【转帖】药物设计软件【schrodinger】 all manual

最新推荐文章于 2025-06-28 18:02:55 发布

gjj09

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文章标签：工具算法数据库生物优化 xp

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/gjj09/article/details/4977157

本文详细介绍了薛定谔软件在药物设计中的应用，包括高通量虚拟筛选、精确对接、药效团和3D-QSAR、全新药物设计、酶催化研究、生物分子模拟以及ADME性质预测。各模块如Glide、Prime、LigPrep、QikProp等在药物发现过程中的作用和功能进行了阐述。

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药物设计软件【schrodinger】 all manual

Schrödinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测。

Schrodinger是药物发现的完整解决方案：

（一）高通量虚拟筛选：薛定谔软件的虚拟筛选功能在35个CPU的集群上每天可以筛选150万个化合物。提供一站式的设置界面，用户可以定义特定的性质，以便过滤掉不满足性质的化合物；所需模块：Glide, LigPrep, QikProp, Epik, Sitemap, Liaision；

（二）精确对接：针对虚拟筛选后的富集化合物库或者用户自己特定的化合物库，利用薛定谔软件提供的精确对接模式可以考虑以下两种真实环境，得到的精确度结果可以和实验的结果相匹配：

（1）配体小分子对蛋白活性位点结构的诱导(Induced Fit)；所需模块：Glide, Prime, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, LigPrep, QikProp；

（2）蛋白分子诱导配体分子电荷的极化(QPLD)，所需模块：Glide, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, Qsite, Ligprep, Jaguar, QikProp；

（三）药效团和3D-QSAR：薛定谔提供的药效团和3D-QSAR的解决方案，在没有受体信

息的情况下，科研人员可以用活性配体的信息进行新药设计；所需模块：Phase, Confgen, Ligprep, MacroModel, Strike；

（四）全新药物设计（de novo design）：薛定谔软