GROMACS 本地部署教程：模拟生命密码，解码科学未来！

一、简介

GROMACS 是一个用于执行分子动力学计算的通用软件包，即模拟包含数百到数百万个粒子的系统的牛顿运动方程，它是一个开源的项目。它主要设计用于具有大量复杂键合相互作用的生物化学分子，如蛋白质、脂质和核酸，但由于 GROMACS 在计算非键合相互作用（通常主导模拟）方面速度极快，许多研究小组也用它来研究非生物系统，例如聚合物和流体动力学。

二、依赖环境

1、系统：Ubuntu/24.04

GROMACS 使用 CMake 构建系统进行构建，要求至少为 3.28 版本；

要求GNU（gcc/libstdc++）大于11

2、安装CUDA支持：

• 下载 CUDA Keyring ：

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/cuda-keyring_1.0-1_all.deb

这个命令用于下载 CUDA 的 GPG 密钥环，它用于验证 CUDA 软件包的签名。这是确保软件包安全性的一个重要步骤。

• 安装 CUDA Keyring ：

dpkg -i cuda-keyring_1.0-1_all.deb

使用 dpkg 安装下载的密钥环。这是必要的，以便 apt 能够验证从 NVIDIA 仓库下载的软件包的签名。