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RSS订阅原创 RNA-seq数据上游处理完整流程
这篇文章详细介绍了RNA-seq数据分析的上游处理流程，包括环境准备、参考基因组处理、STAR比对和featureCounts定量分析。主要内容包括： 使用conda创建RNA-seq分析环境并安装必要工具 下载和解压小鼠参考基因组文件 使用STAR构建基因组索引并进行RNA-seq数据比对 通过featureCounts进行基因表达量定量分析 提供完整自动化脚本整合所有分析步骤 文章提供了详细的参数解释和说明，适合生信初学者掌握RNA-seq数据分析的核心流程。
2025-07-01 18:54:21
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原创 CellRanger使用之软件安装
今天卡卡给大家介绍一个单细胞上游处理最常用到的软件包——CellRanger。跟着卡卡一起来看一下吧官网链接：https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/latest。
2025-04-17 19:08:42
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原创 Science Advances｜快来学习这篇泛癌成纤维细胞的思路和绘图技巧！
卡卡在看文献的时候发现了一篇绘图技巧和思路还不错的文章，一起来学习一下！本篇文章可以说是单细胞公共数据库挖掘的典范，思路和研究内容均可借鉴用于其他细胞类型！如果大家有机会一定要仔细读一读！
2025-04-15 16:56:13
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原创 使用scDotPlot包绘制单细胞超绝marker基因气泡图！
单细胞RNA测序技术的快速发展为我们研究复杂生物系统提供了前所未有的机会。在海量的单细胞数据中，识别和可视化特征基因（marker genes）是理解细胞类型和功能的关键一步。气泡图（dot plot）作为一种直观且信息丰富的可视化方式，能同时展示基因表达水平和表达比例，是单细胞分析中的重要工具。本文将介绍如何使用scDotPlot包绘制精美的单细胞marker基因气泡图，帮助研究者更有效地展示和解读单细胞数据。
2025-04-14 17:16:54
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原创 服务器jupyterlab的配置
随着生物信息学技术和AI技术的发展，python以更快的运行速度和更少的内存占用率越来越受到欢迎。卡卡与时俱进，更新R语言时会同步更新python的内容！python的教程基本说是从0开始的，所以适合任何想从python入手生物信息学的小白！今天卡卡带着大家从服务器上配置jupyterlab开始。
2025-04-13 11:38:48
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原创 跟着顶刊学习单细胞CD4T细胞功能基因集评分！
之前的推文中，卡卡已经带大家学习了文献中的CD8T细胞功能基因集评分，今天卡卡继续带大家学习这篇推文中的CD4T细胞功能基因集评分。跟着顶刊学习单细胞CD8T细功能基因集评分！回复20250411获取本期数据的CD4T细胞功能基因集评分！
2025-04-11 11:23:37
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原创 跟着顶刊学习单细胞CD8T细胞功能基因集评分！
卡卡继续带着大家在顶刊挖图，今天学习的仍然是这篇泛癌T细胞的文章。先上图:对CD8T细胞进行功能评分并且绘制热图文章来源：原文章补充材料里面有用到的评分基因集，这里卡卡已经为大家下载整理好了，后台回复20250410获取。
2025-04-10 10:59:03
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原创 复现顶刊单细胞气泡图——修改版！
跟着顶刊学配色 ｜单细胞marker基因气泡图复现之后卡卡总是觉得效果不尽人意！翻来覆去，卡卡找到原到了作者原文章的代码，再次进行复现，这次可以说是百分之百的还原度了！😍后台回复20250409获得本文的示例数据先来看原图：GitHub代码链接：https://github.com/Coolgenome/TCM/tree/main总体效果其实和之前的差不多，有细微差别，大家挑选喜欢的自行使用即可！
2025-04-09 18:18:10
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原创 使用corrplot包绘制相关性图及美化！
R语言的corrplot包提供了一种可视化相关矩阵的探索性工具，支持自动变量重排序以帮助发现变量间的隐藏模式。corrplot非常易于使用，并提供了丰富的绘图选项，包括可视化方法、图形布局、颜色、图例、文本标签等。它还提供了p值和置信区间来帮助用户确定相关性的统计显著性。尽管corrplot()有约50个参数，但最常用的只有几个。在大多数情况下，只需一行代码就能生成相关矩阵图。corrplot包中有七种可视化方法（参数methodcircle和square：圆形或方形的面积表示相应相关系数的绝对值。
2025-04-08 16:54:57
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原创 GSE163558单细胞数据处理流程分享
数据号：GSE163558用此篇文献提供数据处理，单细胞下游处理代码本次数据处理和代码分享就到此结束～
2025-02-05 20:16:21
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空空如也
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