10、人口规模聚类与种族预测

人口规模聚类与种族预测

1. 数据预处理与特征工程

1.1 数据选择与下载

由于24个VCF文件的数据量高达820GB，为了简化演示，我们仅选择Y染色体的遗传变异数据，其大小约为160MB，不会带来巨大的计算挑战。你可以从 ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/ 下载所有VCF文件和面板文件。

1.2 创建SparkSession

首先，我们需要创建SparkSession，它是Spark应用程序的入口：

val spark:SparkSession = SparkSession
    .builder()
    .appName("PopStrat")
    .master("local[*]")
    .config("spark.sql.warehouse.dir", "C:/Exp/")
    .getOrCreate()

1.3 指定文件路径

接下来，我们要告诉Spark VCF文件和面板文件的路径：

val genotypeFile = "<path>/ALL.chrY.phase3_integrated_v2a.20130502.genotypes.vcf"
val panelFile = "<path>/integrated_call_samples_v3.20130502.AL