【生信】使用QIIME进行 进化树，Alpha,Beta多样性 分析

使用QIIME进行 进化树，Alpha,Beta多样性 分析

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上回讲到，使用Usearch进行进化树，Alpha,Beta多样性的分析。同时，我们还要再次强调QIIME的伟大之处在于全流程分析的能力。因此，使用QIIME同样可以进行上述分析过程。因此，将QIIME进行进化树，Alpha,Beta多样性 分析的脚本粘贴如下，怀着开放科研的心态，供有需要的朋友参考。同时，需要注意的是因为每个人的使用环境不同，可能部分无法正常运行，因此这对于新手来说可能不是那么友好。

#!/bin/bash
## 使用QIIME进行 进化树，Alpha,Beta多样性 分析

## 文件
HOME=`pwd`                ### 操作空间
temp=${HOME}/temp2              ### 临时文件存放目录
res=${HOME}/res2                ### 结果文件存放目录
data=${HOME}/seq                ### 测序数据存放位置
refdb=${HOME}/database          ### 参考测序数据库
err=${HOME}/err2                ### 错误信息
log=${HOME}/log2                ### 日志信息

printf "最终的OTU表:%s\t最终的OTU序列:%s\n"${res}/otu_table_tax.txt ${res}/rep_seqs.fasta
echo "进化树构建"
# clustalo多序列比对，如果没有请安装Clustal Omega
clustalo -i ${res