下载Single Cell Atlas数据库的数据

本文介绍了一种不使用爬虫技术,仅通过修改网页源码来获取CellType基因数据的方法。作者通过调整表格显示记录数,成功下载了25000条基因与细胞类型对应的数据。

我想下载每种细胞对应的marker gene。

1. 通过观察这个页面  Cell Type | Single Cell Atlas   

发现基因和cell type的对应表格。但是怎么下载呢?

2. 通过观察代码,发现每次对表格翻页的时候,实际上调用了 Cell Type Profile  

这个页面。看来网站使用shinyapp搭的。从shinyapp的口子进去,再看源码。

3. 发现在表格显示多少行记录那里的源码可以修改

我直接把100改成了25000  结果进去后真的加载了25000行。。。于是复制粘贴就把数据弄下来了。

以上,完全没有用到爬虫。 

<think>我们正在处理一个关于在R语言中下载单细胞数据的问题。根据用户提供的引用,特别是引用[2]中提到了从NCBI GEO数据库下载单细胞数据的方法,但用户希望知道在R语言中实现的方法。因此,我们需要提供在R语言环境下下载单细胞数据的常用方法。 常见的方法包括: 1. 使用GEOquery包从GEO数据库下载数据(针对NCBI GEO)。 2. 使用其他专门的包(如Seurat、Bioconductor中的一些包)来下载和处理单细胞数据。 3. 从其他数据库(如EMBL-EBI的Single Cell Expression Atlas下载数据,但用户问题中提到了NCBI,所以重点在GEO。 根据引用[2]的步骤,我们可以指导用户在R中使用GEOquery包来下载数据。 步骤: 1. 安装并加载GEOquery包。 2. 使用`getGEO`函数下载GEO系列数据,但注意:单细胞数据通常较大,可能以矩阵形式存储,有时也会提供原始数据(如bam文件或表达矩阵)的链接。对于单细胞数据,更常见的是下载原始数据(例如表达矩阵)或者使用`getGEOSuppFiles`下载补充文件。 然而,单细胞数据往往以大型矩阵或HDF5格式存储(如引用[2]中提到的.h5文件),因此我们可能需要下载补充文件并读取。 因此,回答将包括: a) 安装GEOquery b) 使用`getGEOSuppFiles`下载补充文件(通常包含表达矩阵等) c) 读取下载的文件(可能涉及多种格式,例如hdf5、mtx、csv等) 此外,用户可能还需要知道如何读取这些数据,但问题主要关注下载,所以下载是重点,但可以简单提及读取。 注意:用户之前的问题中提到了单细胞数据质控(引用[1]),但当前问题聚焦在下载方法,因此我们主要回答下载方法。 根据上述分析,我们给出回答。 </think>### R语言中下载单细胞数据的方法 在R语言中下载单细胞数据主要有以下几种方法: #### 1. **通过GEOquery包从NCBI GEO下载** 最常用的方法是通过GEO数据库获取数据: ```r # 安装并加载包 install.packages("GEOquery") library(GEOquery) # 下载GEO系列数据(如GSEXXXXX) gse <- getGEO("GSE301731") # 替换为实际GSE号 # 下载原始数据文件(需提前检查补充文件链接) getGEOSuppFiles("GSE301731") # 自动创建本地文件夹下载原始数据 ``` 此方法适用于获取基因表达矩阵、元数据等[^2]。下载后通常会得到`.txt`、`.csv`或`.h5`格式的文件。 #### 2. **使用Bioconductor数据包** 部分数据集已封装在Bioconductor包中: ```r # 安装实验数据包 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("scRNAseq") # 加载数据集 library(scRNAseq) data("allen") # 示例:艾伦脑研究所单细胞数据集 ``` #### 3. **直接下载HDF5格式数据** 对于大型单细胞数据集(如10X Genomics): ```r # 安装处理包 install.packages("rhdf5") library(rhdf5) # 从URL直接下载.h5文件 download.file( url = "https://data.example.com/sc_data.h5", destfile = "local_data.h5" ) # 读取HDF5文件 h5_data <- h5read("local_data.h5", name = "/matrix") ``` #### 4. **从SingleCellAtlas等平台获取** 使用专门接口包: ```r # 安装SingleCellExperiment包 BiocManager::install("SingleCellExperiment") # 通过API获取数据 library(SingleCellExperiment) sce <- importExperiment("https://singlecell.broadinstitute.org/...") ``` > **关键注意事项**: > - 检查数据许可协议,确保合规使用 > - 大文件建议用`download.file()`设置`method = "curl"`或`timeout = 600` > - 原始数据通常需要质控处理(如线粒体基因过滤)[^1] > - HDF5格式需特殊处理工具(如`HDF5Array`包)
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值