统计bed文件下的reads数目和GC含量

最新推荐文章于 2024-12-31 21:09:28 发布

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本文介绍了如何使用bedtools工具来处理bed文件，包括计算reads数量和GC含量。对于bam和fasta格式的输入文件，bedtools提供了相应的方法。对于bam格式，可以获取reads数和GC含量；而对于fasta格式，可以统计各碱基的数目，并报告%AT、%GC等信息。

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最近发现，需要对bed（chr start end）文件进行处理，当你不知道有什么其他软件可以用的时候，不妨用bedtools来试试，看看它的各种用法，估计能满足。看名字，就大概知道干什么用了。

bedtools工具可用于广泛的基因组学分析任务，即基因组上的集合论。例如，bedtools允许人们在广泛使用的基因组文件格式（例如BAM，BED，GFF / GTF，VCF）中交叉，合并，计数，补充和混洗来自多个文件的基因组间隔。虽然每个单独的工具被设计为执行相对简单的任务（例如，交叉两个间隔文件），但是可以通过在UNIX命令行上组合多个bedtools操作来进行非常复杂的分析。

输入文件为：bam格式

例如：计算一个bed文件中的reads数和GC含量

bedtools map -a target.bed -b realigned.bam -c 10,10 -o count,concat | awk -v OFS="\t" '{n=length($5); gc=gsub("[gcGC]", "", $5); print $1,$2,$3,$4,gc/n}'>out.txt

其中reads数和bamdst处理的差不多，偶尔有几条的区别。