DAP-seq

DAP-seq（DNA affinity purification sequencing，DNA亲和纯化测序）技术是ChIP-seq的重要补充方法。通过体外表达转录因子鉴定转录因子结合位点（Transcription factor binding site，TFBS），不受抗体和物种限制，且具有高通量的优势，该技术自问世以来，已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。

背景说明

ChIP-seq可以在体内检测TFBS，较为依赖于抗体质量，对于没有商业化ChIP级抗体可用的物种，转基因实验周期较长，取材困难。DAP-seq通过体外表达蛋白解决了这一困扰，并且极大地提高了TFBS富集效率，在表观遗传学研究过程中表现出极大的价值。

该技术利用体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。其基本过程是将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标签的融合蛋白；提取样品的基因组DNA，构建DNA文库，然后将体外表达的带有亲和标签的转录因子和DNA文库进行结合，随后把结合的DNA洗脱后上机测序。

图 DAP-seq实验流程（Bartlett et al., 2017）。

服务流程

订单/实验材料确认——构建蛋白表达载体——蛋白体外表达——提取基因组DNA——DNA片段化——蛋白DNA亲和纯化——DNA文库构建——高通量测序——数据分析——结果交付

服务内容及说明

技术流程

（1）文库构建：提取样品的基因组DNA，并将其片段化，将片段化的DNA与基于Illumina的测序接头连接，构建基因组DNA文库；

（2）体外表达蛋白：将编码目的转录因子的CDS序列构建到带有亲和标签（Halo Tag）的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标签的融合蛋白；

（3）亲和纯化及测序：将纯化后的转录因子和亲和标签融合蛋白与基因组DNA文库共同孵育，融合蛋白能与基因组DNA片段上的特定序列结合。通过使用Halo Tag特异性磁珠，将目的蛋白和DNA复合物进行提取和纯化，然后对捕获的DNA片段进行PCR扩增，并利用Illumina测序平台进行测序；

（4）数据分析：将测序产生的序列读数与相应的参考基因组进行比对，从而确定感兴趣转录因子的潜在结合位点。

技术应用

鉴定转录因子与基因组中特定DNA序列结合的位置。

（1）单个转录因子的结合位点鉴定；

（2）同源二聚体或异源二聚体等的结合位点鉴定。

实验周期

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客户下单及项目信息填写

在我司官网http://www.biorun.com/进行注册或登录，请客户按照页面提示填写项目名称、选择项目类型、填写个人信息及联系方式，提交项目所需要的具体信息（可联系区域销售经理），包括：

1、组织、细胞等样品来源、状态及其他相关信息；

2、参考基因组信息（提供下载链接）；

3、尽可能丰富的相关资料、文献。

实验信息

实验过程中客户可以随时登入管理系统查看项目实时进展情况。实验结题时系统会通过短信自动通知客户，并发送实验报告查看网址。实验结题后，实验报告、检测结果可在线查看或打印，并永久保留。

实验交付内容

1、构建的表达质粒的测序结果和图谱文件；

2、蛋白表达的Western blot图；

3、实验报告：提供实验过程的描述包含文库质检结果；

4、生信分析结题报告。

图 DAP-seq生信分析流程。

部分结果展示

参考文献

Bartlett A, O'Malley R C, Huang S C, et al. Mapping genome-wide transcription-factor binding sites using DAP-seq[J]. Nature protocols, 2017, 12(8): 1659-1672.