Jasonkun

一、安装编译器sudo apt-get install -y gpg-agent wgetwget -qO - https://repositories.intel.com/graphics/intel-graphics.key | sudo apt-key add -sudo apt-add-repository 'deb [arch=amd64] https://repositories.intel.com/graphics/ubuntu focal main'sudo apt-get upd

MDAnalysis 不作介绍。上官网链接：https://www.mdanalysis.org/pages/installation_quick_start/conda 安装及使用安装前注意：matplotlib库版本问题，需要卸载重新安装低版本，否则有参数无法运行The ‘warn’ parameter of use() is deprecated since Matplotlib 3.1 and will be removed in 3.3. If any parameter follo

ERROR on proc 0: Neighbor list overflow, boost neigh_modify one or page出现这个错误的直接原因是体系中某些原子的近邻数超过了2000个（除非你使用neigh_modify命令增加了允许的近邻数），而导致这个错误的可能因素有：初始结构有问题，比如原子分布过于密集。这种情况在一开始就会出错。截断半径设置的太大了，比如大于10A。可以通过命令neighbor，减小截断半径来解决。势参数设置有问题，这种情况一般是在运行一些步后才会出错。

以下均在wsl 1-Ubuntu 20.04中操作一、建模部分软件安装及准备所用软件：moltemplate http://www.moltemplate.org/visual_examples.htmlpackmol http://sobereva.com/473安装软件：moltemplate：a. 安装pip https://linux.cn/article-10110-1.htmlpython2 –version # 查看python版本sudo apt install