【生信】联合使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据

使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据

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上文说到，使用Vsearch、Usearch、QIIME均可以处理双端测序数据。这里为了充分利用每个工具的优点，开发了一个使用vsearch、usearch11和QIIME1.9的16S rRNA数据处理工具。输入双端测序数据，最终得到OTU丰度表以及相关的系统发育树。

#!/bin/bash

### 使用 vsearch+usearch11+QIIME 处理双端测序数据
### 目标 OTU表和注释信息

## 目录
# temp/: 临时文件目录
# res/: 结果文件目录
# data/:双端测序数据集
# database/:参考数据库
# err/: 错误信息
# log/: 操作日志

## 文件
HOME=$HOME/Lab_2		### 操作空间
temp=${HOME}/temp2	   	### 临时文件存放目录
res=${HOME}/res2		### 结果文件存放目录
data=${HOME}/seq		### 测序数据存放位置
refdb=${HOME}/database		### 参考测序数据库
err=${HOME}/err2		### 错误信息
log=${HOME}/log2		### 日志信息


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# 实验准备