【生信】Fastq与Fasta格式

Fastq与Fasta格式

一、关于Fastq

FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。

二、Fastq的格式

FASTQ文件中每个序列通常有四行：

• 第一行，序列标识以及相关的描述信息，以‘@’开头；
• 第二行是序列；
• 第三行以‘+’开头，后面是序列标示符、描述信息，或者什么也不加；
• 第四行，是质量信息，和第二行的序列相对应，每一个序列都有一个质量评分，根据评分体系的不同，每个字符的含义表示的数字也不相同。

例如：

@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65

三、关于Fasta

Fast