【生信】用USEARCH 进行Alpha,Beta,进化树等分析操作

镰刀韭菜

已于 2023-03-07 16:50:27 修改

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分类专栏：生物信息与统计分析文章标签： Vsearch Usearch QIIME Alpha多样性 Beta多样性

于 2019-03-01 11:32:47 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/ARPOSPF/article/details/88052402

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本文介绍如何利用USEARCH工具进行微生物的Alpha多样性、Beta多样性和进化树构建等分析操作，包括处理双端测序数据的脚本修正和后续分析步骤。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

基于USEARCH 进行Alpha,Beta,进化树等分析操作

上回收到，使用USEARCH处理完双端测序数据，生成OTU丰度表及代表性序列。这里，继续使用USEARCH进行微生物的Alpha、Beta、进化树等分析操作。主要分为两个部分，第一部分为处理双端测序的脚本修正，第二部分为Alpha、Beta、进化树等分析操作分析脚本。

第一部分：

#!/bin/bash

### 使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据
### 目标 OTU表和注释信息

## 目录
# temp/: 临时文件目录
# res/: 结果文件目录
# data/:双端测序数据集
# database/:参考数据库
# err/: 错误信息
# log/: 操作日志

## 文件
HOME=$HOME/Lab_2		### 操作空间
temp=${HOME}/temp2	   	### 临时文件存放目录
res=${HOME}/res2		### 结果文件存放目录
data=${HOME}/seq		### 测序数据存放位置
refdb=${HOME}/database		### 参考测序数据库
err=${HOME}/err2		### 错误信息
log=${HOME}/log2		### 日志信息


########################################################################################### 
# 实验准备