【MIMIC数据库教程】六、使用Python读取MIMIC-IV3.1数据库：使用Python初探MIMIC-IV数据库和超大表格的读取

原创

已于 2025-03-13 08:33:19 修改 · 2.2k 阅读

34 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#数据库 #python #服务器

于 2025-03-12 17:50:45 首次发布

该文章已生成可运行项目，

【MIMIC数据库教程】六、使用Python读取MIMIC-IV3.1数据库：使用Python初探MIMIC-IV数据库和超大表格的读取

摘要： MIMIC-IV 是一个关系数据库，包含美国马萨诸塞州某三级学术医疗中心的住院患者数据。它继承 MIMIC-III 的基础，提供更丰富的数据，包括实验室测量、用药、生命体征记录等，支持医疗健康研究。但大量繁琐的表格极大地增加了数据处理的难度，本教程将详细介绍 MIMIC-IV 3.1 版本中包含的 31 张表格及其字段，帮助读者更好地理解和使用 MIMIC-IV 数据库。我将在本专栏中持续更新 MIMIC-IV 数据库的详细解读和数据挖掘，敬请关注！在本专栏前面的文章中，我们介绍了 MIMIC-IV 3.1 版本中包含的 31 张表格及其字段，但是在我本人的实际使用中，发现在UBUNTU环境下配置Postgresql数据库和Navicat连接数据库极为繁琐和困难，我在配置过程中遇到了很多问题，所以决定直接只用Python来读取MIMIC-IV3.1数据库，本文将详细介绍如何使用Python读取MIMIC-IV3.1数据库。

1.MIMIC-IV 3.1数据库大小初探

MIMIC-IV 3.1数据库中包括31张表格，其中Hosp模块中包含22张表格，ICU模块中包含9张表格，详细内容可参考本专栏前面的文章。在本文中，我们首先使用Python读取MIMIC-IV 3.1数据库，分别查看Hosp和ICU模块中各个表格的大小，以便了解各个表格中包含的数据量。

import os
import argparse
import matplotlib.pyplot as plt

def get_file_sizes(root_path, subfolders):
    """
    遍历指定根路径下的子文件夹，获取每个文件的大小并统一转换成GB。
    返回文件名和对应的文件大小列表。
    """
    file_sizes = {
   
   }
    for subfolder in subfolders:
        file_sizes[subfolder] = []
        folder_path = os.path.join(root_path, subfolder)
        if not os.path.exists(folder_path):
            print(f"文件夹 {
     
     folder_path} 不存在。")
            continue
        # 遍历文件夹中的文件
        for root, _, files in os.walk(folder_path):
            for file in files:
                file_path = os.path.join(root, file)
                # 尝试获取文件大小，并处理可能的权限错误
                try:
                    file_size = os.path.getsize(file_path)
                except PermissionError:
                    print(f"权限错误，无法访问文件: {
     
     file_path}")
                    continue
                # 转换文件大小统一为GB
                file_size_in_gb = file_size / 1e9