lammps学习记录（一）CG（粗粒化）模型建模

最新推荐文章于 2025-07-05 10:59:23 发布

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最新推荐文章于 2025-07-05 10:59:23 发布 · 1.2w 阅读

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#linux #恰饭 #经验分享

本文详细介绍了在WSL1-Ubuntu20.04环境下，使用moltemplate和packmol进行分子模拟建模的方法。包括软件安装、使用流程、建模方式对比及注意事项，适合初学者学习。

以下均在wsl 1-Ubuntu 20.04中操作

一、建模部分

Ⅰ. 软件安装及准备

a. 所用软件：

moltemplate
packmol

安装软件：

moltemplate：
a. 安装pip

python2 –version    # 查看python版本
sudo apt install python-pip		# 安装pip

第一种方法：通过python2.6及以下版本可直接安装pip
第二种方法：先通过高版本安装pip
出现ImportError: No module named pkg_resources，执行一下命令

sudo apt-get

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多尺度仿真软件：CHARMM_（8）.粗粒化模型与方法

kkchenjj的博客

06-29

767

/ 定义Lennard-Jones势函数// 计算吸引项和排斥项// 计算总势能// 示例：计算两个粒子之间的LJ势// 粒子间距离// 势阱深度// 距离参数return 0;

【LAMMPS学习】八、基础知识(5.2)粒度模型

荷塘阅色

04-29

1048

颗粒系统由具有直径的球形颗粒组成，而不是点颗粒。这意味着它们具有角速度，并且可以向它们施加扭矩以使它们旋转。

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lammps自带命令create_atoms实现水分子建模

lammps_jiayou的博客

08-02

6103

大家好，我是小马老师。如果lammps模拟体系中包含分子结构，最常见的流程是使用MS、packmol等软件建模，然后转换为lammps data文件，在lammps读入data文件。其实，lammps也可以进行分子建模，对于一些比较简单的分子模型，使用lammps建模也比较方便。本文以水球模型为例，介绍lammps分子类结构建模方法。 lammps创建分子的原理是把分子当做一个原子添加到体系中，和添加原子的命令一样，也是create_atoms。命令语法规则为： create_atoms mol

分子动力学仿真软件：LAMMPS_（25）.多尺度模拟

kkchenjj的博客

07-05

1139

为粗粒化模型定义合适的力场参数。

lammps教程：1D正弦粗糙界面建模建模教程

lammps_jiayou的博客

02-24

2543

大家好，我是小马老师。本文以一篇论文为例，介绍lammps粗糙界面建模方法。粗糙界面在流体、摩擦和吸附模拟中用的较多，建模方法也多种多样。本文参考Xin He发表的一篇论文《The evolution of configuration and final state of graphene on rough iron surface》。论文下载地址： https://doi.org/10.1016/j.apsusc. 2020.147084 论文中模拟了四种粗糙界面：一维正弦粗糙面、二维正弦粗糙面、伪随

lammps建模_LAMMPS之Moltemplate建模教程

weixin_36337502的博客

02-06

3227

无论是对于新手还是有经验的操作者，LAMMPS输入文件的构建都是很费脑筋的计算环节。这是由于LAMMPS的数据格式比较特殊，与其他软件的接口差异大，不能直接导出或者导出文件的错误率高。在建模软件中，moltemplate是LAMMPS官方支持的建模工具之一。它是一个通用的分子构建器和力场数据库系统，适用于LAMMPS建模。该程序创建了一种简单的文件格式来存储分子定义和力场，即模板LT。LT文件包含...

lammps建模_LAMMPS常用建模方法总结

weixin_42498909的博客

02-06

4146

建模是进行材料模拟的第一步，这里对LAMMPS常用的建模方法进行总结(我平时用到的，难免不全面)。概况来说，建模方法有两种：内部建模和外部建模。内部建模内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。相关命令主要有4个：lattice：定义晶格类型；region：定义模拟盒子的大小；create_box：创建模拟盒子；create_atoms：在模拟盒子中...

lammps粗粒化

最新发布

10-29

LAMMPS提供了粗粒化（Coarse - Graining, CG）方法来实现从微观到宏观的模拟，因为直接从微观尺度模拟到宏观尺度通常不现实，宏观尺度的时间和空间范围远超微观尺度的计算能力，所以需要尺度变换技术，粗粒化就是...

ms导出的粗粒化pdb是空白

03-20

可能的第一个原因是导出过程中未正确选择或定义粗粒化模型。MS本身主要处理全原子模型，可能对粗粒化的支持有限。如果用户没有正确设置粗粒化的力场或模型参数，导出时可能无法生成有效数据。这时候需要检查导出的...

lammps中C-S-H的建模

03-15

首先，C-S-H是水泥水化产物，结构复杂，可能需要原子建模或者粗粒化方法。记得引用里的资料提到用MS、Packmol这些工具生成data文件，还有示例的in文件结构。用户可能需要具体步骤，比如使用Materials Studio构建...

粗粒化模拟及其在生物膜研究领域的应用

02-06

粗粒化模拟及其在生物膜研究领域的应用，张志勇，尹大川，粗粒化模拟方法是近年来迅速发展的一种计算模拟方法，可实现复杂生物体系长时间和大尺度的模拟。本文介绍了该方法的模拟思想，实

lammps建模_LAMMPS命令建模的一个小BUG

weixin_36477752的博客

01-05

864

昨天根据一篇文献的描述构建了一个Ni的111表面模型，采用的是LAMMPS内置的命令建模，但是建出来的模型是这样的：与文献里的256个原子模型的描述少了两个原子，只有254个，in文件的内容如下：##初始化units metalboundary p p patom_style atomic##定义并构建金属N...

lammps软件_LAMMPS之Moltemplate建模教程

weixin_39740419的博客

12-03

2726

点击上方“蓝字”关注我们使用小助手1、进入公众号，点击右上角【...】>【设为星标】；2、点击右上角【...】>【设置】>【添加到桌面】；3、高级用法：写文章>【投稿】，分享知识无论对于新手还是有经验的操作者，LAMMPS数据文件的构建都是非常繁琐和麻烦的问题。原因在于，LAMMPS的数据格式比较特殊，很多软件不能直接导出，或者可以导出但是存在各种错误。比如，VM...

lammps建模案例分享及详解

qq_44963682的博客

07-07

3081

本文介绍了如何使用lammps提供的命令建立简单体系的模型，分享了一些lammps的建模案例。如遇到较复杂的模型，可选用Material Stdiuo等建模软件。

什么叫精粒度对象模型，什么叫粗粒度关系数据模型？

我的博客

11-09

3363

选自> 作者：孙卫琴来源:www.javathinker.org如果转载，请标明出处，谢谢建立域模型和关系数据模型有着不同的出发点。域模型是由程序代码组成的，通过细化持久化类的粒度可提高代码可重用性，简化编程。关系数据模型是由关系数据组成的。在存在数据冗余的情况下，需要把粗粒度的表拆分成具有外键参照关系的几个细粒度的表，从而节省存储空间；另一方面，在没有数据冗余的前提下，应该尽可能减少表的数目，

lammps教程：TIP5P水分子模拟

lammps_jiayou的博客

07-17

1816

通过调整模型的参数，可以研究不同条件下水的行为，如温度、压力和溶质浓度等，揭示其在各种环境条件下的性质变化。在模拟过程中，需要使用刚体命令来保证TIP5P水分子结构的稳定性，因此，在TIP5P分子模板中，不需要设置键角参数，仅需给出5个原子的坐标即可。TIP5P水分子是在TIP3P模型基础上添加了两个额外的虚原子L，通常这两个虚原子质量忽略不计，其中氧原子的电荷被放置在这两个虚原子L上。在lammps模拟中，常见的水分子结构为SPC/E、TIP3P和TIP4P，本文介绍另外一种水分子结构：TIP5P。

分子动力学理论篇（1）——牛顿力学、哈密顿动力学和相空间

Rockyoung

10-06

2580

接下来我们画出harmonic spring 在相空间的轨迹： MALAB 代码如下： clc;clear; %--------------------------------% % initial setting step = 0.1; X_initial = -4; V_initial = 0; lambda = 1; mass = 1; X_current = X_initial; V_current = V_initial; t = 0;run = 0; %--.

用gromacs搭建蛋白分子层，并制作相应的top和索引文件

qq_44782352的博客

02-04

8085

用gromacs制作分子层，并进行之后的nvt模拟。在这里已经制作了能量收敛的水分子层，现在我们需要在合适的位置加上蛋白质盖子。融合蛋白质层和水分子层这里用gromacs搭建，原理是将水做为原始蛋白然后插入一层下蛋白，然后再将这个结构插入一层上蛋白，蛋白分子是用packmol搭建的仿真盒子，大小是55立方A°，packmol的单位是A°，而gromacs是纳米，转换的时候一定要注意。 gmx insert-molecules -f water_test_npt_after_center.gro -ip

制作仅在xy方向有周期性的夹层结构，且不使用约束平板

qq_44782352的博客

02-24

2730

转载请注明出处！！！本篇是对这篇文章的改进，解决了xy方向的周期问题，具体原理请见上面的文章，本篇只简述过程。仿真过程用的是alpha-tubulin和beta-tubulin 制作蛋白夹水层这里制作的收敛水层，要在z轴的负方向上给个余量，这样就可以成功进行nwall =2的模拟了。 gmx editconf -f small_water_npt_center.gro -o small_water_npt_center.pdb 然后还是用packmol做整体的结构 vi center_224.inp