17、集体组关系发现与轨迹检索研究

集体组关系发现与轨迹检索研究

集体组关系发现实验

在实际数据集上进行了实验，选择了两个真实世界的数据集：用于上皮 - 间充质转化（EMT）的生物NCI - 60数据集和书目DBLP数据集。

NCI - 60数据集

EMT是一种使上皮细胞转变为具有迁移能力的间充质细胞的生物过程，与胚胎发育、伤口愈合、器官纤维化以及癌症转移的起始有关。NCI - 60数据集包含60个癌细胞系的NCI - 60面板的微小RNA（miRNA）表达谱，信使RNA（mRNA）表达谱从ArrayExpress下载。
- 数据处理 ：使用Bioconductor的limma包进行差异表达基因分析，确定了1635个mRNA探针和43个miRNA探针具有差异表达（p值 < 0.05，调整后的p值），并使用自举法克服样本数量少的问题。
- GRAPE输入 ：GRAPE的输入分别是47个样本的miRNA和mRNA表达值的47 × 1635矩阵基因和47 × 43矩阵miRNA。
- 结果分析 ：表2显示了γ = 0.85时识别出的顶部集体组关系（CGR）‘NCI60gp1’（相关性为0.948），包含42个基因和7个miRNA。有趣的是，‘NCI60gp1’将‘hsa - miR - 200’家族的成员归在一起。使用GeneGo Metacore识别文献中先前发现的涉及已识别的顶级CGR中基因的途径，表3显示了为‘NCI60gp1’识别的前12条途径，证实了‘NCI60gp1’与数据集的生物学条件高度相关。