MIMIC IV数据库安装(一)

本文介绍MIMICIV数据库的应用价值及其在临床研究中的作用,并提供了详细的PostgreSQL数据库安装步骤,包括下载安装包、配置安装路径及组件等。

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一、MIMIC IV数据库简介

MIMIC数据库就是一个可为临床研究者提供临床数据的利器。研究者可根据一定的纳排标准筛选感兴趣患者的临床信息,利用这些信息可进行后续的数据分析然后撰写文章,通过数据收集与分析可作为发表sci论文的重要依据。另外,MIMIC是一个公开数据库,所有患者的信息都经过脱敏处理,发文不需要临床伦理审查。

二、PostgreSQL数据库安装

1.下载PostgreSQL安装包

官网地址:https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads。
在这里插入图片描述

2.安装PostgreSQL

1.点击安装包以管理员身份运行,点击next。
在这里插入图片描述
2.选择安装路径,点击next。
在这里插入图片描述
3.勾选安装组件。点击next。
在这里插入图片描述
4.选择数据存储路径,选择空间比较大的目录,mimic数据库数据大概需要100G。
在这里插入图片描述

4.设置数据库初始密码,一定要牢记,点击next。
在这里插入图片描述
5.选择端口,默认就行。
在这里插入图片描述
6.一直点击next,完成安装。

3.进入PostgreSQL Shell

1.开始菜单。
在这里插入图片描述
2.进入命令界面一直回车,直到出现提升输入密码。
在这里插入图片描述
3.输入正确密码后,出现以下画面,表示进入成功。

加粗样式
想获取mimiciv数据文件(也可有偿编程或写脚本帮忙提取和分析数据)或者有问题的小伙伴可私信我,谢谢!

<think>好的,用户想要安装MIMIC IV数据库的官方函数。首先,我需要回忆下之前提供的引用内容,特别是引用[1]、[2]、[4],这些涉及安装步骤和可能出现的错误。 用户的问题是关于安装官方函数,这可能涉及到运行额外的SQL脚本。根据引用[2],MIMIC IV的代码保存在GitHub仓库中,里面应该包含创建函数的脚本。首先需要确认用户已经成功安装数据库的基本结构,比如表和数据导入,因为函数可能依赖于这些结构。 接下来,用户可能在安装过程中遇到了路径问题,如引用[4]中的错误,提示目录不存在。这可能是因为用户没有正确设置文件路径,或者没有将代码仓库克隆到正确的目录。需要指导用户正确下载代码,并确保路径正确。 另外,引用[1]提到安装7zip工具,这可能用于解压数据文件,但函数安装可能不需要这个,不过还是需要确认用户已经完成数据导入的基本步骤。引用[3]提到数据库分为Hosp和ICU模块,可能官方函数涉及这些模块中的视图或存储过程,需要确认用户是否需要为特定模块安装函数。 可能的步骤包括:克隆GitHub仓库,找到函数的SQL文件,使用psql或其他工具运行这些脚本。同时,需要注意路径问题,避免出现引用[4]中的目录错误。可能需要用户调整脚本中的路径或使用绝对路径来执行。 还需要提醒用户,如果遇到类似引用[4]的错误,应该检查文件路径是否正确,是否存在对应的目录,是否有权限访问这些目录。另外,可能需要按照官方文档的说明逐步执行,确保所有依赖步骤已经完成。 总结起来,回答应该包括下载代码库、定位函数脚本、运行SQL文件以及处理可能出现的路径错误。同时,引用相关的引用内容来支持步骤的正确性,比如引用[2]中的GitHub仓库和引用[4]中的路径错误处理。</think>以下是安装MIMIC IV数据库官方函数的详细步骤: ### 、准备安装环境 1. 确保已安装PostgreSQL数据库(建议使用v13+版本)并完成MIMIC IV基础数据导入[^2] 2. 从GitHub下载最新版mimic-iv-code仓库: ```bash git clone https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv-code.git ``` (若无法访问可尝试多次重试或使用镜像源) ### 二、安装核心函数 1. 定位到函数脚本目录: ```sql cd mimic-iv-code/mimic-iv/concepts/postgres ``` 2. 按顺序执行SQL文件: ```sql \i postgres-make-concepts.sql \i postgres-load-text.sql \i postgres-make-indexes.sql ``` 建议逐文件执行,便于排查错误[^4] ### 三、验证安装 1. 检查函数创建情况: ```sql SELECT * FROM pg_proc WHERE proname LIKE 'mimic%'; ``` 2. 测试常用函数: ```sql SELECT mimiciv.icd_code_to_str('A0101'); ``` ### 四、常见错误处理 1. **路径错误**:使用绝对路径代替相对路径 ```sql \i D:/mimic-iv-code/mimic-iv/concepts/postgres/postgres-make-concepts.sql ``` 2. **权限问题**:确保PostgreSQL服务账户有文件读取权限 3. **依赖缺失**:需先完成基础表创建和数据加载[^1]
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