山复尔尔28-优快云博客

原创解决SingleR无法加载参考数据集问题

SingleR是一个用于对单细胞RNA-seq测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型自动注释的R包。它通过给定的具有已知类型标签的细胞样本作为参考数据集，对测试数据集中与参考集相似的细胞进行标记注释。我在加载数据集时遇到了如下的报错，大概率因为网络问题（国外的站点是会阶段性不太稳定）。以下是SingleR自带的参考数据集，使用时需要预先加载。最后的解决办法是，手动挨个下载存为rdata。

2025-03-05 16:40:22 137

原创解决return code from pthread_create() is 22报错问题

可能时rma函数会涉及调用多线程的操作，这一过程会产生冲突。此错误表示在规范化过程中创建新线程时出现问题，特别是与。虽然这可能会在多核环境中略微降低性能，但它确保了稳定性并避免了导致错误的线程问题。今天在处理芯片数据，在使用rma方法对数据进行预处理时报错，试了非常多的方法，记录一下。禁用线程将强制包以单线程模式运行，这可以避免。重启之后，再次运行rma函数，发现报错消失，问题成功解决！为了解决这个问题，我们可以在负责。最后一步，需要重启R（需要耐心等待一会儿）

2024-11-06 19:02:47 900

原创解决python matplotlib画图无法显示中文的问题

在用matplotlib做一个简单的可视化统计时，由于标签是中文，无法显示，只是显示出来一些方框（如图）去对应的网站下载字体的tiff文件再导入到字体库中，再设置plt使用的字体为”SimHei“即可。问题在于，当前matplotlib使用的字体不支持中文，我们进行替换就可以了。结果为False，说明需要下载需要的字体再导入到字体库中。我想替换为黑体，找到对应的英文名为“SimHei”检查一下”SimHei“是否已经在字体库中。

2024-11-03 15:22:52 414

原创亲手打造自己的shell命令提示符

DIY自己的命令提示符（LINUX）

2024-09-04 11:19:23 485

原创 error: Error in getopt(spec = spec, opt = args) : long flag “args“ is invalid

这个错误来自R语言中的getopt函数。报错信息表明在调用getopt函数时，提供了一个无效的长参数标志（long flag）"args"。这通常意味着在函数调用时，长参数的格式可能有误，比如没有以两个连字符（--）开头，或者参数名不正确。但我反复检查了自己的命令，没有任何问题，格式也正确，GATK版本4.5，R版本4.3，我降低了GATK的版本，没有用，依然报错，，但是为什么我不太清楚，猜测可能是版本不兼容吧，因为R是需要从GATK传递的参数进行绘图操作。在跑GATK流程分析CNV时，遇到了这样的错误。

2024-04-30 21:28:53 441

原创 ERROR: Failed to run the VEP annotator

VEP 的注释结果拿到了 vcf 文件，也可以转成 maf 文件，不过要用到一个软件，叫 vcf2maf，我在运行vcf2maf脚本时，遇到了ERROR: Failed to run the VEP annotator!发现了--vep-data参数，因此我在我的代码中加入了--vep-data 以及之前vep注释时候用到的cache的路径，成功解决。另外，在我不断试错中，也总结了一些vep使用过程中的血泪教训，如果大家有其他报错，不妨以写这几个方面先排查一下。最后，我查看vcf2maf --help。

2024-04-27 19:19:39 306

原创 [E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index file

在进行fq文件与参考基因组进行比对时，明明我已经通过 bwa index建好了参考基因组的五个索引文件，但是运行bwa mem时，老是显示找不到index文件fail to locate the index file。“无论如何，索引文件名都是从FASTA引用文件派生的。因此，您需要在后续命令中调整索引文件名”也就是说。如上图，我将它们放在一个文件夹中，前缀都改成了和原fa文件一致的前缀名，在进行bwa比对时候，最终在一篇外网的解答中找到了答案。运行成功，开始比对！

2024-04-20 12:06:02 1497

原创递归or动态规划-实现括号生成（Leetcode第22题解析）

题目来自leetcode第22题，个人认为这道题有助于加深对于动态规划的理解。在这里分享自己的思考过程。

2024-01-31 14:49:56 1146

原创动态规划-实现正则表达式*和.的功能完成字符串比对（Leetcode第10题解析）

给定两个字符串s和p，p相当于正则表达式，只不过这里的p中只会涉及*和.两个元字符，本题需要判断s和p是否匹配，也就是s是否满足p的匹配模式，发现，dp[i-1][j]=dp[i-1][j-2]|| dp[i-2][j-2]，因此前i项和前j项匹配就变为了前i项和前j-2项匹配，dp[i][j]匹配2次,[a-z]*就相当于[a-z][a-z],dp[i][j]匹配1次，[a-z]*就相当于[a-z]，dp[i][j]综上，p[j]=*时，dp[i-1][j-2]根据动态规划的思想，dp[i][j]

2024-01-22 17:01:00 472