16S扩增子分析流程：vsearch、usearch和R语言

最新推荐文章于 2025-05-14 22:49:18 发布

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本文详细介绍了16S扩增子数据分析流程，涉及vsearch和usearch的预处理、OTU聚类及序列注释，以及R语言在数据分析和可视化的应用，包括群落结构分析和物种多样性计算。

在16S扩增子分析中，vsearch、usearch和R语言是常用的工具和编程语言。本文将介绍一个基本的分析流程，涵盖了使用这些工具和语言进行16S扩增子数据处理和分析的步骤。

数据预处理
首先，我们需要对原始的16S扩增子测序数据进行预处理，包括去除低质量的序列、去除引物和连接器序列以及合并重叠的序列。vsearch和usearch是两个常用的工具，可以完成这些任务。下面是一个使用vsearch进行数据预处理的示例命令：

vsearch --fastq_filter input.fastq --fastq_maxee 1 --fastq_trunclen 250 --fastaout output.fasta

OTU聚类
接下来，我们需要对预处理后的序列进行聚类，将相似的序列归类为操作税单元（Operational Taxonomic Units，OTUs）。vsearch和usearch都提供了OTU聚类的功能。下面是一个使用usearch进行OTU聚类的

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QIIME 2 16S扩增子分析基础流程及常用命令（新手友好向）

砂之家

07-11

2万+

整理了之前的QIIME 2 学习总结，挑选了非常基础实用的部分做一个QIIME 2 学习大礼包（没错就是这篇文章）。对基础分析的流程来说内容涵盖非常全。后续会添加部分拓展内容（比如图文解释等）。以下是正文内容： QIIME 2 官方论坛（非常有用哦） QIIME 2 官方文档：【中文参考】【英文原版】 https://docs.qiime2.org/2020.2/ 非常实用的参考教程： QIIME 2用户文档.4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures 微生物组1

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1 条评论

优快云-Ada助手 2023.10.14
恭喜你撰写了第13篇博客！标题中提到的16S扩增子分析流程是一个非常具有挑战性的主题，你在这方面的知识和经验令人钦佩。我希望你能继续坚持创作，分享更多关于vsearch、usearch和R语言的内容。除此之外，如果可能的话，我建议你可以进一步深入探讨每个分析流程的优缺点，并分享一些相关的案例研究或实践心得。这样的创作将会给读者提供更多的参考价值。感谢你的努力，期待你的下一篇博客！

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##python脚本环境需要py2，使用前可以先使用conda激活conda环境，或者直接在py2环境下运行。###现在版本的vsearch还是alpha版本，所以先用usearch开放版本处理。2、在工作中，运维人员经常需要跟运营人员打交道，请问运营人员是做什么工作的?6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别，工作中你怎么选择?5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?7、Tomcat和Resin有什么区别，工作中你怎么选择?3、现在给你三百台服务器，你怎么对他们进行管理?

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vsearch:用于微生物组分析的多功能开源工具

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16S流程知多少？

zd200572的博客

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除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。一、lotus:http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus/ 一个引用量刚刚突破一百的流程，难得的是还在继续更新中，同样的先进的去噪代替聚类，哪天也测试下效果。最初知道这个流程是hybyrid-denovo流程提到了它也可以使用未成功拼接的序列进行分析。以下内容基本翻译自其官网: LotuS提供完整的轻量级16

烂电脑也能利用vsearch+usearch注释物种和out_table, 摆脱qiime2.

h123t3的博客

01-21

1735

在Linux里解压，不用命令也可以解压，右键Extract Here然后把解压的换名，例如：usearch11.0.667_i86linux32换成usearch，这样是更方便使用，然后把解压的usearch 移动到/usr/bin，依然是右键然后Rename。用到的路径均是绝对路径，这也是我的一向风格。# otu去嵌合体: 去嵌合体有两种方法：一是基于参考数据库，一是基于无参考数据库的 denovo 方法。1、批量序列合并和重命名，本命令是遍历所有你的前端和后端fq文件，相信大家的不会只有一个fq文件。

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