【云森】-优快云博客

转载 2022-TCGA数据库重大更新后RNASeq的STAR-Counts数据的下载与整理

2022-04-06 21:34:13 12760 11

转载生信笔记 | 探索PubMed数据库文献

第一个问题：研究最热门的基因是什么在NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息，在：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov//gene 下载即可！其中 gene2pubme...

2021-10-05 09:41:51 2593 1

原创生信笔记 | 文本挖掘的一般流程

一.文本挖掘的一般过程参考:http://www.sthda.com/english/wiki/text-mining-and-word-cloud-fundamentals-in-r-5...

2021-09-27 21:49:44 2594

原创生信笔记 | 自定义GSEA分析中的gmt格式文件

在GSEA分析中，在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了很多基因集，下载的基因集是gmt格式文件。下载的gmt格式文件，打开后可以看见是...

2021-09-23 21:55:26 13630 1

原创生信基础 | 人-小鼠基因之间的比较

接前文：生信基础 | 人-小鼠同源基因之间的转换先看看MSigDB中的基因ENTREZID是否可以全部转化为SYMBOL。library(biomaRt)library(clusterP...

2021-09-18 17:05:56 2658

转载生信基础 | 人-小鼠同源基因之间的转换

当我们做的转录组或者芯片的数据是小鼠的时候，对于下游的分析，比如GSEA等分析要对生物学数据库注释，发现绝大部分数据库都是人类的基因名字，这个时候我们需要将小鼠的基因映射到人上，就是找小鼠...

2021-09-08 16:02:18 16481

转载芯片数据分析笔记【05】 | 处理芯片数据的R包

芯片数据分析笔记【01】 | 基因芯片的基本原理芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库芯片数据分析笔记【03】 | GEO数据库使用教程及在线数据分析工具芯片数据分析笔记【04】 | A...

2021-09-04 17:11:49 5886

转载芯片数据分析笔记【04】 | ArrayExpress 数据库介绍

芯片数据分析笔记【01】 | 基因芯片的基本原理芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库芯片数据分析笔记【03】 | GEO数据库使用教程及在线数据分析工具NCBI 的基因表达综合数据库 ...

2021-09-02 15:22:34 3839

转载芯片数据分析笔记【03】 | GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

芯片数据分析笔记【01】 | 基因芯片的基本原理芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI...

2021-09-01 10:50:41 9939 1

转载芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库

芯片数据分析笔记【01】 | 基因芯片的基本原理比较大的芯片数据库有美国 NCBI 的 GEO，欧洲 EMBL-EBI 的 ArrayExpress，日本 DDBJ 的 GEA，不过这个...

2021-08-30 16:03:18 1956

转载芯片数据分析笔记【01】 | 基因芯片的基本原理

基因芯片(genechip)（又称DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表...

2021-08-29 10:06:19 6249

原创数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 miRNA Isoform Expression数据

该数据是我自己下载整理过的数据。下载日期：2021年8月25日下载方式：TCGAbiolinks包数据类型：RData变量名称：mir_Count；mir_RPMpath <- di...

2021-08-28 13:19:26 1581 11

原创数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据

该数据是我自己下载整理过的数据。下载日期：2021年7月12日下载方式：TCGAbiolinks包数据类型：RData变量名称：expDataTPM/Counts/FPKM> ##加...

2021-08-23 19:31:53 3097 43

原创生信文献 | Sirt6通过介导PI3K/Akt信号通路促进弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤发生和耐药性...

文章：Sirt6 promotes tumorigenesis and drug resistance of diffuse large B-cell lymphoma by mediat...

2021-06-09 10:56:12 1858

原创生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics

全基因组关联研究(GWAS)可以揭示重要的基因型-表型关联，但数据质量和可解释性问题必须得到解决。对于根据现有证据确定目标靶点的药物发现科学家来说，这些问题已不是单一的药物发现研究。作者开...

2021-06-08 15:40:35 597

转载教你如何预测参与调节差异基因的转录因子

2021-04-19 17:12:58 5563

转载 miRNA信息包:miRBaseVersions.db

在前面我有文章介绍过生信中各种ID转换【文章:生信中各种ID转换】，我们可以通过各种基因注释包来转换各种基因ID，这里给大家介绍一下miRNA注释包：miRBaseVersions.db。...

2021-03-16 16:12:59 1781

转载 R包安装时安装程序包****时退出的状态不是0，或者版本不适的一种解决方法。

Bioconductor中包几乎都是安装下面代码安装。比如：miRBaseVersions.db包if (!requireNamespace("BiocManager", ...

2021-03-13 13:27:02 17417 2

原创生信工具 | TCGA数据分析工具GEPIA最新更新，用于免疫细胞浸润分析

GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)这个工具可以说是分析TCGA数据库数据分析工具中比较简单好用的工具了，包括生存分析，表达差异分析，相...

2021-02-28 12:31:43 8137 4

原创 R绘图笔记 | 词云图的绘制

词云图的绘制用wordcloud2包的wordcloud2()函数。#install.packages("wordcloud2")library(wordcloud2)...

2021-02-21 15:27:05 673

原创 R绘图笔记 | GO-BP,GO-MF，GO-CC绘制在同一个柱状图中。

前面介绍过一些图形的绘制，我们有时候进行GO富集分析，需要绘制富集结果，这里介绍怎么将GO-BP,GO-MF，GO-CC绘制到同一图形中。library(ggplot2)library(...

2021-02-16 14:19:08 18350 8

转载分子对接教程 | (1) 软件安装准备

2021-02-05 22:12:29 10056

转载分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

2021-02-05 22:12:29 19476 3

转载分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

2021-02-05 22:12:29 16597 3

转载分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理

2021-02-05 22:12:29 12044 5

转载分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

2021-02-05 22:12:29 16343 10

转载分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

2021-02-05 22:12:29 51636 13

转载分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读

2021-02-05 22:12:29 92480 13

转载分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

2021-02-05 22:12:29 38985 1

原创生信文献 | 胰腺导管腺癌的免疫细胞浸润及其临床意义

标题：The landscape of immune cell infiltration and its clinical implications of pancreatic duct...

2021-01-26 16:02:08 1248 1

原创生信文献 | KLF7:高级别浆液性卵巢癌新的候选生物标志物和治疗靶点

这是一篇biomarker的生信文章,,也有很多实验验证。癌症类型:高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)问题:发病机制不清楚，高异质性和化疗后复发耐药解决问题:需要进一步研究参与肿瘤进展的分...

2021-01-22 10:02:16 1478

原创生信文献 | TIMER2.0用于分析肿瘤免疫细胞浸润

文章:TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells肿瘤微环境中免疫细胞的组成和丰度强烈地影响着肿瘤的进展和免疫治疗的效...

2021-01-21 11:48:55 10115 1

原创生信文献 | ANXA8在胃癌中的预后价值

题目：Prognostic Value of ANXA8 in Gastric CarcinomaGene:ANXA8同文章【生信文献 | 在基底细胞样乳腺癌中，ANXA4通过与AN...

2021-01-20 09:09:00 481

原创生信文献 | 在基底细胞样乳腺癌中，ANXA4通过与ANXA1相互作用激活JAK-STAT3信号通路...

文章地址:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32552056/标题：ANXA4 Activates JAK-STAT3 Signaling by Inter...

2021-01-19 10:35:48 862 1

原创生信文献 | HOXC11作为一种新的致癌基因在人结肠癌和肾透明细胞癌中发挥作用...

文献地址:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31923422/Gene：HOXC11Homeobox (HOX)基因编码一系列转录因子，在人类病理生理过程中...

2021-01-18 22:12:36 919 1

转载 Linux笔记【011】| 腾讯CentOS云服务器挂载云硬盘与硬盘分区

2020-11-19 17:24:40 634

转载 Linux笔记【008】| 文件系统与文件压缩

一.Linux的文件系统文件系统就是操作系统（比如windows）管理和存储文件的软件机构。文件系统指文件存在的物理空间。通俗地说，没有文件系统，系统就不知道该怎么读取硬盘。文件系统的种...

2020-11-19 17:24:40 413

转载 Linux笔记【010】| Linux的运行模式与网卡设置

一.Linux的运行模式单用户、多用户、单任务、多任务。单用户：是指操作系统一般只能由一个人同时进行登录；多用户：是指操作系统可以允许多个人同时进行登录；单任务：是指操作系统只能同时处理...

2020-11-19 17:24:40 209

原创 Linux笔记【009】| 文本操作神器

一.常见查看文件命令1.cat 与tac命令cat 命令用于连接文件并打印到标准输出设备上。语法格式:cat [-AbeEnstTuv] [--help] [--version] fil...

2020-11-19 17:24:40 198

原创 R绘图笔记 | 火山图的绘制

参考前文：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数关于绘图，前面介绍了一些：R绘图笔记 | 一般的散点图绘制R绘图笔记 | 柱状图绘制R绘图笔记 | 直方图和核密度估计图的绘制...

2020-11-16 09:01:22 6075 3

空空如也

空空如也