zhanghongyi_cpp的博客

【代码】pheatmap热图绘制详述。

4.基于varespec和varechem构建物种-环境互作网络，输出gml文件并采用gephi可视化为图片，输出pdf,阔值为r>0.6，p<0.05。3.基于varespec构建物种互作网络，输出gml文件并采用gephi可视化为图片，输出pdf，阈值为r>0.6，p<0.05。2.查看data(varechem)和data(varespec),探索其维度和结构。1.加载安装vegan包。

基于题2，以country为横坐标，population为纵坐标，year作为分面对象，作分面柱状图，主题用theme_bw()，采用Pastel3填充country。基于题2，以country为横坐标，population为纵坐标，fill=year，采用dodge形式作柱状图，颜色为#022a99和#fbcd08。基于题2，以country为横坐标，population为纵坐标，fill=year，作堆叠柱状图，颜色为#022a99和#fbcd08。绘制参考范例中的和弦图。绘制参考范例中的峰峦图。

【代码】加载gcookbook包，探索cabbage_exp维度和结构。

(23）对flights表格，按照tailnum分组，然后求每一组记录的数量、平均距离(distance)、平均延迟到达时间（arrdelay)、最后筛选出记录数大于20条、距离小于2000的记录，若包含缺失值，将缺失值替代为0。(20)选取flights表格中的year、month day hour origin tailnum carrier列，井将其与airlines表格进左连接操作。(12) 将表格中tailnum的列更名为tail num。

samtools：一套用于处理SAM格式文件的工具，这里用于建立FAI索引和质量检查。picard：Picard是一个用于处理BAM文件的工具集。BWA ：用于建立参考基因组的索引以及进行序列比对。建议在环境中安装conda以更加简便地管理软件。bgzip：用于解压缩gzip格式的压缩文件。vcftools：用于处理VCF文件的工具。gatk ：用于基因组数据分析的工具包。

3.使用R语言中的grubbs.test函数分析课本P24第4题的数据中是否有异常值，如果有异常值，列出各异常值。2.使用R语言完成课本P24 第4题和第5题。（1）当t=10时的概率密度函数值和概率值；（2）P=0.05和0.01时对应的t值；1.熟悉课本P277-279的内容。

练习:基于class_info.txt，利用Linux命令完成以下操作。（1）以自己的名字拼音创建文件夹，并将该文件复制到文件夹下。（9）将该文件重命名为class_info2.txt。（4）如何提取guoxiaodong所在的行?（5）如何将guoxiaodong替换为大写?（7）如何提取dongke1604所在的行？（6）如何把所有的学号提取出来？（8）根据学号从大到小排序。（3）如何查看该文件行数？（2）进入你创建的文件夹。

删除合并后数据中的缺失值，并“weight“变量名更改成你的名字，并将更改后数据保存成EXCEL文件；调用R内置数据ChickWeight，并将该数据与问题1中模拟的数据合并;假设表中数据均服从正态分布，请模拟出表中数据的观测值并组成数据框；尝试在合并数据中提取子集、排序查看数据结构等操作。

r语言作为一种常用于数据处理领域语言，较为广泛使用的是其对数据进行操作的功能，基础包括变量赋值、数据类型、数据导出和导入等，更深层次还包括统计相关函数、库函数调用、数据整合整理等，在r语言中也有很多第三方包，类似于python的库函数，在特定情况下可以被调用并完成特定操作。

（1）利用主成分分析（PCA）对基因表达矩阵进行降维，并绘制PCA图。（2）筛选在所有样本中表达值均大于0的所有基因。（3）做聚类分析并绘制基因表达热图。

内容集成自网络，部分经调试修改后发布。

bwa软件是基于linux的一种在生物信息学中用于基因组的比对的命令行软件，他没有用户窗口，是基于命令行命令运行的一款软件。2.将fq转换为sam。

虚拟机晕在平台一般使用VMware，VMware分为VMware pro 和VMware player，笔者认为VMware player免费且更加简单易用，更适合新手适用。在该文章中，文章的作者为我们提供了虚拟机以及xitongiso文件的下载源。