【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——贝叶斯网络

最新推荐文章于 2025-01-04 18:39:49 发布
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分类专栏： 生物信息与统计分析 文章标签： 1024程序员节 贝叶斯网络 对数线性模型 MCMC 基因调控网络
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/ARPOSPF/article/details/120933796
本文介绍了如何使用贝叶斯网络来表示和推导基因转录调控网络，结合对数线性模型和MCMC算法，解析基因表达水平与转录因子活性的关系。这种方法在系统生物学和生物信息学中具有广泛应用，通过建立贝叶斯分层模型来处理实验数据中的噪声和不确定性，识别调控网络和调控强度。

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基因转录调控网络推导方法——贝叶斯网络


贝叶斯网络是一种 因果关系网络，被认为是现今构建 基因调控网络最有效的方法之一。

贝叶斯网络是指用图形来表示随机向量X=(X1,...,Xn)X=(X_1,...,X_n)X=(X

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【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——布尔网络
小哲的博客
10-30 2002
基因转录调控网络推导方法——布尔网络 基因网络是由细胞中参与基因调控作用的DNA、RNA、蛋白质以及代谢中间物所形成的相互作用的网络。 基因网络是从分子层次上对生物系统进行研究的，其研究目标是通过基因之间的相互作用从系统的角度全面说明基因组的功能和行为以揭示复杂的生命现象。 基因网络有助于从基因组层次对生命过程进行详细的解释，从而达到系统地解释细胞活动、生命活动、解释疾病的发生、发展和治疗等目标。 基因网络是基因组学研究的重要内容，也是当前生物学研究的前沿，因此在研究生物体的生长、发育以及疾病等过程方面受
【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——网络成分分析法
小哲的博客
10-29 968
基因转录调控网络推导方法——网络成分分析法 网络成分分析法（NCA）是由Liao等最早提出的结合基因表达数据和Chip-chip数据来推导基因调控网络和调控因子活性的方法。此方法充分利用基因调控关系的部分先验知识，具有准确度更高的优点。 在模型中，基因表达数据用n×mn\times mn×m阶矩阵X来表示，这里n表示基因个数，m表示时间点或样本点。基因表达值与调控关系和调控因子活性的关系可以用下面的矩阵方程来表示，即： X=JAX=JAX=JA 式中，J为n×cn\times cn×c阶矩阵，表示转录层与输
【转录调控网络】基因转录调控网络——转录因子调控网络分析
小哲的博客
10-24 9908
基因转录调控网络——转录因子调控网络分析 转录因子(Transcription Factors, TFs)是指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。 转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。 转录水平的调控是基因调控的重要环节，其中转录因子(Transcription Factor，TF)和转录因子结合位点(Transcription Factor Binding Site，TFBS)是转录调控的重要组成部分。 基因转录调控网络由于其可以直观地显示基
利用互信息推断基因调控网络
weixin_46636238的博客
01-20 968
介绍互信息推断基因调控网络的几种算法
New Phytol | 植物miRNA-转录因子-靶基因模块调控网络如何构建
Igenebook的博客
07-05 1756
GmMYC2在GmARF16-OE植株中的表达有较强的上调，表明大豆耐盐性可能受到GmARF16依赖的GmMYC2诱导的调控。然后，研究检测了GmARF16的编码区，并评估了它们的激活能力，由于G-A的替代，导致了不同的转录活性。随后，作者进行ChIP-qPCR、EMSA、LUC实验，结果支持了GmARF16可以通过直接与其启动子中的NNGACA基序结合来激活GmMYC2的解释，这与miR160a-GmARF16-GmMYC2模块在调节大豆耐盐胁迫中发挥作用的假说相一致。这类研究，都可以参考如下思路。
推断基因调控网络的算法的评估
weixin_46636238的博客
01-24 325
介绍评估基因调控网络推断算法性能的一些指标
【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——微分方程方法
小哲的博客
10-23 744
典型的基因转录调控网络推导方法——微分方程方法 微分方程模型广泛应用于自然科学的各个领域，目前已应用于基因调控网络和转录调控网络推导中，并取得了较好的效果。 在建立微分方程时，考虑到反曲函数具有更能代表真是系统、控制基因表达和处理饱和与降解的分子开关的特征，一般选择反曲函数作为转录因子的调控函数。即： f[a(t):α,β]=11+exp{−αa(t)+β}(1)f[a(t):\alpha ,\beta ]=\frac{1}{1+exp\{-\alpha a(t)+\beta \}} (1)f[a(t
基于改进关联规则和遗传算法的基因表达调控网络构建方法
02-13
传统的构建方法，如基于实验的基因组定位分析方法，虽然能在特定条件下推导出转录调控网络，但其适用性有限。而统计数据挖掘工具，例如贝叶斯网络法和离散布尔网络模型等，虽然能发现基因表达调控网络，却存在计算...
公开课 | 2024最新清华大模型公开课 第3课 神经网络与大模型基础 Part 2
ys707663989的博客
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本文深入探讨了神经网络、大模型及其在语言任务中的应用，分析了大模型的发展历程、认知能力和多领域应用。
定量基因组学探索：基因表达与调控的量化分析方法
[定量基因组学探索：基因表达与调控的量化分析方法](https://d1g9li960vagp7.cloudfront.net/wp-content/uploads/2020/11/Ablauf_der_Translation_WP-1024x576.jpg) # 1. 基因表达量化的基础理论 ## 1.1 基因表达的...
多组学背景下的基因调控网络推断
白景屹的博客
07-31 3129
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【基因调控网络】Discovering Gene Networks with a Neural-Genetic Hybride（单层神经网络与遗传算法混合算法2005）
loveC__的博客
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【生物信息学-单细胞】基因转录调控网络&转录因子调控网络分析
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参考文献 [1]【转录调控网络】基因转录调控网络——转录因子调控网络分析
RNA 42. 基于转录组及转录因子库构建转录因子调控网络 (NetAct)
weixin_41368414的博客
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简 介系统生物学的一个主要问题是如何识别控制生物过程决策的核心基因调控回路。一个名为NetAct的计算平台，用于使用转录组学数据和基于文献的转录因子目标数据库构建核心转录因子调控网络。NetAct使用目标表达稳健地推断调控因子的活性，基于转录活性构建网络，并集成数学模型进行验证。我们的计算机基准测试表明，NetAct在推断转录活性和基因网络方面优于 现有算法。我们演示了应用NetAct来模...
【转录调控网络】典型的基因转录调控网络推导方法——伪逆矩阵模型
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10-22 439
基因转录调控网络推导方法——伪逆矩阵模型 在基因调控网络推导中，使用到的基因芯片数据通常具有样本个数少（通常小于10）而基因数目大（通常大于1000）的局限性，也就是说，实验样本个数远远小于基因的个数。另外，调控矩阵具有较强的稀疏性，即每个基因只被少量的转录因子调控，而每个转录因子只调控少量的基因。 伪逆矩阵法就是为了解决基因调控网络线性模型中基因个数远远大于样本个数的问题而发展的一种有效的基因调控网络推导方法。Andrecut和Kauffman给出了推导基因调控网络的伪逆矩阵模型，并用贪婪算法进行了计算，
共表达网络揭示组织特异性转录调控和剪接
weixin_30655219的博客
10-19 1016
共表达网络揭示组织特异性转录调控和剪接 背景 基因共表达网络在基因表达数据中可以捕获生物学上重要的模式，使基因的功能分析，生物标记的发现和遗传变异的解释成为可能。目前大多数的网络分析局限在评估单个组织或少量组织中总体基因表达水平之间的相关性。最近在Genome Research发表的这篇文章通过建立了网络，捕获相对isoform丰度和剪接的调控，以及每一种不同的组织独特的组织特异性...
Single Cell——转录因子调控网络分析（SCENIC）
最新发布
anyinglengtong的博客
01-04 9444
SCENIC (Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering) 是从单细胞RNA数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具。原作者将SCENIC应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据，证明了顺式调控网络分析能够有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义，并为疾病的诊断、治疗以及发育分化的研究提供有价值的线索。SCENIC在2017年首先发表于nature methods，2020年又将流程整理后发表于nature protocls。有R版和pyth
语言转录文本的网络应用介绍——voicebase/cielo24
kkklebron的博客
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适用于转录语言： 英语（美国，澳大利亚，印度，东南亚，英国） 荷兰语 法语 德语 意大利语 西班牙语（包括拉丁美洲版本） 详情可参阅文章：https://www.freemake.com/blog/how-to-turn-speech-into-text-document-free-with-voicebase/ 需要注意的是由于voicebase的页面改版和应用迁移，目前网络应用（Web App...
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镰刀韭菜

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