UVa 1368 DNA Consensus String (DNA序列)

题意：

给一些DNA序列（字符串只包含ACGT四种字母），求一个与这些DNA序列Hamming距离和最小的字符串，如果有多个这种字符串则输出字典序最小的那个，并求出最小Hamming距离和。

两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置的个数。

例如：ACGT和GCAT的Hamming距离是2.（左数第1,4个字符不同）

思路：

具体到每个位置考虑。最终的字符串在每个位置上的字母一定都是和输入DNA序列相应位置重合次数最多的那个。

因此只需统计输入所有DNA序列在每个位置重复出现字母次数。

用a[0][i], a[1][i], a[2][i], a[3][i]分别表示A,C,G,T在第i个位置（起始位置是0）出现的次数和

在该位置上的Hamming距离和是：

m-Max[i];Max[i]是输入DNA序列在位置i最大重合次数，即

Max[i] = max(a[0][i], a[1][i], a[2][i], a[3][i]);

但是同时又需要考虑这个最大重合次数的字母是什么，所以可以在max函数添加一个变量，用以标记最大的字母下标index，此下标与a[0][i], a[1][i], a[2][i], a[3][i]中的0,1,2,3相照应，因此初始化一个字符数组即可。

s1[4] = { 'A','C','G','T' };

#include <stdio.h>
#include <string.h>
#define maxn 1010
int max(int a, int b, int c, int d, int *inde)
{
	int max1;
	max1 = a > b ? a : b;
	max1 = max1 >= c ? max1 : c;
	max1 = max1 >= d ? max1 : d;
	if (max1 == a) *inde = 0;
	else if (max1 == b) *inde = 1;
	else if (max1 == c) *inde = 2;
	else *inde = 3;
	return max1;
}
int main()
{
	//freopen("in.txt", "r", stdin);
	//freopen("out.txt", "w", stdout);
	int T, m, n, i, j;
	char s[50][maxn], s1[4] = { 'A','C','G','T' };
	int a[4][maxn],index[maxn],Max[maxn];
	scanf("%d", &T);
	while (T--)
	{
		scanf("%d%d", &m, &n);
		for (i = 0;i < m;i++)
			scanf("%s", s[i]);
		memset(a, 0, sizeof(a));
		for (i = 0;i < n;i++)
		{
			for (j = 0;j < m;j++)
			{
				if (s[j][i] == 'A') a[0][i]++;
				else if (s[j][i] == 'C') a[1][i]++;
				else if (s[j][i] == 'G') a[2][i]++;
				else a[3][i]++;
			}
			Max[i] = max(a[0][i], a[1][i], a[2][i], a[3][i], &index[i]);
		}
		int dis = 0;
		for (i = 0;i < n;i++)
		{
			putchar(s1[index[i]]);
			dis += m - Max[i];
		}
		printf("\n%d\n", dis);
	}
	return 0;
}