网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：1、分子对接后蛋白配体复合物只有ATOM没有HETATM的解决方案+软件介绍（与ADT4相比）+相关论文+推荐学习视频

本人使用的电脑为win11，薛定谔版本为12.9.
薛定谔Maestro官网：https://www.schrodinger.com/platform/products/maestro/
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1.为什么用ADT4或者vina进行分子对接后，蛋白配体复合物只有ATOM没有HETATM？

本人在使用autodock4或者vina完成分子对接后，发现自己的蛋白配体复合物文本形式打开，全都只有ATOM而没有HETATM。导致无法继续后续分子动力学模拟的步骤。而使用薛定谔进行分子对接的话，则会正常输出配体的HETATM记录。

PDB（Protein Data Bank）文件用于存储蛋白质和小分子的三维结构信息。在PDB文件中：

• ATOM 记录用于描述标准氨基酸和核酸的原子坐标。
• HETATM 记录用于描述非标准残基的原子坐标，如抑制剂、辅因子、离子、溶剂等

个人猜测原因是因为：Autodock4和Vina在处理分子对接时可能更倾向于使用标准氨基酸和核酸的ATOM记录，而薛定谔的Maestro平台则可能更全面地记录非标准残基，从而包含HETATM记录。

2.软件介绍（与ADT4相比）

为什么选用薛定谔的Maestro，除了刚刚1.中提到的【不同的软件对于配体的记录不同，而薛定谔会更加精准且全面，避免动力学模拟出差错】之外，薛定谔还具有以下优点：

• 操作简单，不像ADT甚至不能拖拽蛋白文件导入。
• 用户界面美观友好，和pymol是差不多的团队，只能说团队是有审美的hhh
• 安装简单，不像ADT需要在中文路径，并且安装有闪退等问题。
• 支持动力学模拟操作，不像ADT只专注于分子对接操作。
• 支持批量分子对接前置处理（包括蛋白和配体），不像ADT只能支持批量分子对接操作本身。
• 直接支持查找蛋白活性位点，确定合适的蛋白构象等操作。然而ADT并不支持，需要从外网deepsite等网站进行预测或文献查找。
• 持续更新，这点真是太难得了，最新更新是24年4月，从软件开发的角度（本人喜欢从软件开发角度看软件，别管我hhh）这才是合格的软件。而ADT4已经停止维护了。

以下是ADT4的发表文献：

以下是vina的发表文献：

以下是薛定谔分子对接模块的发表文献：

以下是薛定谔预测蛋白活性位点模块的发表文献

可以看到，虽然不如ADT4的2w+引用，或者vina的3w+引用，但薛定谔的引用次数也将近1w，而且发表杂志也挺好的。

3.优化后的分子对接+分子动力学模拟流程

以下是一个网药论文的传统解决方案和本人使用薛定谔+超算平台的解决方案对比：

4.使用薛定谔的相关网药文章

5.推荐学习视频

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