UVa1368:DNA序列(DNA Consensus String)

本文介绍了一种解决UVa1368问题的方法,即找到与一组DNA序列Hamming距离之和最小的DNA序列。通过分析每列出现次数最多的字符并考虑字典序,可以得到最优解。在编程实现中,需要注意DNA序列的字典序排序,以及在处理字符时区分单个字符和字符串的表示。示例中给出了5个DNA序列的最小Hamming距离解TAAGATAC及其计算过程。

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题目:

输入m个长度均为n的DNA序列,求一个DNA序列,到所有序列的总Hamming距离尽量 小。 两个等长字符串的Hamming距离等于字符不同的位置个数,例如,ACGT和GCGA的 Hamming距离为2(左数第1, 4个字符不同)。输入整数m和n(4≤m≤50, 4≤n≤1000),以及m个长度为n的DNA序列(只包含字母 A,C,G,T),输出到m个序列的Hamming距离和最小的DNA序列和对应的距离。 如有多解,要求为字典序最小的解。 例如,对于下面5个DNA序列,最优解为:TAAGATAC。

TATGATAC
TAAGCTAC
AAAGATCC
TGAGATAC
TAAGATGT

Sample Input:

3 
5 8 
TATGATAC 
TAAGCTAC 
AAAGATCC 
TGAGATAC 
TAAGATGT 
4 10 
ACGTACGTAC 
CCGTACGTAG 
GCGTACGTAT 
TCGTACGTAA 
6 10 
ATGTTACCAT 
AAGTTACGAT 
AACAAAGCAA 
AAGTTACCTT 
AAGTTACCAA 
TACTTACCAA

Sample Output:
TAAGATAC 
7 
ACGTACGTAA 
6 
AAGTTACCAA 
12

注意事项:

1.C/C++语言可以使用#define和const创建符号常量;而使用enum枚举类型不仅能够创建符号常量,还能定义新的数据类型。使用enum枚举类型的步骤如下:
(1)枚举量的声明和定义

enum enumType {Monday, Tuesday, Wednesday, Thursday, Friday, Saturday, Sunday};

这句话有两个作用:

第一:声明enumType为新的数据类型,称为枚举(enumeration);

第二:声明Monday、Tuesday等为符号常量,通常称之为枚举量,其值

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