RNA12345的博客

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 16 日（Beta Day 9）

从今天开始，系统不仅“跑得动”，也逐渐“看得懂、点得顺”，为 Beta 收尾做好了用户体验层面的准备。在界面中嵌入少量“内嵌文档”：点击图标即可查看参数说明。完善新手引导流程，从数据导入到任务提交全流程打通。Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 15 日（Beta Day 8）

Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 个人博客3

学期初我提出的问题，现在大多能给出“可落地的答案”，而不是停留在概念层面；少数问题仍未解决，但我至少知道接下来要用什么方式继续验证。对我来说，这门课最大的价值是：把软件工程从“道理”变成了“亲身体验过的代价与方法论”。

原创 Cax Beta 阶段发布

把一个“可以勉强跑通”的 Demo 打磨成了“可以被真实用户尝试”的 Beta 工具；把长任务的断点续跑、日志和状态管理从“事后补丁”变成了“架构中的一等公民”；把风险管理、工程导师反馈和 AI 建议真正落在了代码结构、测试策略和文档质量上。性能基线、容器化部署和科研级可解释性仍然是明显短板；安装体验和首次上手流程还远远谈不上“无痛”，离“获得很多用户”的目标还有很长的路。如果说 Alpha 阶段让我们意识到“纸面设计和工程现实之间有多大差距”，那么 Beta 阶段则是我们真正学会。

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 12 日（Beta Day 7）

首次大规模端到端任务跑通，标志着 Cax 在“真实场景可用性”上迈出了一大步，但性能和日志管理仍有优化空间。Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 11 日（Beta Day 6）

从今天开始，Cax 不再是“只能在本机带 UI 跑”的工具，而是可以在集群上以命令行方式完成全流程。Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 10 日（Beta Day 5）

今天的工作主要集中在“让参数看得懂”，为后续的用户体验提升打了地基。Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 9 日（Beta Day 4）

断点续跑的关键技术路径已经打通，后续重点是提升鲁棒性，并和缓存、多线程逻辑协同工作。Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 8 日（Beta Day 3）

缓存机制第一次落地，后续需要与多线程和断点续跑整合，真正发挥“少算、少写、多复用”的作用。Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 团队 Daily Scrum：2025 年 12 月 5 日（Beta Day 2）

多线程的框架骨架已经成型，接下来重点是清理全局状态并保证线程安全，避免“跑得快但不稳定”。Cax Beta 阶段计划与估计。

原创 团队 Daily Scrum：2025年12月4日（Beta Day 1）

按照 Beta 计划的第 1 天任务，对当前比对流程在真实数据集（中等规模基因组集合）上进行性能 Profiling。搭建了基础的性能测试脚本，统计整体运行时间、CPU 利用率、内存占用情况。形成了第一版《性能瓶颈清单草稿》，为后续多线程改造提供优先级依据。两人每天各 4 小时，共 8 小时，计划周期 10 天。

原创 团队项目排名

原创 beta阶段计划和估计

由于本团队只有两人，因此没有团队成员的变化。

原创 Alpha 阶段的 postmortem

团队的Alpha阶段从一开始就充满了乐观与斗志。我们的团队由多位成员组成，自项目立项以来人员稳定、分工明确，这让我们对完成Alpha版本的目标充满信心。起初我们制定了雄心勃勃的计划，希望在Alpha阶段实现核心功能的完整闭环：不仅要让算法能够高效处理200+个基因组、GB级别的大规模数据，还要利用并行计算来确保性能，同时开发出直观友好的GUI界面供用户使用。我们相信以我们的能力和默契合作，这一切在有限的时间内是可以实现的——毕竟纸面上的设计方案看起来井井有条，各模块衔接顺畅，没有什么“不可能”。

原创 Alpha阶段总结

“cax” 基因组分析平台 Alpha 版本正式上线，致力于让多基因组比对像点按钮一样简单！我们的 cax 平台 Alpha 版本终于顺利推出！作为面向科研团队的端到端基因组分析工具，这一阶段我们扎扎实实攻克了多个关键难题，主要有以下三大成果：比对引擎提速与优化：全新的多基因组比对引擎成功并行化，大幅提升了运算效率。我们对近缘物种序列的比对算法进行了针对性优化，以30个真实基因组测试为例，运行时间相比原先缩短了 50% 以上；

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月17日（Day 10）

修复了比对流程中参数逻辑判断遗漏问题，更新过滤条件并重新测试异常样本，测试通过。完成任务 WBS‑M1‑04 收尾工作。进行项目 UI 部分的最终整体验收测试，包含导入流程、异常提示、多语言界面和计划保存功能。输出日志中存在重复行，确认是多次触发输出函数所致，已加锁修复。整理参数调优模块代码结构，提交最终说明文档。提交界面最终打包构建版本及完整使用手册初稿。项目收尾任务（测试 + 构建 + 文档）

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月14日（Day 9）

将调优测试框架成功嵌入主流程，运行多个参数组合并生成性能报告。分析过程中发现一组参数在特定物种样本下运行时间异常，需单独调试。参数逻辑判断中缺乏边界控制，导致部分样本重复比对，需手动增加过滤逻辑。对该类边界场景进行排查，输出一份测试异常说明。收尾界面逻辑并撰写适配开发小结。WBS‑M1‑04（主任务）

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月12日（Day 7）

接手新的任务 WBS‑M1‑04：“比对模块参数调优与运行策略初稿”。今天梳理并试跑现有比对参数组合，发现部分参数组合未适配。完成任务 WBS‑M2‑05（异常提示），实现包括后端捕获与前端弹窗渲染流程。字段映射逻辑中，部分提示语过长，在小屏设备上展示不完整，需后续适配。提交组件测试记录，并准备新任务“界面适配与国际化”提案。WBS‑M1‑04a（新增子任务：调优测试框架搭建）拆分原任务，新增子任务用于参数调优测试框架的搭建。实际投入：9 小时（张平路 3h，田钦中 6h）WBS‑M1‑04（主任务）

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月13日（Day 8）

将调优测试框架成功嵌入主流程，运行多个参数组合并生成性能报告。分析过程中发现一组参数在特定物种样本下运行时间异常，需单独调试。参数逻辑判断中缺乏边界控制，导致部分样本重复比对，需手动增加过滤逻辑。对该类边界场景进行排查，输出一份测试异常说明。收尾界面逻辑并撰写适配开发小结。WBS‑M1‑04（主任务）完成任务,进化树都可视化。进化树分支长度显示不合适。

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月11日（Day 6）

启动新任务 WBS‑M2‑05：“异常处理提示”，该功能用于界面层错误回显及提示。完成初步弹窗组件封装。完成任务 WBS‑M1‑03b 的代码实现，包括异常格式检测与自动降级解析逻辑。提示信息格式统一方案尚未确定，需协调技术文档与 UI 语言规范。单元测试中部分边界输入数据未能触发预期异常，需补充测试用例。今日实际工作：10 小时（张平路 4h + 田钦中 6h）撰写模块说明文档与样例代码，准备模块集成。开发异常捕获到提示渲染的调用链。WBS‑M2‑05（新任务）

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月10日（Day 5）

继续处理任务 WBS‑M1‑03b（异常索引结构处理）。已完成部分异常格式解析逻辑，初步兼容两种变体结构。剩余时间仅下降 9 小时是因为 WBS‑M1‑03b 昨日已额外增加 3 小时（本日未进一步增加）启动新任务 WBS‑M2‑04：“计划存取功能”。已完成保存计划文件的界面按钮与事件绑定。文件路径跨平台兼容性需注意路径转换规则（Windows 与 Linux 表现不一致）。某些索引文件嵌套结构难以兼容原始转换模块，需临时设计通用解析类。实现加载计划的回调逻辑，并测试文件恢复后参数是否正确还原。

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月7日（Day 4）

完成任务 WBS‑M1‑03a（索引结构转换逻辑）实现，测试通过 90% 的样例数据。开始处理新增任务 WBS‑M1‑03b（异常索引结构支持）。继续任务 WBS‑M2‑03（进度展示与任务队列），完成主线程任务调度与 UI 进度刷新机制。异常格式处理过程中需要解析第三方数据格式，未列入最初设计，导致初步处理失败。今日实际花费时间 11 小时（张平路 6 小时，田钦中 5 小时）优化进度展示与调度队列流程，梳理异常任务的提示逻辑。WBS‑M1‑03a（今日完成）

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月6日（Day 3）

继续推进任务 WBS‑M1‑03（FM‑index 结构与适配策略），完成接口设计初稿，并开始实现部分适配逻辑。修复剩余恢复机制，开始设计任务 WBS‑M2‑03：“进度展示与多任务排队执行”的逻辑模型。在进行索引嵌套结构解析时发现预估难度被低估，原方法在大规模输入下性能不稳定，需拆分任务。完成任务 WBS‑M2‑02 的大部分内容，成功实现中断流程及用户提示，进入测试阶段。新增任务 WBS‑M1‑03b：异常索引结构处理逻辑（新增任务）WBS‑M1‑03a：索引结构转换逻辑（原任务继续）

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月5日（Day 2）

继续推进 FM‑index 相关任务，开始任务 WBS‑M1‑03：“明确所用索引结构及适配策略”。分析了现有比对软件中的 FM-index 实现，决定基于改进版构建接口。在继续 UI 模块中，进入任务 WBS‑M2‑02：“支持错误即时反馈、中断恢复”等功能设计，已搭建基本交互机制。在实现 Ctrl+C 中断时，主线程无法及时捕获子线程状态，需额外调试异常钩子。初步评估时发现原设想的算法接口与实际样例存在结构冲突，导致适配方案复杂度上升。任务编号：WBS‑M1‑03。任务编号：WBS‑M2‑02。

原创 团队 Daily Scrum：2025年11月4日（Day 1）

启动任务 WBS‑M1‑01：梳理输入输出规范、参数项及默认配置。已完成初步结构整理，进入参数细化阶段。启动任务 WBS‑M2‑01：界面交互设计，涵盖三种导入方式。完成导入方式流程设计与 UI 框架草图。在导入方式间的用户交互上尚有不确定，需进一步讨论用户使用场景。构建界面框架并完成导入方式功能流程图。完成参数项分类与默认配置说明初稿。任务编号：WBS‑M1‑01。任务编号：WBS‑M2‑01。无明显阻碍，计划推进顺利。

原创 PQ问答 UX 体验问题分析报告

本报告基于实际使用反馈，从多个用户体验切入点出发，对 PQ 问答当前版本中存在的设计问题进行归纳分析，明确原因并提出改进建议。

原创 团队博客2：Alpha 阶段计划与分工

本阶段为 Cax 项目的 Alpha Sprint，我们的目标是在 10 个工作日内完成核心功能的开发与系统初步集成。团队共有 4 名成员，每人每天投入 4 小时，预计总投入时间为 160 小时。整体工作拆解为 36 个任务单元（每项约 4 小时），并预留 1 天作为应急与质量保证时间。

原创 【团队博客1】项目核心信息介绍

在项目启动时，我们进行了**“Pre-mortem”头脑风暴**，假设项目失败并倒推原因，提前防范。

原创 结对编程项目总结

我过去对“协作开发”的理解更多停留在“我写我的模块你写你的模块”，但这次是第一次感觉到“我们俩在同一张桌子上共同塑造一个活的系统”。这是我非常想保留下来的感觉。我希望它既能作为我们 Elevator 项目的档案，也能成为一份“我以后回头看还能学到东西”的记录。接下来我会进一步把能耗策略、分区守护、可视化控制台这些部分拆成更聚焦的文章，单独展开讲“怎么做、为什么这么做、坑在哪”。如果你对任何细节（包括调度策略、Dashboard 实现、结对开发节奏）感兴趣，欢迎继续交流。

原创 Elevator 结对开发纪事：从调度算法到协作关系

我过去对“协作开发”的理解更多停留在“我写我的模块你写你的模块”，但这次是第一次感觉到“我们俩在同一张桌子上共同塑造一个活的系统”。这是我非常想保留下来的感觉。我希望它既能作为我们 Elevator 项目的档案，也能成为一份“我以后回头看还能学到东西”的记录。接下来我会进一步把能耗策略、分区守护、可视化控制台这些部分拆成更聚焦的文章，单独展开讲“怎么做、为什么这么做、坑在哪”。如果你对任何细节（包括调度策略、Dashboard 实现、结对开发节奏）感兴趣，欢迎继续交流。

原创 构建之法阅读与我对IT教育的思考

我在大学上了好几门计算机课，感觉大多数课堂都差不多：老师照着PPT讲，学生对着电脑听。考试前突击一波，背背概念就能过。真正让我印象深刻的课很少，大部分时候我学的都挺“碎”的。很多时候老师讲的内容偏理论，比如“项目管理流程”“生命周期模型”这些，但课堂上从来没有做过真正的项目。老师讲完就走，学生交完作业就完事。大家都各自完成任务，却没有交流。