分析和展示程序ete3的python的API在命令行调用的时候报错。报错内容但是在linux的图形界面下运行就是没有问题的。在命令行下运行就报错。结果就是不输出png,pdf等需要输出的进化树作图文件。解决办法在~/.bashrc下添加环境变量参数：export QT_QPA_PLATFORM="offscreen"个人理解图形界面不报错，命令行界面报错表示和图形界面的输出相关，提示里提到了Could not connect to displayCould not co.
2021-02-01 10:37:09
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原创 安装conda时没有执行conda init
安装conda时，没有执行conda init，需要激活conda的环境第一步首先激活conda环境/path/to/anaconda/bin/conda（修改为自己的路径） shell.你的shell名称（修改为自己的shell,一般为bash） hook比如/home/zhangsan/anaconda3/bin/conda shell.bash hook第二步利用conda init将环境变量信息写入.bashrc文件中，下次启动之后会自动激活conda的环境...
2021-01-30 08:35:54
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原创 关于非root用户的glibc配置
背景：我需要引用glibc.2.23这个库，但是系统环境下的glibc是2.17，我想要仅修改我自己的glibc环境而不影响系统环境以及其他人的使用安装glibc2.23这里出现过一些问题，有很多人都已经解决了，我记录的信息在这里。添加我们自己的库将安装后的文件夹中的lib文件夹中的 cp lib/libm-2.23.so /path/to/lib/libm.so.6在~/.bash_profile中添加，注意/path/to/lib需要在前面。export LD_LIBRARY_PATH.
2021-01-22 17:22:04
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原创 glibc2.23安装中的一些问题
在调用tensorfow(1.14版本)的时候提示ImportError: /lib64/libm.so.6: version `GLIBC_2.23’ not found，表明/lib64库中缺少glibc2.23版本的库,因为glibc库是一个比较重要的库，为了不影响其他人仅自己用，那么我们需要配置我们自己的环境。同时记录一下安装过程中出现的问题安装glibc2.23首先说明一点，我在centos下安装的时候出现了一些问题，我觉着很多人应该都会遇到，为了避免再次遇到以及解决问题的网页找不到，源网.
2021-01-22 17:10:42
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原创 Paratope和Epitope
Paratope和Epitope分别指的是抗体结合的区域以及抗原结合的区域（Paratope是抗体的一部分，Epitope是抗原的一部分）。一个抗原分子可能有多个抗原决定簇也就是指多个抗原表位。关于epitope抗体识别抗原的时候并不是需要对整个抗原分子进行识别，而是对抗原分子上一些特征部位进行识别，就像是我们认出来一个人，只看脸即可，而不需要把整个人都看一遍才知道是谁。这些特征的部位就是我们的抗原表位（epitope）。一个蛋白可以有多个表位，同时抗体作为蛋白也是一种抗原。目前有两种类型的表位：连续
2021-01-22 16:36:18
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原创 非root用户临时使用与系统版本不同的软件
背景安装glibc的时候发现，系统的make的版本为3.8,因此提示:*** These critical programs are missing or too old: make*** Check the INSTALL file for required versions.当自己没有root权限也不是sudoer的时候（管理员暂时无法更新），也需要使用最新版的软件思路就是：安装到本人有权限的路径下，然后将这个路径放在PATH之前，在系统搜索软件的时候就会有限搜索到这个最新版的软件。安装.
2021-01-22 15:45:46
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原创 github license
背景：github是一个支持开源的平台，我们可以通过上传自己的代码，借鉴别人的代码，为别人的代码打补丁等方式参与到社会化编程的洪流中去，为建设美好的社会做出自己的一份力量。但是不同的代码是有不同的权利限制的，这个限制就是通过repository中的license文件来进行声明的。文章目录没有license文件其他的license文件类型关于public和license之间的关系license文件的作用以及如何选择更换license文件（个人理解）license文件的位置如何添加license文件首先来.
2021-01-21 15:48:44
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原创 生物信息中遇到的临床指标
分析数据过程中总是会在GEO数据中看到各种各样的临床指标，如果需要根据其进行分组则需要了解其含义，这里记录一下最近遇到的，然后不断的完善。在每一个指标要注意特定的关键词（实验的终点，起点等），通过对比记忆。文章目录ARR（绝对危险降低）CR(完全缓解)DFS（无病生存时间）DRFS（无远端复发生存时间）OS（整体生存时间）ORR（客观缓解率）pCR(病理完全缓解)PD（疾病进展）PFS（无进展生存时间）PR（部分缓解）RCB（）RRR(相对风险降低)SD（局部稳定）TTP（疾病进展时间）TTF（治疗失.
2021-01-16 13:32:07
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原创 GEO dataset简介
文章目录概览如何搜索目标数据数据组织形式实例概览GEO是一个公共数据库，用来储存研究人员分享的数据，一般而言主要是指高通量测序，比如芯片，二代测序，三代测序等等。我觉着主要有两个目的，一是数据共享，不重复造轮子，不做无用功，二是数据的可重复性（数据上传的规范化）如何搜索目标数据大部分人都希望利用别人的数据发文章，毕竟生信是发文章的低成本通道。在分析数据之前我们需要收集我们感兴趣的数据，比如，乳腺癌，肝癌，肺癌等。利用关键词到GEO网站进行搜索数据组织形式GEO里的数据可以分为不同的数据类型：主要
2021-01-15 21:51:53
4514
原创 mRNA疫苗一些知识
2020年是疫情肆虐的一年，同时也是mRNA疫苗爆发的一年，为什么会关注到mRNA疫苗呢？与传统的灭活疫苗的不同之处在哪里呢？这里的信息可以参考文献：Advances in mRNA Vaccines for Infectious Diseases文章目录一些知识核酸疫苗的优点mRNA疫苗的不同形式一些知识疫苗是我们日常预防疾病的有效手段，天花，牛痘，狂犬病等。只不疫苗随着人们的认知的深入，它的形式也在不断的变化。之前我们常用的疫苗形式为灭活的病原微生物。比如可以采用热处理，化学处理，弱化活性的.
2021-01-08 14:16:03
1635
原创 关于hands on machine learning中datasets数据无法下载的问题
文章目录背景解决办法其他信息背景我在重复hands on machine learning with scikit-learn,keras&tensorflow中的10.2.2中的代码时发现总是报错(我需要下载的数据是fashion-mnist数据集)：Downloading data from https://storage.googleapis.com/tensorflow/tf-keras-datasets/train-labels-idx1-ubyte.gz-------
2020-12-25 12:23:26
567
原创 记录:Compiler: CMAKE_CXX_COMPILER-NOTFOUND
我的环境1.docker容器-centos8目的源码编译安装安装hh-suite报错类型命令行报错：The CXX compiler identification is unknownCMakeError文件记录：Compiling the CXX compiler identification source file "CMakeCXXCompilerId.cpp" failed.Compiler: CMAKE_CXX_COMPILER-NOTFOUNDBuild flags:Id
2020-12-23 15:20:52
3152
原创 centos8安装octave
文章目录本人环境安装步骤添加EPEL源安装octave报错1本人环境1.docker 容器2.centos8安装步骤添加EPEL源yum install epel-release安装octaveyum install octave报错1Error: Problem: conflicting requests - nothing provides texinfo needed by octave-6:5.2.0-1.el8.x86_64 - nothing provides
2020-12-23 11:47:43
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原创 解决docker容器ping的通IP，ping不通域名的问题
文章目录背景解决办法尝试过的办法背景1.国外VPS2.centos:latest镜像，(docker pull centos获取）3.docker run -it centos:latest /bin/bash进入容器后无法利用yum安装各种软件,同时能够ping得通其他的公网IP(比如DNS:8.8.8.8),但是无法ping的通域名。提示错误:[root@134cb8642a4e /]# yum search vimFailed to set locale, defaulting to C
2020-12-18 10:34:05
3762
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原创 解决error: mkoctfile: unable to find the mkoctfile command, Octave installation is incomplete
背景：在centos环境下安装octave后在构建octave文件的时候出现报错error: mkoctfile: unable to find the mkoctfile command, Octave installation is incomplete，octave安装方式：sudo yum -y install octave解决方法sudo yum -y install octave-devel.x86_64...
2020-12-10 17:00:41
482
原创 docker推送镜像(docker push)
背景docker很方便的一点就是随时打包带走，搬家的时候连着房子一起搬走，不会有任何不适应不兼容。我在docker中部署了一个django应用，现在需要把它放在网上，便于以后下载和使用，这就用到docker push命令，这个命令可以联想到git命令的git push帮助记忆操作0.搜索并且打开dockerhub,没有注册则需要注册然后登录1.在自己的docker hub中创建一个repository(库)，这个库用来储存一系列的镜像（比如不同的更新版本）2.为一个repository进行命名比
2020-11-16 14:59:19
2141
原创 centos7+django+sqlite3+uwsgi（django.core.exceptions.ImproperlyConfigured: SQLite 3.8.3 or later)
问题原因引起这个问题的表面问题就如问题里报道的一样，我们系统中的的sqlite3的版本有问题。我的环境我遇到这个问题是因为我想将我的django程序配置在docker镜像中，docker镜像中使用的基础镜像为centos7里面所用的sqlite3的版本比较低导致的。解决办法删除原来的版本并且安装新的版本步骤：1.备份旧版程序利用命令找出旧版本的位置，将原来的程序拷贝为sqlite3_back作为备份，同时删除/usr/lib64/libsqlite3.so.0以及/usr/lib64/lib
2020-11-16 14:06:31
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原创 windows10远程登陆切换用户
在windows10下部署IIS网站时，利用Administrator部署过程中总是出现各种问题，因此选择用普通账户进行部署，由于电脑只能远程登陆，这里记录一下，作为以后的参考。打开远程登陆界面在左下角的搜索框中输入远程桌面连接，之后点击之后出现修改登陆用户点击编辑在随后出现的界面中选择更多选项选择其他账户输入用户名和密码，点击确定即可注意假如已经有其他账户登陆，同时以另一个账户进行登陆可能会导致另一个账户被顶掉。...
2020-10-21 08:50:55
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原创 为什么逻辑回归或者神经网络可以预测概率
之前没弄懂，刚理解，仅记录个人感悟，若有帮助最好，无助勿喷代价函数我们判断一个模型拟合的状态的判断标准是代价函数的得到的结果的涨落，一般来讲，代价函数得到最低的结果模型训练也就结束了。对于概率的预测也不例外，也是通过最大化每一种一致情况的概率来对模型的参数进行模拟，比如对于标记的癌症样本的组织数据，建立模型（预测概率）的时候就要把这些样本预测为癌症的概率最大化。激活函数（仅讨论输出层）这里为了把模型的输出结果表示为概率，就需要把输出的值表示为0-1之间的值，那么就需要将输出的数据利用其他的激活函.
2020-10-15 15:09:27
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原创 CIBERSORTx数据上传格式
CIBERSORTx简介一个利用反卷积算法将癌组织的表达数据推断各种免疫细胞的占比，默认提供22种作者自己训练得到的分析矩阵（用来分解组织级别的表达数据），也可以自己利用单细胞表达数据来构建这个数据集。CIBERSORTx是第二个版本，只有网上版本，第一个版本是提供R语言包的，可以直接下载（之前下载过一次，有需要可以问我要）。数据上传格式CIBERSORTx需要输入组织的表达数据，我们常见的数据有两种，芯片表达数据和RNAseq表达数据。可以可以按照是否取log分为log形式的和非log形式的，我们
2020-09-12 18:54:25
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原创 rosetta安装中的mpiCC command not found
个人经历，仅供参考原因在进行rosetta编译的过程中，虽然当前用户能够找到mpiCC,并且利用which命令能够找到mpiCC（假如which 找不到那么就用源码安装），但是编译的时候还是提示命令找不到。发现在/root/.bashrc中添加mpiCC的路径，然后source之后就可以安装，我认为主要是因为在利用sudo执行的时候会以root的身份进行编译，但是root找不到mpiCC的路径导致的...
2020-08-31 11:23:05
1640
原创 scl 转换gcc版本
环境centos7使用方法yum -y install centos-release-scl devtoolset-8#使环境可用scl enable devtoolset-8 bashsource /opt/rh/devtoolset-8/enable(这一步比较重要，只执行第一步没有起作用)
2020-08-31 09:25:34
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