【LAMMPS学习】八、基础知识(5.2)粒度模型

最新推荐文章于 2025-02-16 21:30:00 发布
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分类专栏： LAMMPS学习 文章标签： 学习 科学研究 科技 多尺度模拟
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8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.3. 分析入门

8.4. 力场入门

8.5. 软件包入门

8.5.1.有限尺寸球形和非球形粒子

8.5.2. 粒度模型

颗粒系统由具有直径的球形颗粒组成，而不是点颗粒。这意味着它们具有角速度，并且可以向它们施加扭矩以使它们旋转。

要运行粒度模型的模拟，您将需要使用以下命令：

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【LAMMPS学习】八、基础知识(2.6)Lammps中的Walls墙
荷塘阅色
04-13 2873
MD 模拟中的墙通常用于限制粒子运动，即充当边界条件。 LAMMPS 中的墙壁可以是粗糙的（由粒子组成）或理想化的表面。理想的壁可以是光滑的，仅在法线方向上产生力，也可以是摩擦力，也在切线方向上产生力。 由粒子构成的粗糙墙壁可以通过多种方式创建。粒子本身可以像任何其他粒子一样通过lattice和create_atoms命令生成，或者通过read_data命令读入。 它们的运动可以受到许多不同命令的约束，因此它们根本不移动，作为一个整体以恒定速度一起移动或响应作用在它们上的净力，以规定的方式
【LAMMPS学习】八、基础知识(5.1)有限尺寸球形和非球形粒子
荷塘阅色
04-28 2200
典型的 MD 模型将原子或粒子视为点质量。有时需要一个具有有限尺寸粒子的模型，例如球体或椭球体或广义非球体。不同之处在于，此类粒子具有惯性矩、旋转能和角动量。旋转是由与其他粒子相互作用产生的扭矩引起的。
LAMMPS分子动力学模拟-纳米材料与生物分子研究【附案例】
坷拉博士
10-19 1540
为了帮助更多的初学者快速上手，今年我特别总结了最新的仿真选题与应用技巧，涵盖了从基础设计到复杂系统的方方面面。作为使用LAMMPS的研究人员，去年我协助优化了数十个项目的仿真工作，实现了性能的全面提升。过渡金属管状纳米材料的受限生长和含线缺陷的低维BN与MoS纳米材料物性的数值模拟研究。黑磷和二硫化钼热输运性质的分子动力学研究 MD模拟研究穿过金属玻璃界面的剪切带传播。基于AMD平台的OpenCL优化研究及其在分子动力学中的应用。Ni-Fe,Ni-Co合金抗辐照性能的分子动力学模拟研究。
lammps学习记录（一）CG（粗粒化）模型建模
Jasonkun
08-12 1万+
以下均在wsl 1-Ubuntu 20.04中操作 一、建模部分 软件安装及准备 所用软件： moltemplate http://www.moltemplate.org/visual_examples.html packmol http://sobereva.com/473 安装软件： moltemplate： a. 安装pip https://linux.cn/article-10110-1.html python2 –version # 查看python版本 sudo apt install
lammps案例：原子倒入容器
lammps_jiayou的博客
06-20 1219
在指定的区域内，每隔一定步数将特定数量的原子或分子插入box中，直到有N个原子或分子被插入。通常用来模拟颗粒在重力作用下倒入容器的过程。下面案例是lammps自带的一个fix pour案例，主要模拟在体系内插入3000个原子，原子在重力作用下沉积到底部的过程。在绝大多数的分子动力学模拟过程中，原子数量保持恒定。为突出重点，删掉了若干不需要的语句。也可以使用fix pour命令。公众号：lammps加油站。
在lammps模拟中常用的模拟设置
qq_44963682的博客
10-15 9053
本文介绍在lammps学习过程中常用的模拟命令，希望能够帮助初学者更好的学习lammps，如果有错误，欢迎各位批评指正。
LAMMPS模拟初探：基础设置与工作流
LAMMPS是一款广泛应用于分子动力学模拟的软件，本文从LAMMPS模拟的基本概念讲起，深入介绍了其基础设置、工作流实践以及高级技巧和优化方法。文章详细阐述了LAMMPS的安装配置、输入文件结构、模拟参数设置以及模拟...
【LAMMPS交互式模拟实战】：命令行中的高级原子操作技巧
![【LAMMPS交互式模拟实战】：命令行中的高级原子操作技巧]...本章节旨在为读者提供一个LAMMPS交互式模拟的入门视角，帮助读者理解如何启动和理解LAMMPS模拟过程的基础知识和概念。 LAMMPS提供了一个灵活的框
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lammps案例：分子自由落体运动模拟
lammps_jiayou的博客
08-30 2739
大家好，我是小马老师。 本文分享一个比较有意思的lammps案例：分子的自由落体运动。 lammps提供了fix gravity命令可设置分子或者原子的加速度。 语法规则为： fix ID group gravity magnitude style args 如设置x方向的加速度为100（单位为Force/mass，与units有关），可写为： fix 1 all gravity 100.0 vector 1 0 0 本文案例和原子沉积类似，在盒子上方随机产生一定数量的分子，经过自由落体后到达盒子底部。
【LAMMPS学习】一、LAMMPS简介
荷塘阅色
03-15 9941
1.简介1.简介1.1. LAMMPS 概述LAMMPS 是一种经典的分子动力学 (MD) 代码，用于模拟液态、固态或气态粒子的集合。它可以使用各种原子间势（力场）和边界条件对原子、聚合物、生物、固态（金属、陶瓷、氧化物）、粒状、粗粒或宏观系统进行建模。它可以对尺寸从几个粒子到数十亿个粒子的 2d 或 3d 系统进行建模。LAMMPS 是一种经典的分子动力学 (MD) 代码，用于模拟液态、固态或气态粒子的集合。
lammps命令atom_style
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qq_51754979的博客
02-16 841
本博客致力于分享知识与信息，部分内容可能引用了网络资源。我会尽力注明作者或来源。如果您认为本博客的内容存在侵权现象（包括但不限于版权、商标权等），请立即与我联系。命令用于指定原子的类型（样式），决定了每个原子将存储哪些属性（如位置、速度、质量、分子 ID 等）。不同的模拟场景可能需要不同的。某些 atom styles（如 mdpd 或其他复杂粒子模型）需要特定的软件包支持，未启用相关包时无法使用。需要在 read_data 或 create_box 命令之前定义。，根据需求来选择合适的样式。
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前言 热力学性质的不均匀性导致的过程为运输过程，温度的不均匀性下的能量运输为热传导现象。显然，热传导是和材料的尺寸和系统处于的环境温度有关。 那么如何根据Lammps循环获得不同温度、不同尺寸下的热导率呢？ 一、平衡态！？什么是非平衡态？ 将一个系统置于两个温度不同的热源之间，最终会在系统内建立一个稳定的 (不随时间变化的) 温度分布。我们说这样的系统处于一个稳态，但不处于一个平衡态。稳态和平衡态都是不依赖与时间的，但前者属于非平衡态。 二、物理模型 以 ArgonArgonArgon 为例，我们选择
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ovito处理速度分布和lammps原理基本一致，也是先进行分块切割，得到每一块的原子数据后，再进行数据求和平均。该案例模拟了原子沿x方向的流动过程，需要计算的是原子沿y方向的速度分布。
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​ AMOEBA 和 HIPPO 极化力场是由华盛顿大学圣路易斯分校的 Jay Ponder 团队开发的。 LAMMPS 实现基于 Ponder 小组在其Tinker MD software软件中提供的 Fortran 90 代码。 LAMMPS 中 AMOEBA 的当前实现（2022 年 7 月）与(Ponder),(Ren), and(Shi)中讨论的版本匹配。同样，LAMMPS 中 HIPPO 的当前实现与(Rackers)中讨论的版本相匹配。
19. Lammps命令学习-5之atom_style
m0_46352610的博客
08-07 1926
Lammps命令之atom_style style args用于定义模拟过程中的原子类型
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03-28 2314
本部分描述了 LAMMPS 输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义 LAMMPS 模拟。主要包括以下内容。
LAMMPS—fix命令超详细解析
hdpai2018的博客
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文章来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/cCqQxB6HzXdGhe0P1h3ihg fix命令为一组原子施加fix约束。 使用语法 fix ID group-ID style args ID = fix命令的ID group-ID = 该fix命令所作用的原子组的ID style = fix类型名（最下有列表） args = 特定类型fix命令所需要的参数 使用举例 fix 1 all nve fix 3 all nvt temp 300.0 300.0
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